Genòmica traslacional
GINYS-IGTP-001
Plataforma de Genòmica Translacional
IGTP, Edifici Mar, Planta Baixa, PB2. Carretera de can Ruti, camí de les escoles, s/n
08916 Badalona, Barcelona
IGTP, Edifici Mar, Planta Baixa, PB2. Carretera de can Ruti, camí de les escoles, s/n
08916 Badalona, Barcelona
La Plataforma de Genòmica Translacional es va constituir l'any 1999 i actualment forma part de les instal·lacions bàsiques de l'IGTP. Ofereix assessorament tecnològic, metodològic i científic als investigadors del Campus Can Ruti i als grups de recerca externs que ho sol·licitin. El seu objectiu és impulsar la recerca, la innovació i la formació en tecnologies genòmiques. Paral·lelament ofereix un servei diari d'anàlisi genètica a les unitats de diagnòstic de l'Hospital Germans Trias.
La unitat organitza i participa periòdicament cursos de formació tècnica per a estudiants del màster en Immunologia (Màster en Immunologia, UB-UAB) i pel personal tècnic de suport.
També ofereix un servei de consultoria.
Forma part estructural del Hub de Seqüenciació Can Ruti per a la seqüenciació i el seguiment epidemiològic de les variants de SARS-CoV-2.
Serveis
Serveis d’Anàlisi Genètica:
- Seqüenciació massiva (NGS). Consisteix en la preparació de llibreries i posterior seqüenciació d’alt rendiment de la regió d’interès. La generació de les llibreries està orientada a l’obtenció de fragments de la mida adequada als quals s’han adjuntat identificadors de mostra i els adaptadors per llegir-los. Aplicacions: estudis de ADN genòmic, fragments d’ADN enriquits, genomes sencers simples, perfils metagenòmics (fongs i bacteris), ARN (transcriptòmic, perfil d’ARN), ARNs petits/miRNAs, Cromatina immunoprecipitada (Chip-Seq) etc.
- Electroforesi capil·lar per a la seqüenciació: Aquests són el gold standard pel diagnòstic genètic quan s’han d’analitzar regions específiques del genoma. Permeten tant la seqüenciació (Sanger) com l’anàlisi de fragments gènics (genescan). Les aplicacions més habituals són: seqüenciació d’ADN de novo; detecció de mutacions; estudis de discriminació d’al·lels (SNPS); anàlisi dels perfils de metilació gènica a les illes CpG d’ADN (MSP); anàlisi del nombre variable de còpies gèniques (CNV); anàlisi de microsatèl·lits (STRs, VNTR); PCR de lligació i amplificació multiplex dependent de sonda (MPLA). Això es realitza mitjançant els equips ABI 3130 i ABI 3130xl (Applied Biosystems).
- Electroforesi capil·lar per a l’anàlisi de qualitat dels àcids nucleics. Les aplicacions que s’ofereixen són: anàlisi de quantitat/qualitat d’ADNg (incloent l’índex d’integritat de l’ADN (DIN), fragments d’ADN (150-5.000 pb) i anàlisi d’ARN en format estàndard o d’alta sensibilitat (incloent el nombre d’integritat de l’ARN (RIN)).
- Amplificació d’àcids nucleics
- PCR en temps real permet la determinació de quantitats d’ADN, ARN o miRNAs presents a la mostra original (qPCR) o la identificació qualitativa d’ADN específics (genotipat).
Les principals aplicacions són: quantificació absoluta/relativa dels perfils diferencials d’expressió gènica; estudis de discriminació d’al·lels (SNPS); anàlisi dels perfils de metilació gènica a les illes CpG d’ADN (MSP); anàlisi del nombre variable de còpies de gens en ADN genòmic o viral (CNVs), quantificació de dosi gènica (QF-PCR per detectar aneuploïdies); High Resolution Melting (HRM) per a l’exploració de gens. - Droplet digital PCR (ddPCR) és una tecnologia que fragmenta cada mostra en més de 20.000 gotes en emulsió, dins de la qual té lloc la PCR. Es pot realitzar amb sondes de doble cadena o fluorescents marcades i proporciona una quantificació absoluta i ultrasensible dels àcids nucleics. És especialment útil per quantificar fragments gènics d’abundància baixa, variants d’al·lel (SNP), virus i bacteris poc representats en la barreja heterogènia, etc.
Serveis Complementaris
- Quantificació fluoromètrica amb un Quantus™ Fluoròmetre de dos canals optimitzat per mesurar àcids nucleics (ARN i ADN) abans i després de la generació de llibreries de seqüenciació.
- Dispensació automatitzada de líquids que permet preparar dilucions en sèrie, assajos de PCR, transferència de mostres de tubs a plaques (96 w i 384 w), reformateig de plaques, etc.
També ofereix serveis de consultoria sobre disseny experimental, preparació de mostres i anàlisi de resultats i interpretació global de dades.
