ADM - Microscòpia digital avançada

GINYS-IRB-002
Julien Colombelli
CORE FACILITY MANAGER
La Microscòpia Digital Avançada és una unitat central de l'IRB Barcelona. Es va inaugurar el gener de 2009 i ofereix accés i suport les 24 hores del dia, els 7 dies de la setmana, a 12 instruments d'imatge convencionals i d'última generació per a la investigació en ciències de la vida, des d'imatges d'alt contingut en microscòpia de camp ampli, confocal/multifotòn i de super resolució, fins a tècniques emergents. per a la manipulació cel·lular i imatges 3D basades en fulls de llum. Pàgina de l'ADM al web de l'IRB Barcelona.

Serveis

Serveis per a l’IRB Barcelona i investigadors externs (públics o privats)
  • Microscòpia confocal d’escaneig làser espectral. Imatges 3D, 4D i 5D amb secció òptica, detecció i resolució espectral personalitzades, mode de posició múltiple o d’alt contingut i control de l’entorn incubat per a cèl·lules vives.
    Quatre unitats confocals LSM: sistemes confocals invertits (Leica SP5, LSM 780, LSM880) i un sistema confocal vertical (Leica SPE).
  • Microscòpia multifotònica. Imatge de fluorescència profunda del teixit mitjançant excitacions multifotòns i aplicacions derivades (SHG, etc…). Dissenyat a l’SP5 amb un làser IR de pols ultracurt MAITAI (710-990 nm).
  • Microscòpia confocal de disc giratori. Imatge 5D ràpida amb el sistema Andor Revolution, equipat amb tecnologia de càmera EMCCD, fotoactivació FRAP i microinjecció, i amb el Yokogawa W1 equipat amb càmeres SCMOS.
  • Sistema de superresolució multimodal per SIM/ISM/SMLM: el sistema Zeiss Elyra PS1 combina la microscòpia confocal (LSM880) amb tres modalitats de superresolució: microscòpia d’escaneig d’imatges (també conegut com Airyscan), microscòpia d’il·luminació estructurada (SIM) i microscòpia de localització de molècules individuals ( SMLM: STORM, PALM i variants).
  • Imatge/detecció d’alt contingut amb microscòpia de camp ample de fluorescència automatitzada, disc giratori confocal o TIRF:
    L’Olympus ScanR permet un microscopi invertit totalment automatitzat per obtenir imatges àmplies, plaques multipouc i multiposicions, imatges en directe automatitzades amb incubació de temperatura i control de CO2, il·luminació superestable per a l’anàlisi d’imatges reproduïbles i d’alt contingut i microscòpia de reflexió interna total (TIRF) per a imatges d’alt contrast. a les superfícies.
    El sistema LIPSI de Nikon permet obtenir imatges ràpides de cribatge d’alt rendiment amb la modalitat de disc giratori confocal (CSU-W1 de Yokogawa) i múltiples lectures de plaques multipous, gràcies a la incubadora integrada i multimostra que carrega mostres automàticament. L’HTS es pot realitzar en fins a 20 plaques. El sistema també és molt adequat per a imatges a molt llarg termini (durada d’1 a 2 setmanes) ja que permet la càrrega impulsada per robots de múltiples experiments en paral·lel.
  • Manipulació làser de cèl·lules i organismes vius. FRAP i nanocirurgia làser combinades en un microscopi de fluorescència de camp ampli per realitzar patrons de FRAP i fluorescència, ablació cel·lular, dany a l’ADN, ablació subcel·lular i microscòpia correlativa.
    El sistema de nanocirurgia làser Zeiss Axiovert 200M és una plataforma personalitzada equipada amb un làser UV polsat (355nm, 470ps) i detecció de disc giratori.
  • Microscòpia de full de llum per a òrgans òpticament clarificats: un sistema de detecció de base de macroscopi de doble cara i il·luminació de doble cara per a imatges 3D sense fluorescència i etiquetes de teixits/òrgans/organismes que van des de 0,5 mm fins a 2,5 cm.
  • Aclariment òptic: oferim experiència amb les tècniques de Clearing de teixits òptics més recents, com ara BABB (Murray’s clear), CUBIC, DISCO family, ECI, DeepClear i molt més.
    Lightsheet Microscope basat en maons LEGO, LEMOLISH (http://legolish.org/lemolish) un instrument de codi obert que permet obtenir imatges lightsheet d’òrgans netejats de mida de fins a 5 cm.
  • Microscòpia de full de llum per a organismes vius: un sistema SPIM d’il·luminació de doble cara d’alta resolució, que inclou múltiples vistes i rotació de mostres, per a imatges en directe de volum complet, per a mostres que van des de 50 µm fins a 1 mm. 
  • Microscopi de pla oblic (OPM) basat en fulls de llum: un sistema basat en fulls de llum personalitzat en un microscopi invertit per permetre la creació d’imatges de plaques multipous i altres suports de mostres convencionals.
  • OPM d’alt rendiment. Un sistema OPM altament automatitzat per a imatges d’alt contingut d’organoides en plaques multipous, part del projecte MACH3CANCER (https://mach3cancer.org), finançat per l’AECC.

