Bioestadística / Bioinformàtica
GINYS-IRB-007
Dra. Camille Stephan-Otto Attolini
CORE FACILITY MANAGER
La missió de la Unitat de Bioestadística/Bioinformàtica és dur a terme investigacions col·laboratives i oferir recursos de consulta i recerca quantitativa a tots els grups de recerca de l'IRB Barcelona.
Ajudem els científics oferint serveis de consultoria tant a curt com a llarg termini en les àrees següents:
- Disseny experimental: mida de la mostra, disseny de l'estudi, planificació de la metodologia estadística
- Anàlisi de dades: bases de dades clíniques o biomèdiques, dades de genòmica
- Ajuda amb metodologia estadística en investigacions pròpies o alienes
- Programari: ajuda en l'ús de programari, desenvolupament de programari per satisfer les necessitats especials d'anàlisi de dades o disseny d'estudis
- Es realitzen investigacions metodològiques i desenvolupen recursos en tots els àmbits esmentats.
Serveis
- Microarrays: control de qualitat, expressió diferencial, anàlisi d’enriquiment de GO i KEGG, GSEA GO i KEGG, descobriment de signatures
- RNASeq: control de qualitat, expressió diferencial, anàlisi d’enriquiment de GO i KEGG, descobriment de signatures, canvi d’isoformes, trucada SNP
- ChipSeq: processament, control de qualitat, definició màxima + anotació + visualització, unió diferencial + anàlisi integrativa
- Seqüenciació del genoma sencer: processament, control de qualitat, trucada SNP, trucada per alteració del número de còpia
- Seqüenciació de l’exoma sencer: processament, control de qualitat, trucada SNP, trucada per alteració del número de còpia
- Proteòmica: processament, control de qualitat, expressió diferencial, anàlisi d’enriquiment de GO i KEGG
- Mineria i anàlisi de bases de dades públiques: selecció, curació de dades clíniques, processament de dades d’expressió, associació d’expressió i dades clíniques, integració de dades de nombre de còpies/genòmics
- Anàlisi TCGA: anàlisi exploratòria en tots els tipus de càncer: associació entre expressió i variables clíniques, anàlisi detallada amb variables clíniques i tècniques curades: associació amb expressió, integració de dades: nombre de còpies, expressió, mutacions, etc
- Microbioma: Control de qualitat + estimació OTU + abundància diferencial, Anàlisi filogenètica
- Predicció d’unió: predicció de la unió a ARN/ADN per proteïnes/gens
- Seqüenciació cel·lular única: processament, control de qualitat, expressió diferencial, agrupació, trajectòries, anàlisi d’enriquiment de GO i KEGG
- Assessorament: Assessoria estadística, Anàlisi de dades, Serveis personalitzats
- Disseny experimental
Personal
Dra. Camille Stephan-Otto Attolini | camille.stephan@irbbarcelona.org
| 934 020 217 | ORCID
| Pàgina PRC
Publicacions
A genome editing approach to study cancer stem cells in human tumors
Embo Molecular Medicine 9 (7 ) 869 - 879 (2017)
Embo Molecular Medicine 9 (7 ) 869 - 879 (2017)
Mex3a Marks a Slowly Dividing Subpopulation of Lgr5+ Intestinal Stem Cells
Cell Stem Cell 20 (6 ) 801 - 816.e7 (2017)
Cell Stem Cell 20 (6 ) 801 - 816.e7 (2017)
Targeting metastasis-initiating cells through the fatty acid receptor CD36.
Nature 541 (7635 ) 41-45 - + (2017)
Nature 541 (7635 ) 41-45 - + (2017)
Designing alternative splicing RNA-seq studies. Beyond generic guidelines
Bioinformatics 31 (22 ) 3631 - 3637 (2015)
Bioinformatics 31 (22 ) 3631 - 3637 (2015)
Inosine modifications in human tRNAs are incorporated at the precursor tRNA level
Nucleic Acids Research 43 (10 ) 5145 - 5157 (2015)
Nucleic Acids Research 43 (10 ) 5145 - 5157 (2015)
