Espectrometria de masses i proteòmica

Equipament

• Orbitrap Eclipse (Thermo Scientific) (NOU 2021)La capacitat de la instal·lació es va reforçar significativament amb l’adquisició d’un espectròmetre de masses tríbrid de nova generació que inclou un quadrupol, una trampa d’ions lineals i un analitzador de masses Orbitrap. Aquest instrument permet múltiples tècniques de fragmentació (CID, HCD i ETD) durant qualsevol etapa de MSn, amb una posterior anàlisi de massa a la trampa d’ions o a l’analitzador de masses Orbitrap.L’instrument aprofita la combinació d’una font d’ions més brillant que els instruments Orbitrap anteriors, amb un tub de transferència de major capacitat i un embut d’ions electrodinàmic per augmentar la sensibilitat. Disposa d’una guia avançada de feix d’ions actius per millorar la robustesa, un quadrupol segmentat i una transmissió iònica millorada i un rendiment ETD.La tecnologia avançada de buit permet ajustar el buit a la cèl·lula IRM per millorar la transmissió d’ions i el S/N de proteïnes intactes, així com per a la seva fragmentació.

  Aquest instrument s’utilitza en les aplicacions més difícils en proteòmica, tant en enfocaments de dalt a baix com de baix a dalt. S’utilitza acoblat a dos sistemes nanoLC segons l’enfocament MS: un sistema Dionex Ultimate 3000 nanoLC (Thermo) o un UPLC NanoAcquity de Waters. En ambdós casos s’utilitza una interfície nanoESI basada en xips (Advion Triversa Nanomate).

• Evosep One (nou 2021)El cromatògraf Evosep One, que utilitzem acoblat a l’Orbitrap Eclipse, està dissenyat per poder treballar amb cromatografia ràpida i, per tant, proporciona una anàlisi robusta i d’alt rendiment real, sent ideal per a aplicacions proteòmiques clíniques.
  Aquest nanoLC utilitza Evotips com a columnes trampa d’un sol ús, on les mostres es carreguen i es dessalinen fora de línia. L’automostredor recull la punta i integra l’elució amb la cromatografia líquida. Això elimina els passos de manipulació de mostres i redueix les despeses generals del cicle d’injecció. Es garanteix un desgast mínim dels components mecànics, ja que tota l’elució i la formació de gradients es produeixen a baixa pressió. L’Evotip es deixa per a l’eliminació després de cada execució, cosa que permet una elució parcial per allargar la vida útil de la columna. Els pèptids importants analíticament es mantenen eficaçment i es redueix la contaminació creuada.El sistema Evosep facilita l’anàlisi LC-MS/MS d’un gran nombre de mostres per poder dur a terme de manera eficient l’anàlisi de cohorts de mostres en aplicacions clíniques i translacionals.

• Orbitrap Fusion Lumos (Thermo Scientific) (2016)La capacitat de la instal·lació es va reforçar significativament amb l’adquisició el 2016 d’aquest espectròmetre de masses tríbrid que inclou un quadripol, una trampa d’ions lineals i un analitzador de masses Orbitrap. Aquest instrument permet múltiples tècniques de fragmentació (CID, HCD i ETD) durant qualsevol etapa de MSn, amb una posterior anàlisi de massa a la trampa d’ions o a l’analitzador de masses Orbitrap.
  L’instrument aprofita la combinació d’una font d’ions més brillant que els instruments Orbitrap anteriors, amb un tub de transferència de major capacitat i un embut d’ions electrodinàmic per augmentar la sensibilitat. Disposa d’una guia avançada de feix d’ions actius per millorar la robustesa, un quadrupol segmentat i una transmissió iònica millorada i un rendiment ETD.
  La tecnologia avançada de buit permet ajustar el buit a la cèl·lula IRM per millorar la transmissió d’ions i el S/N de proteïnes intactes, així com per a la seva fragmentació.
  Aquest instrument s’utilitza en les aplicacions més difícils en proteòmica, tant en enfocaments de dalt a baix com de baix a dalt. S’utilitza acoblat a dos sistemes nanoLC segons l’enfocament MS: un sistema Dionex Ultimate 3000 nanoLC (Thermo) o un UPLC NanoAcquity de Waters. En ambdós casos s’utilitza una interfície nanoESI basada en xips (Advion Triversa Nanomate).

• Sistema MS d’alta definició Synapt (Waters-Micromass)Synapt High Definition MS System (Waters-Micromass) (2007). Instrument QTOF híbrid amb una cèl·lula Triwave incorporada. Aquest instrument permet combinar MS en tàndem amb mobilitat iònica, permetent així l’anàlisi de mostres diferenciades no només per la seva relació massa/càrrega, sinó també per la seva forma i mida. L’instrument s’utilitza per analitzar l’estructura macromolecular i la conformació de proteïnes intactes i per estudiar les interaccions no covalents. Quan es treballa en la seva configuració normal, l’instrument està connectat a una interfície nanoESI basada en xips (Advion Triversa Nanomate).
• Premier XELCT-Premier XE (Aigües-Micromassa) (2007). Espectròmetre de masses d’acceleració ortogonal i temps de lluita ideal per a l’anàlisi de compostos d’alt pes molecular. Aquest instrument ha estat modificat per aconseguir condicions inerts dins de la font d’ionització, per tal de permetre experiments d’intercanvi d’amida H/D per a l’estudi de les propietats dinàmiques i estructurals de les proteïnes i els seus complexos. En la configuració estàndard, funciona acoblat a un dispositiu LC (UPLC Acquity, Waters), per exemple, anàlisi de proteïnes grans (mAbs).-
• Dispositius complementaris
  La Instal·lació està equipada amb els següents dispositius complementaris, a més dels sistemes cromatogràfics ja esmentats:Un sistema Gelfree (Gel-Eluted Liquid Fraction Trapment Electrophoresis) per a la separació de proteïnes: Gelfree 8100 Fractionation system (Protein Discovery Inc.) (2010)