Equipament

L’ADM es compromet a desenvolupar instrumentació de recerca per adaptar, millorar o implementar recentment aplicacions innovadores d’imatge impulsades per la biologia, per exemple en el camp de la imatge mesoscòpica (microscòpia de fluorescència basada en fulls de llum).
La instal·lació ofereix accés a temps complet les 24 hores del dia, els 7 dies de la setmana:
  • Microscòpia de transmissió i epifluorescència convencional i macroscòpia de fluorescència motoritzada
  • Microscòpia confocal espectral, incloent FRAP, FRET, recompte (TCSPC) de fotons relacionat amb el temps de vida de la fluorescència (FLIM), fotoactivació i microscòpia multifotònica
  • Microscòpia confocal de disc giratori
  • Microscòpia TIRF
  • Microscòpia automatitzada d’imatge d’alt contingut equipada amb epifluorescència
  • Microscopia confocal pel cribatge automatitzat d’imatges d’alt contingut  equipat amb carregador robotitzat i disc giratori
  • Nanocirurgia làser de cèl·lules i organismes vius combinada amb FRAP
  • Imatge 3D d’òrgan sencer basada en Full de Llum amb aclariment òptic
  • Microscopi SPIM basat en Full de Llum per a organismes vius
  • Estacions de treball per el processament d’imatges, inclòs un emmagatzematge HIVE (Acquifer) amb 240 TB i unitats computacionals (a partir de 2021)
  • Microscòpia de pla oblic basat en Full de Llum per a mostres grans al microscopi invertit

Personal

CORE FACILITY MANAGER
Julien Colombelli | julien.colombelli@irbbarcelona.org | 934 020 451 | ORCID | Pàgina PRC

Projectes

Títol: NEUBIAS - Una nova xarxa per a analistes de bioimatge
Organisme finançador: COST-UE
Estat: Actiu

