UAT - Genomica
Serveis
1) PCR en temps real (qPCR) , amb les aplicacions següents:
- Expressió gènica i perfil transcripcional (quantificació absoluta i relativa)
- Anàlisi de miRNAs (perfilatge, quantificació) i estudis d’expressió d’ARN no codificants (ARNnc)
- Anàlisi de la variació genètica: detecció de SNPs, CNV, genotipat d’enzims relacionats amb el metabolisme dels fàrmacs (DME)
- HRM (High Resolution Melt), per a la detecció de variacions genètiques
A més de l’ús de l’equipament en autoservei (formació prèvia dels usuaris), s’ofereix suport en el disseny experimental i en l’anàlisi dels resultats. També es poden dur a terme experiments d’expressió “personalitzats”, incloent extracció d’ARN, tècnica experimental i anàlisi de dades, després de consultar amb el personal de la UAT.
2) Quantificació i control de qualitat dels àcids nucleics mitjançant l’ús d’electroforesi de xips (Bioanalyzer):
- Anàlisi de la qualitat de l’ARN (RIN) i quantificació
- Separació, determinació de mida i quantificació de fragments d’ADN
3) Quantificació d’àcids nucleics mitjançant l’ús de tècniques fluorimètriques (Picogreen ®, Ribogreen ®).
Aquest mètode de quantificació és el més sensible i específic, especialment recomanat quan es requereix una quantificació molt precisa (per exemple, per generar biblioteques per a NGS), o quan la concentració és molt baixa (fins a 25 pg/mL de dsDNA; fins a 1 ng). / ml d’ARN).
4) Seqüenciació per electroforesi capil·lar, amb les aplicacions següents:
- Seqüenciació de novo, reseqüenciació
- Detecció de SNP, mutacions i anàlisi de CNV
- Confirmació de construccions obtingudes per clonació
- Anàlisi de microsatèl·lits
- Discriminació al·lèlica
5) Autenticació de línies cel·lulars humanes
És un requisit cada cop més exigit per moltes revistes científiques. Es basa en l’anàlisi d’STRs (9 marcadors de polimorfisme + amelogenina, que donen lloc a un perfil únic per a cada línia cel·lular), segons les recomanacions de l’ATCC.
Les seves aplicacions són:
- Verificació de la identitat de les línies cel·lulars humanes establertes.
- Detecció de contaminació amb altres línies cel·lulars, de la mateixa espècie o d’una altra espècie.
- Establiment del perfil de noves línies cel·lulars (perfil STR únic).
Equipament
- PCR en temps real:
- 7000 SDS (bloc 96p) i 7900HT amb mòdul Fast (bloc 384p i targetes microfluídiques) (Applied Biosystems)
- LightCycler480 (blocs 96p i 384p) (Roche)
- Bioanalitzador 2100 (Agilent) . Sistema d’electroforesi basat en xips microfluídics (separació, dimensionament i quantificació automàtica de fragments d’àcid nucleic).
- Xip DNA1000
- Xip RNA Nano i Pico
- Tramitació de qualsevol altre tipus de xip facilitat pels usuaris.
- Seqüenciació capil·lar, en diferents formats (tubs i plaques) i condicions. Primers universals gratuïts sota demanda. (*)
- Autenticació de la línia cel·lular humana. (*)
(*) Serveis prestats mitjançant convenis amb proveïdors externs.
