Search for facilities
Per fer la cerca, heu d’entrar algun valor a algun dels camps

Proteòmica

GINYS-CRG-004
Eduard Sabidó
Cap d'Unitat
eduard.sabido@crg.cat | 933160834 | ORCID | Pàgina PRC
FACILITY WEBSITE
Carrer Doctor Aiguader 88
08003 Barcelona
La Unitat de Proteòmica és un esforç conjunt de la Universitat Pompeu Fabra i el Centre de Regulació Genòmica per crear una infraestructura de recerca innovadora amb un alt nivell d'excel·lència i sostenibilitat per donar suport als científics de l'àmbit biomèdic. Com a part de la Infraestructura Científico-Tècnica Singular (ICTS) OmicsTech (www.omicstech.es) del govern central, la Unitat de Proteòmica és una unitat de referència nacional en anàlisis de proteòmica.

Les activitats de la Unitat se centren en la prestació de serveis de proteòmica d'alta qualitat amb un fort valor afegit a la comunitat investigadora mitjançant:

  • Assessorament, expertesa i experiència en anàlisis de proteòmica
  • Desenvolupament de nous mètodes i tècniques facilitadores per la recerca i innovació puntera
  • Formació i la difusió activa dels nous mètodes i avenços científics en el camp de la proteòmica.

Serveis


Caracterització d’interaccions del proteoma

  • Identificació de les interaccions proteïna-proteïna
  • Identificació de les interaccions proteïna-ADN
  • Identificació de les interaccions proteïna-ARN

Caracterització de modificacions post-traduccionals

  • Identificació i quantificació de acetilacions, metilacions, i ubiquinacions en proteïnes purificades
  • Identificació i quantificació de modificacions post-traduccionals en histones purificades.
  • Identificació i quantificació de fosfopèptids

Caracterització de proteomes complets

  •     Quantificació de proteomes (amb i sense etiqueta – TMT, SILAC, etc)
  •     Quantificació de fosfoproteomes (amb i sense etiqueta – TMT, SILAC, etc)
  •     Caracterització de proteomes en biopsies líquides (plasma, líquid encefal·loraquídic)

Anàlisi d’una sola proteïna

  •     Confirmació d’una proteïna sobreexpressada en mostres complexes
  •     Identificació d’una proteïna en una banda de gel.
  •     Determinació del pes molecular de proteïna intacta

Proteòmica dirigida

  •     Selecció de pèptids per a la quantificació de biomarcadors mitjançant proteòmica dirigida
  •     Optimització de mètodes per a la quantificació de biomarcadors mitjançant proteòmica dirigida
  •     Quantificació de biomarcadors mitjançant proteòmica dirigida

Modificacions d’ARN i ADN

  •     Anàlisi de (ribo-)nucleòsids modificats per espectrometria de masses

Equipament

Com a centre de proteòmica de referència, la Unitat de Proteòmica disposa d’equips d’última generació que inclouen sistemes de cromatografia líquida d’alt rendiment i espectròmetres de masses d’alta resolució de tipus Orbitrap per identificar i quantificar les proteïnes d’interès.
Els instruments disponibles a la Unitat de Proteòmica cobreixen les tècniques més avançades del camp de la proteòmica, i són accessibles per als científics nacionals i internacionals.

Personal

Cap d'Unitat
Eduard Sabidó | eduard.sabido@crg.eu | ORCID | Pàgina PRC

Projectes

Títol: EU-LIFE: Aliança d'instituts de recerca que defensen una recerca excel·lent a Europa
Referència: https://eu-life.eu/
Organisme finançador: EU
Estat: Actiu
Títol: EPIC-XS: Proteomics (2019-2022)
Referència: https://epic-xs.eu/
Organisme finançador: EU
Estat: Actiu

