ADM - Microscòpia digital avançada
GINYS-IRB-002
Julien Colombelli
CORE FACILITY MANAGER
La Microscòpia Digital Avançada és una unitat central de l'IRB Barcelona.
Es va inaugurar el gener de 2009 i ofereix accés i suport les 24 hores del dia, els 7 dies de la setmana, a 12 instruments d'imatge convencionals i d'última generació per a la investigació en ciències de la vida, des d'imatges d'alt contingut en microscòpia de camp ampli, confocal/multifotòn i de super resolució, fins a tècniques emergents. per a la manipulació cel·lular i imatges 3D basades en fulls de llum.
Pàgina de l'ADM al web de l'IRB Barcelona.
Serveis
Serveis per a l’IRB Barcelona i investigadors externs (públics o privats)
- Microscòpia confocal d’escaneig làser espectral. Imatges 3D, 4D i 5D amb secció òptica, detecció i resolució espectral personalitzades, mode de posició múltiple o d’alt contingut i control de l’entorn incubat per a cèl·lules vives.
Quatre unitats confocals LSM: sistemes confocals invertits (Leica SP5, LSM 780, LSM880) i un sistema confocal vertical (Leica SPE). - Microscòpia multifotònica. Imatge de fluorescència profunda del teixit mitjançant excitacions multifotòns i aplicacions derivades (SHG, etc…). Dissenyat a l’SP5 amb un làser IR de pols ultracurt MAITAI (710-990 nm).
- Microscòpia confocal de disc giratori. Imatge 5D ràpida amb el sistema Andor Revolution, equipat amb tecnologia de càmera EMCCD, fotoactivació FRAP i microinjecció, i amb el Yokogawa W1 equipat amb càmeres SCMOS.
- Sistema de superresolució multimodal per SIM/ISM/SMLM: el sistema Zeiss Elyra PS1 combina la microscòpia confocal (LSM880) amb tres modalitats de superresolució: microscòpia d’escaneig d’imatges (també conegut com Airyscan), microscòpia d’il·luminació estructurada (SIM) i microscòpia de localització de molècules individuals ( SMLM: STORM, PALM i variants).
- Imatge/detecció d’alt contingut amb microscòpia de camp ample de fluorescència automatitzada, disc giratori confocal o TIRF:
L’Olympus ScanR permet un microscopi invertit totalment automatitzat per obtenir imatges àmplies, plaques multipouc i multiposicions, imatges en directe automatitzades amb incubació de temperatura i control de CO2, il·luminació superestable per a l’anàlisi d’imatges reproduïbles i d’alt contingut i microscòpia de reflexió interna total (TIRF) per a imatges d’alt contrast. a les superfícies.
El sistema LIPSI de Nikon permet obtenir imatges ràpides de cribatge d’alt rendiment amb la modalitat de disc giratori confocal (CSU-W1 de Yokogawa) i múltiples lectures de plaques multipous, gràcies a la incubadora integrada i multimostra que carrega mostres automàticament. L’HTS es pot realitzar en fins a 20 plaques. El sistema també és molt adequat per a imatges a molt llarg termini (durada d’1 a 2 setmanes) ja que permet la càrrega impulsada per robots de múltiples experiments en paral·lel. - Manipulació làser de cèl·lules i organismes vius. FRAP i nanocirurgia làser combinades en un microscopi de fluorescència de camp ampli per realitzar patrons de FRAP i fluorescència, ablació cel·lular, dany a l’ADN, ablació subcel·lular i microscòpia correlativa.
El sistema de nanocirurgia làser Zeiss Axiovert 200M és una plataforma personalitzada equipada amb un làser UV polsat (355nm, 470ps) i detecció de disc giratori. - Microscòpia de full de llum per a òrgans òpticament clarificats: un sistema de detecció de base de macroscopi de doble cara i il·luminació de doble cara per a imatges 3D sense fluorescència i etiquetes de teixits/òrgans/organismes que van des de 0,5 mm fins a 2,5 cm.
- Aclariment òptic: oferim experiència amb les tècniques de Clearing de teixits òptics més recents, com ara BABB (Murray’s clear), CUBIC, DISCO family, ECI, DeepClear i molt més.
Lightsheet Microscope basat en maons LEGO, LEMOLISH (http://legolish.org/lemolish) un instrument de codi obert que permet obtenir imatges lightsheet d’òrgans netejats de mida de fins a 5 cm. - Microscòpia de full de llum per a organismes vius: un sistema SPIM d’il·luminació de doble cara d’alta resolució, que inclou múltiples vistes i rotació de mostres, per a imatges en directe de volum complet, per a mostres que van des de 50 µm fins a 1 mm.
