UEB - Bioestadistica
GINYS-VHIR-010
Alex Sánchez Pla
Cap d'Unitat
La Unitat d'Estadística i Bioinformàtica (UEB) va ser creada l'any 2008 amb l'objectiu de promoure l'ús i el desenvolupament de recursos estadístics i bioinformàtics moderns sobre la recerca realitzada al seu entorn.
Actualment, la Unitat d'Estadística i Bioinformàtica inclou l'antiga Unitat de Suport a la Metodologia de la Investigació Biomèdica (USMIB) i, dins de l'Àrea de Suport Científic i Tècnic de l'Institut de Recerca Vall d'Hebron, té la missió d'oferir assessorament, serveis i formació per a la investigació clínica i biomèdica.
Els principals objectius de la UEB són:
- Donar suport estadístic, metodològic i bioinformàtic a la recerca clínica i biomèdica, principalment al nostre centre però també a la resta de la comunitat.
- Contribuir a la formació en estadística i bioinformàtica per a la recerca clínica i biomèdica, mitjançant la realització de cursos propis i la participació en la formació formal de l'àrea del VHIR.
- Realitzar activitats d'innovació i desenvolupament en l'àmbit de l'estadística i la bioinformàtica, especialment en tot allò que pugui revertir en una millora dels procediments i serveis prestats per la Unitat.
Serveis
- Assessorament estadístic i metodològic en recerca clínica i dades d’alt rendiment
- Assessorament en el desenvolupament del protocol de projectes de recerca
- Estudi de disseny
- Càlcul de la mida de la mostra
- Definició variable
- Protocols i formularis de recollida de dades
- Format i gestió de dades per a estudis de dades d’alt rendiment
- Anàlisi de dades d’estudis d’investigació clínica
- Execució i anàlisi de dades
- Disseny de bases de dades
- Validació dels procediments de mesura
- Disseny d’anàlisi estadística
- Anàlisi bàsica de dades descriptives univariades/bivariades
- Anàlisi de correlacions i modelització estadística
- Anàlisi de dades d’alt rendiment
- Anàlisi de dades de microarrays
- Anàlisi de dades RTqPCR (targetes microfluídiques).
- Anàlisi de variants d’exoma
- Estudis metagenòmics/metabarcodificació
- Anàlisi de dades d’ARN-seq
- Altres estudis NGS
– Anàlisi de dades de metilació
– Seqüenciació “de novo”.
- Anàlisi avançada de dades
- Anàlisi integrativa de dades d’òmics
- Selecció i validació de biomarcadors
- Comunicació de resultats científics
- Generació de taules i gràfics
- Mètodes d’anàlisi escriptura
- Interpretació de resultats
- Revisió estadística de publicacions o presentacions
- Respon als comentaris del revisor
- Desenvolupament i manteniment d’aplicacions bioinformàtiques
- Bases de dades locals o en línia específiques
- Aplicacions i interfícies d’usuari a mida
- Instal·lació i manteniment d’aplicacions bioinformàtiques
- Reserva de recursos (programari i maquinari) per a anàlisis de “big data”.
- Activitats formatives generals o específiques
- Cursos sobre temes generals (estadística, bioinformàtica) o específics (base de dades d’anàlisi d’expressió gènica, anàlisi de supervivència)
- Participació en programes de formació formal a l’entorn VHIR o VH
Equipament
La UEB disposa del maquinari i el programari adequats per desenvolupar les seves tasques:
Estacions de treball HP amb dos/quatre processadors (quad*core) i 8/16 GiB de RAM que s’executen a GNU/Linux
Servidor i clúster d’alta capacitat per a processos que requereixen càlcul intensiu
Node principal amb 64 GiB de RAM
Diversos nodes secundaris per a la computació paral·lela
Servidor web per fer accessibles els resultats dels estudis i eines d’anàlisi desenvolupades per la UEB
Eines estadístiques i bioinformàtiques:
Programari estadístic: R, Stata, SAS, PASS
Eines d’anàlisi de dades:
codi lliure/obert (Bioconductor, GenePattern, Qiime, DAVID…)
o programari propietari (Ingenuity Pathways, CLC Genomics Workbench)
Eines de desenvolupament: MySQL, PHP, Perl, Python, Java
Publicacions
Microarray expression analysis in idiopathic and LRRK2-associated Parkinson's disease
Neurobiol Dis. 2012 Jan;45(1):462-8.
Neurobiol Dis. 2012 Jan;45(1):462-8.
Brain transcriptomic profiling in idiopathic and LRRK2-associated Parkinson's disease
Parkinson's disease. Brain Res. 2012 May 24
Parkinson's disease. Brain Res. 2012 May 24
Transcriptomics: mRNA and alternative splicing
J Neuroimmunol. 2012 May 22
J Neuroimmunol. 2012 May 22
Batch effects correction improves the sensitivity of significance tests in spectral counting-based comparative discovery proteomics
J Proteomics. 2012 May 12
J Proteomics. 2012 May 12
The Jejunum of Diarrhea-Predominant Irritable Bowel Syndrome Shows Molecular Alterations in the Tight Junction Signaling Pathway That Are Associated With Mucosal Pathobiology and Clinical Manifestations
Am J Gastroenterol. 2012 Mar 13. doi: 10.1038/ajg.2011.472
Am J Gastroenterol. 2012 Mar 13. doi: 10.1038/ajg.2011.472
