Search for facilities
Per fer la cerca, heu d’entrar algun valor a algun dels camps

Plataforma bioinformàtica

GINYS-IDIBELL-009
Jose Luis Mosquera
Responsable
bioinformatics@idibell.cat | ORCID | Pàgina PRC
FACILITY WEBSITE
La Unitat de Bioinformàtica IDIBELL (IBU) va iniciar la seva activitat el 2018. La seva missió és proporcionar a tots els investigadors del campus de Bellvitge assessorament científic, suport metodològic i recursos tecnològics sobre bioinformàtica per millorar tant el nombre com la qualitat dels projectes de recerca amb dades d’omiques. També oferim serveis estàndard a la comunitat externa. El nostre personal té més de 15 anys d’experiència en disseny experimental, anàlisis de dades òmiques i integració de dades, creació i gestió de bases de dades i ontologies, desenvolupament de pipelines i d’eines, així com una llarga experiència en docència reglada i altres activitats formatives en els camps de les dades òmiques i la bioinformàtica.

Serveis

Consultoria
  • Disseny experimental
  • Metodologia bioinformàtica
  • Programari de bioinformàtica
  • Sol·licitud de subvencions: cotització de serveis, mida de mostra, planificació de mètodes, etc.
  • Servei personalitzat
Anàlisi de les dades
  • Dades òmiques: genòmica, transcriptòmica, epigenòmica, proteòmica, etc.
  • Mineria i anàlisi de dades utilitzant conjunts de dades públiques
  • Combinació d’informació clínica o biomèdica amb dades òmiques
  • Construcció de models de predicció/classificació fent servir tècniques d’aprenentatge
Desenvolupament de programari
  • Fluxos de treball o canalitzacions
  • Bases de dades i ontologies
  • Eines personalitzades
Activitats de formació

Equipament

Actualment, els recursos informàtics de la unitats consisteixen en

  • 2 Workstations
    • HP Z240: 8 Intel core i7-770 CPU, 3.60GHz, 64GB RAM, 4TB HD
    • HP Z2 G4: 8 Intel core i7-8700k CPU, 3.70GHz, 64GB RAM, 2TB HD
  • 2 Desktops
    • HP ProDesk 600 G3 MT: 8 Intel core i7-770 CPU, 3.60GHz, 64GB RAM, 2TB HD
    • DELL D05D001: 4 Intel core i5-2400 CPU, 3.40GHz, 6GB RAM, 250GB HD
  • 1 Laptop
    • MackBook Air: dual-core Intel Core i5, 1.6GHz, 8GB RAM, 128GB SSD
  • 1 Unitat d’emmagatzematge en xarxa
    • Synology Rackstation RS820RP+, 24TB HD

Personal

Responsable
Jose Luis Mosquera | bioinformatics@idibell.cat | ORCID | Pàgina PRC

Publicacions

DGCR8 and the six hit, three-step model of schwannomatosis.
Nogué C, Chong AS, Grau E, Han H, Dorca E, Roca C, Mosquera JL, Lázaro C, Foulkes WD, Brunet J, Rivera B.
Acta Neuropathologica (2021)
DOI: 10.1007/s00401-021-02387-z
Disruption of NIPBL/Scc2 in Cornelia de Lange Syndrome provokes cohesin genome-wide redistribution with an impact in the transcriptome.
Garcia P, Fernandez-Hernandez R, Cuadrado A, Coca I, Gomez A, Maqueda M, Latorre-Pellicer A, Puisac B, Ramos FJ, Sandoval J, Esteller M, Mosquera JL, Rodriguez J, Pié J, Losada A, Queralt E.
Nature Communications 12:4551 (2021)
DOI: 10.1038/s41467-021-24808-z
Repopulation of decellularized retinas with hiPSC-derived retinal pigment epithelial and ocular progenitor cells shows cell engraftment, organization and differentiation.
Maqueda M, Mosquera JL, García-Arumí J, Veiga A, Duarri A.
Biomaterials 276:121049 (2021).
DOI: 10.1016/j.biomaterials.2021.121049
REST is a major negative regulator of endocrine differentiation during pancreas organogenesis.
Rovira M, Atla G, Maestro MA, Grau V, García-Hurtado J, Maqueda M, Mosquera JL, Yamada Y, Kerr-Conte J, Pattou F, Ferrer J.
Genes & Development 35:1229-1242 (2021).
DOI: %2010.1101/gad.348501.121
Genome-Wide RNAi Screening Identifies Novel Pathways/Genes Involved in Oxidative Stress and Repurposable Drugs to Preserve Cystic Fibrosis Airway Epithelial Cell Integrity.
Checa J, Martínez-González I, Maqueda M, Mosquera JL, Aran JM.
Antioxidants 10(12):1936 (2021)
DOI: 10.3390/antiox10121936

CENTRE

IDIBELL - Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge

Gran Via de l'Hospitalet, 199
2a planta Edifici Terapèutic

08908 Hospitalet de Llobregat http://www.idibell.cat/

ÀMBITS RIS3CAT

  • Sistema educatiu i de generació de coneixement
  • Sistema industrial
  • Sistema sociosanitari

CATEGORIES

  • TECNOLOGIES DE LA INFORMACIÓ
    • Bioinformàtica

TARIFES I ACCÉS

IDIBELL-Tarifes-2022
Nivell de Disponibilitat: Mitja
Procediment d’accès:

Obert

FACILITIES NETWORKS

INB – Plataforma de Bioinformàtica
Proporcionar recursos bioinformàtics bàsics de classe mundial a la comunitat nacional i internacional de recerca en ciències de la vida en camps clau com ara la genòmica funcional, la transcriptòmica amb ARN-Seq, el genotipat, la medicina genòmica i les simulacions de dinàmica molecular. Proporcionar una plataforma de serveis bàsics integrats de bioinformàtica a la comunitat investigadora. Facilitar la participació coordinada de grups de bioinformàtica en projectes nacionals i internacionals de gran envergadura que requereixen i es beneficien d'equips estretament col·laboradors que es coneixen i estan acostumats a treballar conjuntament.
Network link
Reach: Spain
Estat: Activa
Finançament: ISCIII
Pàgina PRC
CERCA - Ginys