Equipament
- 2 Seqüenciadors MiSeq® (Illumina): Dispositius de seqüenciació massiva que poden generar fins a 25 Gb per carrera, 25 M de lectures a partir de 2×300 bp i treballar en un màxim de 384 mostres indexades. Utilitza la tecnologia de seqüenciació per síntesi (SBS) i consisteix en l’amplificació, seqüenciació i anàlisi de dades en un instrument mitjançant el programari RTA v1.18.54.0 (Anàlisi en temps real), MCS v2.6.1.1 (MiSeq Control Software), MSR. 2.6.2.3 (MiSeq Reporter) i emmagatzematge de dades al núvol (BaseSpace).
- Analitzadors genètics ABI Prism 3130/3130xl (Applied Biosystems): Seqüenciadors amb 4-16 capil·lars per placa de 96 w o 383 w, càmera de detecció CCD i làser multilínia d’ions d’argó amb excitació primària a 488 i 514,5 nm. Adquisició de programari, Data Collection v3.1 i programa d’anàlisi Sequencing Analysis v5.4, GeneMapper v4.1 i SeqScape 2.7.
- 2200 TapeStation® (Agilent): Sistema d’electroforesi automàtic que analitza àcids nucleics (fragments o llibreries d’ADN o ARN) o proteïnes en un suport capil·lar (ScreenTape) i escaneja imatges. Permet el càlcul de la mida dels àcids nucleics (en pb) i de les proteïnes (kDa), la quantificació i l’anàlisi de qualitat mitjançant el programari GeneTools amb un sistema de comparació de bandes simplificades incorporat. Els sistemes utilitzen 1-2 µL de mostra i les lectures es poden fer en tubs individuals o plaques de 96 w.
- qPCR LightCycler®480 en temps real (Roche Diagnostics): Per a formats de plaques intercanviables 96w i 384w. Làmpada de xenó, emissions 430-630 nm, filtres amb excitació a 440, 465, 498, 533 i 618 nm i emissió a 488, 510, 580, 610, 640 i 660 nm que permeten la detecció dels fluorocroms més habituals (FAM, NED, ROX, SYBR, TAMRA i VIC). Programa LightCycler® 480 per a l’adquisició i anàlisi i LightCycler® Probe Design Software 2.0.1.
- NextSeq-1000: Equip de seqüenciació massiva que pot generar fins a 150 Gb per ús i 450 milions de lectures en carreres de 2×300 cicles. El sistema utilitza la seqüenciació per síntesi d’Illumina (SBS) i pot analitzar els resultats localment, mitjançant connexió remota i amb el sistema d’anàlisi secundària DRAGEN.
- Sistema MINion (Oxford Nanopore): Dispositiu de seqüenciació massiva basat en l’ús de nanopors suspesos sobre una membrana que permet el pas dels àcids nucleics (ADN i ARN). Les bases s’identifiquen calculant els canvis de corrent elèctric produïts a la membrana. Es generen lectures molt llargues (> 4 Mb) i fins a 50 Gb de dades en carreres de 72 hores a 420 bases/segon. Apte per a genomes/exomes/metagenòmics sencers, seqüenciació dirigida, transcriptoma sencer (ADNc), transcriptoma petit (ADN directe) i estudis de metilació.
- Sistema avançat QIAxcel: Es tracta d’un sistema d’electroforesi capil·lar automatitzat que separa fragments d’ADN i ARN en funció del pes molecular (fins a 96 mostres per tirada). El programari d’anàlisi (programari BioCalculator™) pot generar tant electroferogrames com imatges de gels i pot determinar: mida i concentració dels fragments d’ADN (15 pb a 15 Kb); b) proporció, concentració i qualitat de l’ARN total; c) cRNA/cDNA i qualitat d’ARN/ADN fragmentat.
- QX200™ Droplet Digital™ PCR System (ddPCR): El sistema és una combinació de tres dispositius: El generador de gotes QX200 divideix mostres en 200 gotes mitjançant microfluídica i una emulsió d’oli. Pot processar fins a un màxim de 8 mostres en 5 minuts. L’amplificació té lloc en un termociclador convencional en suport de placa de 96w utilitzant la química per a EvaGreen o basada en l’ús de sondes d’hidròlisi. El resultat de l’amplificació es llegeix en un QX200 Droplet Reader que pot analitzar fins a 96 mostres i disposa d’un sistema de detecció òptica (Multi-pixel photon) de fluorescència en els canals FAM (EvaGreen) i HEX (VIC alternativament). L’equip té un rang linear de discriminació de fins a 5 ordres de magnitud i una precisió de ±10%.
- Estació robòtica EpMotion 5070: Un sistema robòtic de dispensació de líquids amb dues eines d’un i vuit canals que dispensen volums d’entre 1 i 50µl. Té una precisió inferior al 2% cv a 1µL. Disposa d’un sensor òptic per detectar i calcular automàticament el volum de líquid, material de laboratori i puntes. És compatible amb tubs (0,2 ml a 50 ml) i microplaques de fins a 384 pous.
Personal
Maria del Pilar Armengol Barnils | mparmengol@igtp.cat
| 930 330 534
Irina Pey Salas | ipey@igtp.cat
| 930 330 534
Xavier Farré Ribas | xfarre@igtp.cat
| 930 330 534
