Search for facilities
Per fer la cerca, heu d’entrar algun valor a algun dels camps

UBIOES-DM : Unitat de bioestadística i gestió de dades

GINYS-ISGLOBAL-002
Sergi Sanz
Cap de UBIOES-DM
sergi.sanz@isglobal.org | ORCID |
La Unitat de Bioestadística i Gestió de Dades (UBIOES-GD) va començar el seu camí al 1994 amb l’objectiu de donar suport en l’àmbit de les dades als grups de recerca de l’Hospital Clínic de Barcelona i als seus col·laboradors.
 
Actualment la missió de la UBIOES-GD és oferir assessorament, serveis i formació a les necessitats que puguin tenir els projectes de les àrees de recerca biomèdica, clínica o mediambiental des de la vessant de la gestió de dades i de l’anàlisi estadística.
 
Aquest suport engloba tot el cicle de vida de les dades. Això inclou la creació, gestió, anàlisi, preservació i compartició de les dades, amb l'objectiu de transformar la informació recollida en coneixement.
 
Per fer front a totes aquestes necessitats, la UBIOES-GD està formada per tècnics gestors de dades i per tècnics analistes de dades que permeten a la Unitat donar el següent conjunt de serveis:
 

Serveis

1. Gestió de Dades

Disseny i organització de les dades

  • Assessorament i suport en la implementació dels procediments de recollida i gestió de dades del projecte de recerca, en la selecció d’eines i sistemes més adequats en cada cas i en el disseny de l’estudi
  • Oferim ampli coneixement de diferents eines i sistemes de captura i gestió de dades (sistemes EDC: Electronic Data Capture): REDCap, LibreClinica, OpenClinica, KoboToolBox, ODK
  • Creació del projecte de recollida de dades en el sistema EDC escollit, dels formularis, preguntes i validacions de qualitat de dades. Estudis longitudinals, creació de CRDe, aleatorització de pacients, ús d’enquestes, ús de dispositius mòbils, aplicacions mòbils…
  • Disseny de bases de dades, aplicacions i/o adaptacions necessàries per complir amb requeriments específics de dades del projecte
  • Importació de dades d’altres bases de dades o migracions d’altres sistemes
  • Establiment d’eines i protocols de recollida de dades (guiats per GCDMP: Good Clinical Data Management Practices), i de seguretat del sistema EDC
  • Suport, documentació i formació als diferents perfils d’usuaris de dades
  • Creació, revisió i posada a punt del pla de gestió de dades (DMP: Data Management Plan)

Processament de dades

  • Elaboració d’informes periòdics de seguiment de la entrada de dades
  • Control i seguiment de la qualitat de les dades
  • Dashboards i informes resum de dades
  • Definició de procediments de monitoratge de les dades, i suport en la seva implementació
  • Exportació de dades personalitzada
  • Tancament segur del projecte i les seves dades

2. Curació i publicació de Dades

  • Homogeneïtzació i estandardització de conjunts de dades.
  • Adaptació de les dades als principis FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable).
  • Publicació de dades en el repositori CORA o altres repositoris basats en Dataverse.

3. Anàlisi de Dades

Servei d’assessorament

  • Càlcul de la grandària de la mostra
  • Disseny estadístic del projecte de recerca
  • Redacció de la metodologia estadística per aplicar a una beca
  • Redacció i revisió de la metodologia estadística per a publicacions a revistes
  • Assessorament puntual de metodologia estadística
  • Redacció del pla d’anàlisi estadística d’un projecte de recerca (Statistical Analysis Plan, SAP)
  • Aleatorització dels pacients participants en un assaig clínic en els grups d’estudi

Anàlisi estadística

  • Anàlisi descriptiva de les dades
  • Modelització estadística de les dades
  • Tècniques de machine learning
  • Visualització de dades

Monitoratge de dades i seguretat (DSMB) 

  • Generació d’informes estadístics d’avaluació d’assajos clínics
  • Gestió de la recollida dels esdeveniments adversos
  • Anàlisi estadística cega o oberta pel grup de seguretat (DSMB)
  • Assessorament estadístic independent del grup de seguretat (DSMB)

4. Formació

  • Píndoles (cursos de menys de 4h):
    • Estadística bàsica amb Stata
    • Regressió lineal amb Stata
    • Regressió logística amb Stata
    • Gestió de dades amb Excel (Excel no és una eina de gestió de dades)
    • Conceptes bàsics de gestió de dades en recerca i el cicle de vida de les dades
  • Curs d’estadística bàsica (dins del màster propi en Salut Global de la UB / ISGlobal)
 

