Plataforma d'interacció molecular
GINYS-IDIBELL-006
La Plataforma d'Interaccions Moleculars proporciona suport científic i tecnològic a la comunitat científica en el camp de les interaccions moleculars i el biomarcadors utilitzant diversos abordatges. En primer lloc, Surface Plasmon Resonance (SPR) permet la monitorització en temps real de qualsevol tipus d'interaccions moleculars (proteïna-proteïna, proteïna-fàrmacs, proteïna-vesícules, proteïna-RNA, ...) i realitza mesures d'alta precisió de les constants d'afinitat i cinètiques, l’especificitat d'unió, isotipatge i cribratge de possibles medicaments / fàrmacs. A continuació, la tecnologia Luminex i SIMOA permet la detecció de fins a cinquanta biomarcadors diferents alhora en mostres biològiques i fluids utilitzant la tecnologia de perles magnètiques. A més, el metabolisme i la bioenergètica, que controlen funcions cel·lulars com la senyalització cel·lular, la proliferació o el destí cel·lular, poden ser mesurats mitjançant el Seahorse en temps real en cèl·lules vives. La respiració mitocondrial, la glucòlisi, la taxa d'oxidació d'ATP i l'oxidació d'àcids grassos es poden mesurar amb alta precisió.
Recentment hem adquirit una plataforma de transcriptòmica i proteòmica espacial d'alta resolució, CosMx (Nanostring). CosMx SMI permet la ràpida quantificació i visualització de fins a 6.000 ARN i 64 proteïnes validades a resolució unicel·lular en biòpsies i mostres de teixits.
La nostra missió és oferir un suport integrat, des del disseny experimental, l'optimització de les condicions de l'assaig, l'execució d'experiments fins a l'anàlisi de dades i la generació d'informes. La nostra tecnologia punta juntament amb la gran experiència i coneixement en recerca biomèdica i ciència de proteïnes estan al servei d'investigadors interns i externs.
Serveis
- Transcriptòmica i proteòmica espaial a resolució unicel·lular amb CosMx. Panells de 6000-RNA, 1000-RNA i 64-proteines, en format de 2- o 4-portes.
- Determinació de la constant d’afinitat (KD), cinètica: constants d’associació i dissociació (kon, Koff) en diferents models. Determinació de la concentració efectiva i control de qualitat. Isotipatge d’anticossos. Cribratge de possibles fàrmacs / biosimilars
- Quantificació de fins a 50 biomarcadors en mostres i fluids biològics sobre planxa de 96 pous per Luminex
- Quantificació ultrasensible de fins a 4-biomarcadors en fluids biològics i mostres en plaques de 96-pous amb SIMOA.
- Mesura de la taxa de consum d’oxigen (OCR) i la taxa d’acidificació extracel·lular (ECAR) sobre planxa de 96 pous (Seahorse): respiració mitocondrial, glucòlisi, producció d’ATP, lipòlisi
Escaneig fluorescent de diversos formats - Configuració i optimització de condicions experimentals
- Suport cientificotecnològic a investigadors
- Capacitació de nous usuaris en l’ús de l’equip.
Equipament
- CosMx Spatial Multiomics Single-Cell Imaging Platform (Nanostring)
- SIMOA SR-X ultra-sensitive biomarker detection system (Quanterix)
- Analitzador Seahorse XFe96 (Agilent) per a la detecció de OCR i ECAR en una placa de 96 pouets
- Magpix (Luminex) que inclou programari xPonent 4.2 per a anàlisi múltiplex de fins a 50 boletes magnètiques
- Biacore T-200 (GE) per l’anàlisi SPR d’interaccions
- Escàner de fluorescència Typhoon FLA9500 (GE) equipat amb làser blau, verd i vermell
Personal
Silvia Barceló | molecularinteractions@idibell.cat
Silvia Barceló | molecularinteractions@idibell.cat
Publicacions
SIRT6-dependent cysteine monoubiquitination in the PRE-SET domain of Suv39h1 regulates the NF-kB pathway.
Nature communications, 2018, 9:101
Nature communications, 2018, 9:101
KAT6B is a tumor suppressor histone H3 lysine 23 acetyltransferase undergoing genomic loss in small cell lung cancer.
Cancer Research 2015, 75, 3936-3945
Cancer Research 2015, 75, 3936-3945
Integration of DIGE and bioinformatics analyses reveals a role of the anti-obesity agent tungstate in redox and energy homeostasis pathways in brown adipose tissue.
Molecular and Cellular Proteomics, 2008, 7, 378-393
Molecular and Cellular Proteomics, 2008, 7, 378-393