Publicacions

BRCA1 mutations in high-grade serous ovarian cancer are associated with proteomic changes in DNA repair, splicing, transcription regulation and signaling
Melissa Bradbury, Eva Borràs, Josep Castellví, Olga Méndez, José Luis Sánchez-Iglesias, Assumpció Pérez-Benavente, Antonio Gil-Moreno, Eduard Sabidó & Anna Santamaria
Scientific Reports. 12 (1): 4445- - 2022-03-15 12(1)
DOI: 10.1038/s41598-022-08461-0
Urinary metabolic biomarkers of diet quality in European children are associated with metabolic health
Nikos Stratakis, Alexandros P Siskos, Eleni Papadopoulou, Anh N Nguyen, Yinqi Zhao, Katerina Margetaki, Chung-Ho E Lau, Muireann Coen, Lea Maitre, Silvia Fernández-Barrés, Lydiane Agier, Sandra Andrusaityte, Xavier Basagaña, Anne Lise Brantsaeter, Maribel Casas, Serena Fossati, Regina Grazuleviciene, Barbara Heude, Rosemary RC McEachan, Helle Margrete Meltzer, Christopher Millett, Fernanda Rauber, Oliver Robinson, Theano Roumeliotaki, Eva Borras, Eduard Sabidó, Jose Urquiza, Marina Vafeiadi, Paolo Vineis, Trudy Voortman, John Wright, David V Conti, Martine Vrijheid, Hector C Keun, Leda Chatzi
Elife. 11 (e71332): - 2022-01-25 11(e71332),
DOI: 10.7554/eLife.71332
Molecular characterization of triple negative breast cancer formaldehyde-fixed paraffin-embedded samples by data-independent acquisition proteomics
Silvia García-Adrián,Lucía Trilla-Fuertes,Angelo Gámez-Pozo,Cristina Chiva,Rocío López-Vacas,Elena López-Camacho,Andrea Zapater-Moros,María I. Lumbreras-Herrera,David Hardisson,Laura Yébenes,Pilar Zamora,Eduard Sabidó,Juan Ángel Fresno Vara,Enrique Espinosa
Proteomics. 22 (3): - 2022-01-01 22(3),
DOI: 10.1002/pmic.202100110
Multi-laboratory experiment PME11 for the standardization of phosphoproteome analysis
Núria Colomé, Joaquín Abian, Kerman Aloria, Jesús M. Arizmendi, Silvia Barceló-Batllori, Sophie Braga-Lagache, Odile Burlet-Schiltz, Montse Carrascal, J. Ignacio Casal, Eduard Chicano-Gálvez, Cristina Chiva, Luis Felipe Clemente, Felix Elortza, Josep M. Estanyol, Joaquín Fernandez-Irigoyen, Patricia Fernández-Puente, María José Fidalgo, Carine Froment, Manuel Fuentes, Carlos Fuentes-Almagro, Marina Gay, Alexandre Hainard, Manfred Heller, María Luisa Hernández, Nieves Ibarrola, Ibon Iloro, Thomas Kieselbach, Antonio Lario, Marie Locard-Paulet, Anabel Marina-Ramírez, Luna Martín, Esperanza Morato-López, Javier Muñoz, Rosana Navajas, M. Antonia Odena, Leticia Odriozola, Eliandre de Oliveira, Alberto Paradela, Carla Pasquarello, Vivian de los Rios, Cristina Ruiz-Romero, Eduard Sabidó, Manuel Sánchez del Pino, Jaime Sancho, Enrique Santamaría, Christine Schaeffer-Reiss, Justine Schneider, Carolina de la Torre, M. Luz Valero, Marta Vilaseca, Shuai Wu, Linfeng Wu, Pilar Ximénez de Embún, Francesc Canals, Fernando J. Corrales,
Journal Of Proteomics. 251 - 2022-01-01 251(),
DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104409
High-performance nano-flow liquid chromatography column combined with high- and low-collision energy data-independent acquisition enables targeted and discovery identification of modified ribonucleotides by mass spectrometry
Guadalupe Espadas, Julia Morales-Sanfrutos, Rebeca Medina, Morghan C Lucas, Eva Maria Novoa, Eduard Sabidó,
Journal Of Chromatography a. 1665 - 2022-01-01 1665(),
DOI: 10.1016/j.chroma.2022.462803

CENTRE

CRG - Centre de Regulació Genòmica

Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB)
Dr. Aiguader, 88

08003 Barcelona http://www.crg.eu/

COMPARTIDA AMB

ÀMBITS RIS3CAT

  • Sistema educatiu i de generació de coneixement
  • Sistema industrial
  • Sistema sociosanitari

CATEGORIES

  • EQUIPAMENT TECNOLÒGIC
    • Espectrometria, cromatografia i espectroscòpia
    • Proteòmica

TARIFES I ACCÉS

CRG-proteomics_2022r1
Nivell de Disponibilitat: Alta
Procediment d’accès:
Competitiu Obert. Consulteu el procediment

FACILITIES NETWORKS

PROTrEIN – Training of computational proteomics researchers
Xarxa europea de recerca i formació innovadora i interdisciplinària per formar la propera generació d'investigadors en proteòmica computacional. La xarxa reuneix els millors experts internacionals en proteòmica computacional, biologia de xarxes, visualització de dades, espectrometria de masses i gamificació de prestigioses institucions acadèmiques i privades europees i està formada per 11 beneficiaris i 8 organitzacions associades.
Network link
Reach: Europe
Estat: Activa
Finançament: EU H2020
Pàgina PRC
ICTS OmicsTech – Node de la ICTS OmicsTech
Missió: Realitzar estudis d'anàlisi de genoma, proteoma i metaboloma que permetin millorar significativament la salut i la qualitat de vida de les persones, en col·laboració amb les comunitats de recerca catalana, espanyola, europea i internacional. Promoure les Ciències Òmiques a Espanya, satisfent la creixent demanda d'anàlisi de seqüenciació, proteoma i metabolomes i assegurant la competitivitat d'Espanya en aplicacions tecnològiques en els camps de la Biomedicina, la Biologia i el sector Agroalimentari.
Network link
Reach: Spain
Estat: Activa
Finançament: Gencat - Gobierno de España - UE
Pàgina PRC
PRB3-PROTEORED – Plataforma de Recursos Biomoleculars: Plataforma Proteómica PROTEORED
Contribuir al disseny i desenvolupament de projectes en l'àmbit de la biotecnologia i la biomedicina, establir nous conceptes en biologia, identificar noves dianes diagnòstiques i terapèutiques, promoure el desenvolupament de nous productes biofarmacèutics i disseccionar el mecanisme d'acció. de drogues i els seus efectes selectius en individus concrets.
Network link
Reach: Spain
Estat: Activa
Finançament: ISCIII
Pàgina PRC
ProMed – Plataforma Proteòmica
El Centre de Regulació Genòmica (CRG) s’ha associat amb diversos instituts de recerca hospitalaris punters de Catalunya per crear una nova infraestructura d’avantguarda per estudiar i analitzar proteïnes. És la primera col·laboració d’aquest tipus entre instituts de recerca biomèdica i hospitals. L’equipament d’última generació adquirit contribuirà a cobrir la demanda creixent d’anàlisi de proteïnes de les institucions de recerca i innovació catalanes
Network link
Reach: Catalonia
Estat: Activa
Finançament: Gencat-FEDER-Fundació La Caixa
Pàgina PRC
CERCA - Ginys