Equipament

  • Aplicatius de captura i gestió de dades: REDCap, LibreClinica, OpenClinica, KoboToolBox, ODK
  • Aplicatius de dashboards i informes: R Shiny, R Markdown, Google Data Studio
  • Programari estadístic: Stata, Stata MP, R, PASS
  • Desenvolupament d’aplicacions: PHP, Python, Java, R Shiny
  • Bases de dades: MySQL, Ms Access, Google Big Query, MongoDB
  • Procediments ETL (Extract, Transform, Load) i disseny d’altres pipelines d’extracció de dades

Personal

Cap d'Unitat. Analista de dades sènior. Professor associat UB
Sergi Sanz | sergi.sanz@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Coordinadora gestió de dades. Gestora de dades sènior
Susana Méndez | susana.mendez@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Analista de dades sènior
Llorenç Quintó | llorenc.quinto@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Gestor de dades
Marc Bañuls | marc.banuls@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Analista de dades. Professor associat UB
Alba Morató | alba.morato@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Analista de dades
Núria Botella | nuria.botella@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Gestor de dades
Adrian Carrascosa | adrian.carrascosa@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Analista de dades
Ariadna Ortiga | ariadna.ortiga@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID

Projectes

Títol: CaDMIA i CaDMIA+: Validació de l'Autòpsia Mínimament Invasiva (AMI) com a eina per a la investigació de les causes de mortalitat en països en desenvolupament
Referència: https://www.isglobal.org/en/-/cadmia-plus
Organisme finançador: Bill & Melinda Gates Foundation (2013-2015 and 2016-2018)
Estat: Acabat
Títol: The Mamah Project
Referència: https://www.mamahproject.net/
Organisme finançador: EU-European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP)
Estat: Actiu
Títol: BOHEMIA: Ivermectin for Malaria
Referència: https://bohemiaconsortium.org/
Organisme finançador: Unitaid (WHO)
Estat: Actiu
Títol: TIPTOP: Transforming Intermittent Preventive Treatment for Optimal Pregnancy
Referència: https://www.tiptopmalaria.org/
Organisme finançador: Unitaid (WHO)
Estat: Actiu
Títol: ICARIA: Improving Care through Azithromycin Research for Infants in Africa
Referència: https://www.isglobal.org/en/-/icaria
Organisme finançador: Bill & Melinda Gates Foundation; "la Caixa" Banking Foundation
Estat: Actiu
Títol: MULTIPLY: MULTIple doses of IPTi Proposal: a Lifesaving high Yield intervention
Referència: https://www.isglobal.org/en/-/multiply
Organisme finançador: EU-European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP)
Estat: Actiu
Títol: ChagasLAMP: Field validation of Trypanosoma cruzi-LAMP: a molecular point-of-care test for the control of congenital Chagas disease
Referència: https://www.isglobal.org/en/-/chagaslamp-ghit-g2020-203-
Organisme finançador: Global Health Innovative Fund (GHIT)
Estat: Actiu
Títol: TESEO: New chemotherapy regimens and biomarkers for Chagas Disease
Referència: https://www.isglobal.org/en/-/teseo
Organisme finançador: U.S. National Institutes of Health (NIH)
Estat: Actiu
Títol: MIBio: Identification of Prematurity and Pre-Eclampsia as Causes of Mortality
Referència: https://www.isglobal.org/-/mibio
Organisme finançador: Bill & Melinda Gates Foundation
Estat: Acabat
Títol: MA-CoV: Maternal health and Covid-19
Referència: https://www.mamahproject.net/ma-cov-the-project/
Organisme finançador: EU-European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP)
Estat: Acabat
Títol: SEROCOV: Seroprevalence of antibodies against SARS-CoV-2 among health care workers in a large Spanish reference hospital
Referència: https://www.nature.com/articles/s41467-020-17318-x
Organisme finançador: Gencat
Estat: Actiu
Títol: MESA-Track: A living database which captures research projects and institutions’ portfolios in malaria elimination and eradication
Referència: https://mesamalaria.org/mesa-track
Organisme finançador: Bill & Melinda Gates Foundation
Estat: Actiu

