Bioinformàtica

Serveis

GENÒMICA

• Ensamblatge basat en referència i de novo de genomes eucariotes i procariotes.
• Reseqüenciació del genoma i avaluació de la qualitat dels conjunts del genoma.
• ChIP-seq (TFs, modificacions d’histona): trucada de pic, anàlisi d’unió diferencial entre grups de mostres, anotació de pic.
• Anàlisi de l’exoma sencer i del genoma sencer: trucada de variants, CNV.
• Identificació i anotació de variants estructurals d’ADN per a malalties humanes comunes i rares: anàlisi individual i familiar, mutacions del gen conductor del càncer.
• Comparació de genomes.
• Anotació funcional del genoma: predicció de gens ab initio, anotació de gens, transcripcions, motius d’ADN, promotors i altres elements reguladors de l’ADN.
• Anàlisi de 5C, Hi-C, ATAC-seq i altres dades d’alt rendiment.

TRANSCRIPTOMICA

• Ensamblatge de nou i basat en referència de transcriptomes eucariotes i procariotes.
• Anotació funcional del transcriptoma: predicció de gens ab initio, anotació de gens, transcripcions, motius d’ADN, promotors i altres elements reguladors.
• Crida de variants a partir de dades de seqüenciació del transcriptoma.
• Anàlisi de microarrays comercials i personalitzats: gens expressats de manera diferencial, comparació de grups.
• ARN-seq per a ARNm: descobriment de noves transcripcions, gens/transcripcions expressats de manera diferent.
• Anàlisi funcional de gens/transcripcions expressats de manera diferencial: termes d’ontologia gènica, motius d’ADN i anàlisi d’enriquiment de vies.
• ARN-seq per a ARN petit i no codificant: expressió diferencial, descobriment de nous microRNAs, predicció d’objectius de microRNA.
• Anàlisi de PCR en temps real d’OpenArray i altres dades experimentals d’alt rendiment.
• Identificació dels efectes del lot i visualització de dades i resultats: agrupació jeràrquica, mapes de calor, dendrogrames, gràfics de volcans, anàlisi de components principals per a la (des)similaritat global entre experiments.
• Seqüenciació basada en diana d’ARN: RIP-seq, iCLIP, CLIP-seq i altres.
• Anàlisi de repertoris de cèl·lules B i T (repertoris de receptors immunitaris adaptatius, o AIRR) a partir de dades de seqüenciació d’alt rendiment: assignació d’al·lels de línia germinal, identificació de clons, visualització de freqüències clonals.

METAGENÒMICA

• Anàlisi de l’amplicó (gens de l’ARNr 16S), dades de seqüenciació del genoma sencer i del transcriptoma.
• Identificació de comunitats microbianes, diversitat taxonòmica i abundància a nivells de gènere, família, ordre, classe, fílum.
• Conservació i abundància de mòduls funcionals de gens bacterians i vies bioquímiques.
• Estimació de la diversitat microbiana i cobertura de seqüències.
• Predicció ORF i anotació funcional.
• Anàlisi filogenètica.
• Anàlisi comparativa de mostres: perfils microbians, termes d’ontologia genètica, anàlisis metabòliques i de vies.

PROTEÒMICA I BIOINFORMÀTICA ESTRUCTURAL

• Predicció i anotació funcional de proteïnes.
• Anàlisi dels efectes dels SNP i altres variacions sobre l’estructura i la funció de les proteïnes.
• Alineació de múltiples seqüències.
• Assignació d’ortòlegs i paralogs.
• Anàlisi filogenètica i construcció d’arbres.
• Comparació d’estructura de proteïnes i modelització d’homologia 3D.
• Acoblament 3D proteïna-proteïna i proteïna-lligant.
• Predicció d’epítops de cèl·lules B i T.

BASES DE DADES, LLOCS WEB I PROGRAMARI

Tenim una àmplia experiència en disseny, desenvolupament i suport dels següents recursos bioinformàtics (consulteu els nostres projectes relacionats aquí):

• Bases de dades: relacionals i NoSQL.
• Llocs web per enviar, cercar i anàlisi de dades.
• Eines web.
• LIMSs (Laboratory Information Management System) per a la gestió de les operacions del laboratori, el flux de dades i la comunicació amb usuaris i col·laboradors externs.
• Avaluació i benchmarking de programari.
• Desenvolupament de programari: scripts bioinformàtics; canonades de processament i anàlisi de dades; aplicacions web de bioinformàtica integradora; navegadors personalitzats del genoma.
• Conduccions NextFlow.
• Solucions d’integració de dades externes i internes.

ALTRES

Si us plau, poseu-vos en contacte amb nosaltres amb qualsevol problema de bioinformàtica que tingueu, encara que no encaixi amb els que figuren als nostres serveis. Formant part de diverses comunitats i aliances bioinformàtiques podem trobar la solució o experts en la matèria. Entre els serveis personalitzats i addicionals que oferim són els següents:

• Suport en el disseny i anàlisi d’experiments NGS personalitzats.
• Anàlisi i gràfics estadístics: scripts R, estadística descriptiva i inferida, prova d’hipòtesis, estimació de la mida de la mostra, PCA, agrupació, regressió lineal, correlació, ANOVA.
• Formació individual.
• Enviament de dades a GEO, ArrayExpress, SRA i altres dipòsits de dades públiques.
• Explotar bases de dades públiques i publicacions i reanalitzar les dades publicades.
• Preparació del manuscrit: mètodes d’escriptura, resultats, interpretació i visualització dels resultats.
• Subvencions: mètodes d’escriptura, metodologia de gestió i intercanvi de dades, disseny d’anàlisis experimentals i bioinformàtiques, obtenció de resultats preliminars, interpretació de resultats.