Publicacions

Innovating in a bioimaging core through instrument development
Munck, Sebastian; De Bo, Christof; Cawthorne, Christopher; Colombelli, Julien
Journal Of Microscopy (2024)
Urease-powered nanobots for radionuclide bladder cancer therapy
Simo, C; Serra-Casablancas, M; Hortelao, AC; Di Carlo, V; Guallar-Garrido, S; Plaza-Garcia, S; Rabanal, RM; Ramos-Cabrer, P; Yaguee, B; Aguado, L; Bardia, L; Tosi, S; Gomez-Vallejo, V; Martin, A; Patino, T; Julian, E; Colombelli, J; Llop, J; Sanchez, S
Nature Nanotechnology 19 554 - 564 (2024)
Expansion microscopy of the chick embryo neural tube to overcome molecular crowding at the centrosomes-cilia
Wilmerding, A; Espana-Bonilla, P; Giakoumakis, NN; Saade, M
Star Protocols 4 (1 ) 101997 (2023)
Neurogenesis redirects β-catenin from adherens junctions to the nucleus to promote axonal growth
Herrera, A; Menendez, A; Ochoa, A; Bardia, L; Colombelli, J; Pons, S
Development 150 (16 ) dev201651 (2023)
The P4-ATPase Drs2 interacts with and stabilizes the multisubunit tethering complex TRAPPIII in yeast
Pazos, I; Puig-Tintó, M; Betancur, L; Cordero, J; Jiménez-Menéndez, N; Abella, M; Hernández, AC; Duran, AG; Adachi-Fernández, E; Belmonte-Mateos, C; Sabido-Bozo, S; Tosi, S; Nezu, A; Oliva, B; Colombelli, J; Graham, TR; Yoshimori, T; Muñiz, M; Hamasaki, M; Gallego, O
Embo Reports 24 (5 ) e56134 (2023)
Transient and DNA-free in vivo CRISPR/Cas9 genome editing for flexible modeling of endometrial carcinogenesis
Navaridas, R; Vidal-Sabanés, M; Ruiz-Mitjana, A; Perramon-Güell, A; Megino-Luque, C; Llobet-Navas, D; Matias-Guiu, X; Egea, J; Encinas, M; Bardia, L; Colombelli, J; Dolcet, X
Cancer Communications 43 (5 ) 620 - 624 (2023)
Metastatic recurrence in colorectal cancer arises from residual EMP1+ cells
Cañellas-Socias, A; Cortina, C; Hernando-Momblona, X; Palomo-Ponce, S; Mulholland, EJ; Turon, G; Mateo, L; Conti, S; Roman, O; Sevillano, M; Slebe, F; Stork, D; Caballé-Mestres, A; Berenguer-Llergo, A; Alvarez-Varela, A; Fenderico, N; Novellasdemunt, L; Jiménez-Gracia, L; Sipka, T; Bardia, L; Lorden, P; Colombelli, J; Heyn, H; Trepat, X;...
Nature 611 (7936 ) 603 - 613 (2022)
Targeted immunotherapy against distinct cancer-associated fibroblasts overcomes treatment resistance in refractory HER2+ breast tumors
Rivas, EI; Linares, J; Zwick, M; Gómez-Llonin, A; Guiu, M; Labernadie, A; Badia-Ramentol, J; Lladó, A; Bardia, L; Pérez-Núñez, I; Martínez-Ciarpaglini, C; Tarazona, N; Sallent-Aragay, A; Garrido, M; Celià-Terrassa, T; Burgués, O; Gomis, RR; Albanell, J; Calon, A
Nature Communications 13 (1 ) 5310 (2022)
The LEGO® brick road to open science and biotechnology
Boulter, E; Colombelli, J; Henriques, R; Feral, CC
Trends In Biotechnology 40 (9 ) 1073 - 1087 (2022)
Control of hormone-driven organ disassembly by ECM remodeling and Yorkie-dependent apoptosis
Fraire-Zamora, JJ; Tosi, S; Solon, J; Casanova, J
Current Biology 31 (23 ) 5261 (2021)

CENTRE

IRB Barcelona - Institut de Recerca Biomèdica

Parc Científic de Barcelona
Baldiri Reixac, 10

08028 Barcelona http://www.irbbarcelona.org/ca

ÀMBITS RIS3CAT

  • Sistema educatiu i de generació de coneixement
  • Sistema sociosanitari

CATEGORIES

  • EQUIPAMENT TECNOLÒGIC
    • Microscòpia
  • TECNOLOGIES DE LA INFORMACIÓ
    • Imatge Mèdica

TARIFES I ACCÉS

Nivell de Disponibilitat: Mitja
Procediment d’accès:
Obert. Consulteu les condicions a la pàgina web.

FACILITIES NETWORKS

ELMI – The European Light Microscopy Initiative
Xarxa de comunicació única entre científics europeus que treballen en el camp de la microscòpia de llum i els fabricants dels seus equips.
Reach: Europe
Estat: Activa
REMOA – Xarxa Espanyola de Microscòpia Òptica Avançada
Xarxa Espanyola de Microscòpia Òptica Avançada
Reach: Spain
Estat: Activa
CERCA - Ginys