- Microscopi de pla oblic (OPM) basat en fulls de llum: un sistema basat en fulls de llum personalitzat en un microscopi invertit per permetre la creació d’imatges de plaques multipous i altres suports de mostres convencionals.
- OPM d’alt rendiment. Un sistema OPM altament automatitzat per a imatges d’alt contingut d’organoides en plaques multipous, part del projecte MACH3CANCER (https://mach3cancer.org), finançat per l’AECC.
Equipament
L’ADM es compromet a desenvolupar instrumentació de recerca per adaptar, millorar o implementar recentment aplicacions innovadores d’imatge impulsades per la biologia, per exemple en el camp de la imatge mesoscòpica (microscòpia de fluorescència basada en fulls de llum).
La instal·lació ofereix accés a temps complet les 24 hores del dia, els 7 dies de la setmana:
La instal·lació ofereix accés a temps complet les 24 hores del dia, els 7 dies de la setmana:
- Microscòpia de transmissió i epifluorescència convencional i macroscòpia de fluorescència motoritzada
- Microscòpia confocal espectral, incloent FRAP, FRET, recompte (TCSPC) de fotons relacionat amb el temps de vida de la fluorescència (FLIM), fotoactivació i microscòpia multifotònica
- Microscòpia confocal de disc giratori
- Microscòpia TIRF
- Microscòpia automatitzada d’imatge d’alt contingut equipada amb epifluorescència
- Microscopia confocal pel cribatge automatitzat d’imatges d’alt contingut equipat amb carregador robotitzat i disc giratori
- Nanocirurgia làser de cèl·lules i organismes vius combinada amb FRAP
- Imatge 3D d’òrgan sencer basada en Full de Llum amb aclariment òptic
- Microscopi SPIM basat en Full de Llum per a organismes vius
- Estacions de treball per el processament d’imatges, inclòs un emmagatzematge HIVE (Acquifer) amb 240 TB i unitats computacionals (a partir de 2021)
- Microscòpia de pla oblic basat en Full de Llum per a mostres grans al microscopi invertit
Projectes
Títol:
NEUBIAS - Una nova xarxa per a analistes de bioimatge
Referència:
http://eubias.org/NEUBIAS
Organisme finançador:
COST-UE
Estat:
Actiu
Publicacions
Innovating in a bioimaging core through instrument development
Journal Of Microscopy (2024)
Journal Of Microscopy (2024)
Urease-powered nanobots for radionuclide bladder cancer therapy
Nature Nanotechnology 19 554 - 564 (2024)
Nature Nanotechnology 19 554 - 564 (2024)
Expansion microscopy of the chick embryo neural tube to overcome molecular crowding at the centrosomes-cilia
Star Protocols 4 (1 ) 101997 (2023)
Star Protocols 4 (1 ) 101997 (2023)
Neurogenesis redirects β-catenin from adherens junctions to the nucleus to promote axonal growth
Development 150 (16 ) dev201651 (2023)
Development 150 (16 ) dev201651 (2023)
The P4-ATPase Drs2 interacts with and stabilizes the multisubunit tethering complex TRAPPIII in yeast
Embo Reports 24 (5 ) e56134 (2023)
Embo Reports 24 (5 ) e56134 (2023)
Transient and DNA-free in vivo CRISPR/Cas9 genome editing for flexible modeling of endometrial carcinogenesis
Cancer Communications 43 (5 ) 620 - 624 (2023)
Cancer Communications 43 (5 ) 620 - 624 (2023)
Metastatic recurrence in colorectal cancer arises from residual EMP1+ cells
Nature 611 (7936 ) 603 - 613 (2022)
Nature 611 (7936 ) 603 - 613 (2022)
Targeted immunotherapy against distinct cancer-associated fibroblasts overcomes treatment resistance in refractory HER2+ breast tumors
Nature Communications 13 (1 ) 5310 (2022)
Nature Communications 13 (1 ) 5310 (2022)
The LEGO® brick road to open science and biotechnology
Trends In Biotechnology 40 (9 ) 1073 - 1087 (2022)
Trends In Biotechnology 40 (9 ) 1073 - 1087 (2022)
Control of hormone-driven organ disassembly by ECM remodeling and Yorkie-dependent apoptosis
Current Biology 31 (23 ) 5261 (2021)
Current Biology 31 (23 ) 5261 (2021)