Plataforma de genòmica i transcriptómica
GINYS-IRSP-005
Sandra Camino
Coordinadora
La plataforma de Genòmica i Transcriptòmica és un laboratorio de recolzament a la investigació enfocat aconsellar, oferir serveis específics en tècniques genòmiques o transcritòmiques i en possar a disposició equipament específic per als investigadors i la comunitat científica.
Serveis
La Plataforma de GT ofereix els següents serveis:
- Quantificació i control de qualitat de mostres d’ àcids nucleics (Qubit 3.0, Nanodrop 2000 i Bioanalyzer 2100)
- Processament de mostres per a estudis amb Microarrays (Expressió gènica, perfils de miRNA, Citogenètica, GWAS)
- Real-time PCR (Expressió gènica, detecció de miRNA, discriminació alèl·ica , variació en nombre de còpies (CNV), quantificació absoluta….)
- Next-Generation Sequencing: seqüenciació d’exomas, seqüenciació d’ARNs o ADNs diana ( tecnologia Ampli-Seq), seqüenciació d’ARNs petits, seqüenciació de novo, ChiP-Seq, seqüenciació de gen 16S, metagenòmica…
- Seqüenciació Sanger: seqüenciació d’ADN, anàlisi de mutacions i polimorfismes, estudis de metilació de l’ADN, identificació de microorganismes, …
- Anàlisi de fragments: autetificació de línies cel·lulars, estudi de variació de nombre de còpies (MLPA), pèrdua d’heterozigositat (LOH), estudio de genotipat, inestabilitat de microsatèl·lits, estudis d’expansió d’ADN repetitiu…
- Anàlisi de dades òmiques
Alguns dels equips utilitzats per portar a terme aquestes tècniques són accessibles, en format autoservei, per als investigadors després de realitzar una formació específica.
Equipament
Equipament específic
- Affymetrix GS 3000 System array platform (upgrade 7G).
- 7900HT Fast Real-Time PCR system (96-well, 384-well, and TLDA blocs) (AB-ThermoFisher Sci)
- Bioanalyzer 2100 (Agilent Tech).
- Nanodrop 2000 (ThermoFisher Sci).
- Qubit 3.0 (ThermoFisher Sci)
- Infinite M200 PRO (Tecan) lector de microplaques: espectrofotòmetre, fluoròmetre, luminòmetre.
- 3130xl Genetic Analyzer capillary electrophoresis sequencer (ThermoFisher Sci).
- Ion GeneStudio S5 Next-Generation Sequencing System, with Ion Chef System (ThermoFisher Sci).
