Bioinformàtica
GINYS-IJC-005
Angelika Merkel
Core Facility Leader
Unitat de Bioinformática
Edifici IJC
Ctra. de Can Ruti
Cami de les Escoles s/n
08916 Badalona
Barcelona, Spain
La Unitat de Bioinformàtica de l'IJC ofereix tant a l'IJC com als investigadors externs serveis d'anàlisi computacional d'alta qualitat que cobreixen tots els aspectes del projecte relacionats amb les dades clíniques i biològiques. Això inclou disseny experimental i anàlisi de dades per a experiments de microarrays i seqüenciació de nova generació, consultoria estadística, integració de dades, interpretació i informes, així com desenvolupament de programari i gestió de bases de dades científiques.
El nostre equip està format per professionals qualificats amb una àmplia experiència en bioinformàtica i recerca i desenvolupadors experimentats. La unitat té accés a recursos informàtics d'alt rendiment i treballa estretament amb les unitats de Genòmica i Cèl·lula única.
Serveis
Unitat de Bioinformàtica: Serveis d’Anàlisi
La unitat proporciona processament i anàlisi de dades per a dades genòmiques, epigenòmices i transcriptòmiques microarrays i seqüenciació d’alt rendiment
Microarrays
- Genoma
panells SNV
• QC, trucada variant
• Agrupació de genotips personalitzada - Epigenoma
Metilació de l’ADN (450K, EPIC) • QC, Normalització • Crida de metilació (valors beta/M) • Clúster • Metilació diferencial (DM/DMR) • Gen + Associació elements reguladors - Transcriptoma
Matrius d’expressió gènica • QC, Normalització • Quantificació • Clúster • Expressió diferencial • Anàlisi de l’enriquiment del conjunt genètic matrius de microRNA • QC, Normalització • Quantificació • Clúster • Expressió diferencial • Predicció d’objectius • Correlació miRNA-expressió gènica
Seqüenciació d’alt rendiment
Genoma
- Seqüenciació del genoma sencer (WGS)
- Seqüenciació de l’exoma
- QC, Alineació
- Crida variant
Epigenoma
- ChIP-seq, ATAC-seq, DNAse-seq
- QC, Alineació
- Pica de trucades
- Enquadernació diferencial
- Anàlisi funcional Seqüenciació de bisulfits del genoma sencer (WGBS), Anàlisi de representació reduïda Bisulfit seqüenciació (RRBS)
- QC, Cartografia
- Crida de metilació
- Crida variant
- Anàlisi diferencial (DMR/ metiloma segmentació)
- Anotació funcional
Transcriptoma
- RNAseq (poli +/-, total)
- QC, cartografia • Quantificació
- Empalmament alternatiu
- Clúster
- Expressió diferencial
- Anàlisi de l’enriquiment del conjunt genètic
Altres serveis Consultoria
- Disseny experimental
- Assessorament estadístic
- Anàlisi de recomanacions de fluxos de treball i eines
Formació
- Pràctiques en pràctiques
- Seminaris
- Tallers