Publicacions

HTML output in Stata
Quintó, L., Sanz, S., De Lazzari, E., Aponte, JJ.
The Stata Journal. 2012;12(4):702–717. doi: 10.1177/1536867X1201200409
DOI: https://doi.org/10.1177/1536867X1201200409
Relationship between haemoglobin and haematocrit in the definition of anaemia
​​Quintó, L., Aponte, JJ., Menéndez, C., Sacarlal, J., Aide, P., Espasa, M., Mandomando, I., Guinovart, C., Macete, E., Hirt, R., Urassa, H., Navia, MM., Thompson, R., Alonso, PL.
Trop Med Int Health. 2006 Aug;11(8):1295-302. doi: 10.1111/j.1365-3156.2006.01679.x. PMID: 16903892
DOI: https://doi.org/10.1111/j.1365-3156.2006.01679.x
Quality of care and maternal mortality in a tertiary-level hospital in Mozambique: a retrospective study of clinicopathological discrepancies
Menéndez, C., Quintó, L., Castillo, P., Fernandes, F., Carrilho, C., Ismail, MR., Lorenzoni, C., Hurtado, JC., Rakislova, N., Munguambe, K., Moraleda, C., Maixenchs, M., Macete, E., Mandomando, I., Martínez, MJ., Alonso, PL., Bassat, Q., Ordi, J.
Lancet Glob Health. 2020 Jul;8(7):e965-e972. doi: 10.1016/S2214-109X(20)30236-9. PMID: 32562652; PMCID: PMC7303952
DOI: https://doi.org/10.1016/S2214-109X(20)30236-9
Incremental impact on malaria incidence following indoor residual spraying in a highly endemic area with high standard ITN access in Mozambique: results from a cluster-randomized study
Chaccour, C., Zulliger, R., Wagman, J., Casellas, A., Nacima, A., Elobolobo, E., Savaio, B., Saifodine, A., Fornadel, C., Richardson, J., Candrinho, B., Robertson, M., Saute, F.
Malar J. 2021 Feb 10;20(1):84. doi: 10.1186/s12936-021-03611-7. PMID: 33568137; PMCID: PMC7877039
DOI: https://doi.org/10.1186/s12936-021-03611-7
What to expect and when: benznidazole toxicity in chronic Chagas' disease treatment
Aldasoro, E., Posada, E., Requena-Méndez, A., Calvo-Cano, A., Serret, N., Casellas, A., Sanz, S., Soy, D., Pinazo, MJ., Gascon, J.
J Antimicrob Chemother. 2018 Apr 1;73(4):1060-1067. doi: 10.1093/jac/dkx516. PMID: 29351667
DOI: https://doi.org/10.1093/jac/dkx516
Mass treatment with single-dose azithromycin for yaws
Mitjà, O., Houinei, W., Moses, P., Kapa, A., Paru, R., Hays, R., Lukehart, S., Godornes, C., Bieb, SV., Grice, T., Siba, P., Mabey, D., Sanz, S., Alonso, PL., Asiedu, K., Bassat, Q.
N Engl J Med. 2015 Feb 19;372(8):703-10. doi: 10.1056/NEJMoa1408586. PMID: 25693010.
DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa1408586
Efficacy and safety of intermittent preventive treatment with sulfadoxine-pyrimethamine for malaria in African infants: a pooled analysis of six randomised, placebo-controlled trials
Aponte, JJ., Schellenberg, D., Egan, A., Breckenridge, A., Carneiro, I., Critchley, J., Danquah, I., Dodoo, A., Kobbe, R., Lell, B., May, J., Premji, Z., Sanz, S., Sevene, E., Soulaymani-Becheikh, R., Winstanley, P., Adjei, S., Anemana, S., Chandramohan, D., Issifou, S., Mockenhaupt, F., Owusu-Agyei, S., Greenwood, B., Grobusch, MP., Kremsner, PG., Macete, E., Mshinda, H., Newman, RD., Slutsker, L., Tanner, M., Alonso, P., Menendez, C.
Lancet. 2009 Oct 31;374(9700):1533-42. doi: 10.1016/S0140-6736(09)61258-7. Epub 2009 Sep 16. PMID: 19765816.
DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(09)61258-7

CENTRE

ISGLOBAL - Institut de Salut Global de Barcelona

Rosselló, 132, 6ª planta

08036 Barcelona http://www.isglobal.org/ca/

ÀMBITS RIS3CAT

  • Sistema educatiu i de generació de coneixement
  • Sistema industrial
  • Sistema sociosanitari

CATEGORIES

  • TECNOLOGIES DE LA INFORMACIÓ
    • Bioestadística
    • Sistemes d’informació en salut

TARIFES I ACCÉS

Tarifes_GINYS-ISGLOBAL-002_1.pdf
Nivell de Disponibilitat: Baixa
Procediment d’accès:
Obert. Contacta amb Sergi Sanz per sol·licitar un servei i demanar pressupost.

FACILITIES NETWORKS

BiB – Xarxa Bioinformatica de Catalunya

Bioinformatics Barcelona (BIB) és una associació per a la provisió d'educació i formació, el foment de la recerca avançada, la transferència de coneixement i tecnologia, l'estimulació de la competitivitat i la innovació en el sector industrial, i la dotació d'una major visibilitat com a entitat internacional. BIB neix per cobrir la necessitat de generar sinergies entre la biologia i la informàtica, per a una unió més forta entre aquestes àrees i per al desenvolupament de programes d'educació i formació d'alta qualitat en la creació de talent bioinformàtic.

Network link
Reach: Catalonia
Estat: Activa
Finançament: Associació (IPSFL)
Pàgina PRC
CERCA - Ginys