UEB - Bioestadistica
GINYS-VHIR-010
La Unidad de Estadística y Bioinformática (UEB) fue creada en 2008 con el objetivo de promover el uso y el desarrollo de recursos estadísticos y bioinformáticos modernos sobre la investigación realizada en su entorno.
Actualmente, la Unidad de Estadística y Bioinformática incluye la antigua Unidad de Apoyo a la Metodología de la Investigación Biomédica (USMIB) y, dentro del Área de Apoyo Científico y Técnico del Instituto de Investigación Vall d'Hebron, tiene la misión de ofrecer asesoramiento, servicios y formación para la investigación clínica y biomédica.
Los principales objetivos de la UEB son:
- Dar soporte estadístico, metodológico y bioinformático a la investigación clínica y biomédica, principalmente en nuestro centro pero también en el resto de la comunidad.
- Contribuir a la formación en estadística y bioinformática para la investigación clínica y biomédica, mediante la realización de cursos propios y la participación en la formación formal del área del VHIR.
- Realizar actividades de innovación y desarrollo en el ámbito de la estadística y la bioinformática, especialmente en todo lo que pueda revertir en una mejora de los procedimientos y servicios prestados por la Unidad.
Servicios
- Asesoramiento estadístico y metodológico en investigación clínica y datos de alto rendimiento
- Asesoramiento en el desarrollo del protocolo de proyectos de investigación
- Estudio de diseño
- Cálculo del tamaño de la muestra
- Definición variable
- Protocolos y formularios de recogida de datos
- Formato y gestión de datos para estudios de datos de alto rendimiento
- Análisis de datos de estudios de investigación clínica
- Ejecución y análisis de datos
- Diseño de bases de datos
- Validación de los procedimientos de medida
- Diseño de análisis estadístico
- Análisis básico de datos descriptivos univariados/bivariados
- Análisis de correlaciones y modelización estadística
- Análisis de datos de alto rendimiento
- Análisis de datos de microarrays
- Análisis de datos RTqPCR (tarjetas microfluídicas).
- Análisis de variantes de exoma
- Estudios metagenómicos/metabarcodificación
- Análisis de datos de ARN-seq
- Otros estudios NGS
– Análisis de datos de metilación
– Secuenciación «de novo».
- Análisis avanzado de datos
- Análisis integrativo de datos de ómics
- Selección y validación de biomarcadores
- Comunicación de resultados científicos
- Generación de tablas y gráficos
- Métodos de análisis escritura
- Interpretación de resultados
- Revisión estadística de publicaciones o presentaciones
- Responde a los comentarios del revisor
- Desarrollo y mantenimiento de aplicaciones bioinformáticas
- Bases de datos locales o online específicas
- Aplicaciones e interfaces de usuario a medida
- Instalación y mantenimiento de aplicaciones bioinformáticas
- Reserva de recursos (software y hardware) para análisis de «big data».
- Actividades formativas generales o específicas
- Cursos sobre temas generales (estadística, bioinformática) o específicos (base de datos de análisis de expresión génica, análisis de supervivencia)
- Participación en programas de formación formal en el entorno VHIR o VH
Equipos
La UEB dispone del hardware y software adecuados para desarrollar sus tareas:
Estaciones de trabajo HP con dos/cuatro procesadores (quad*core) y 8/16 GiB de RAM que se ejecutan en GNU/Linux
Servidor y cluster de alta capacidad para procesos que requieren cálculo intensivo
Nodo principal con 64 GiB de RAM
Varios nodos secundarios para la computación paralela
Servidor web para hacer accesibles los resultados de los estudios y herramientas de análisis desarrollados por la UEB
Herramientas estadísticas y bioinformáticas:
Software estadístico: R, Stata, SAS, PASS
Herramientas de análisis de datos:
código libre/abierto (Bioconductor, GenePattern, Qiime, DAVID…)
o software propietario (Ingenuity Pathways, CLC Genomics Workbench)
Herramientas de desarrollo: MySQL, PHP, Perl, Python, Java
Personal
Publicaciones
Microarray expression analysis in idiopathic and LRRK2-associated Parkinson's disease
Neurobiol Dis. 2012 Jan;45(1):462-8.
Neurobiol Dis. 2012 Jan;45(1):462-8.
Brain transcriptomic profiling in idiopathic and LRRK2-associated Parkinson's disease
Parkinson's disease. Brain Res. 2012 May 24
Parkinson's disease. Brain Res. 2012 May 24
Transcriptomics: mRNA and alternative splicing
J Neuroimmunol. 2012 May 22
J Neuroimmunol. 2012 May 22
Batch effects correction improves the sensitivity of significance tests in spectral counting-based comparative discovery proteomics
J Proteomics. 2012 May 12
J Proteomics. 2012 May 12
The Jejunum of Diarrhea-Predominant Irritable Bowel Syndrome Shows Molecular Alterations in the Tight Junction Signaling Pathway That Are Associated With Mucosal Pathobiology and Clinical Manifestations
Am J Gastroenterol. 2012 Mar 13. doi: 10.1038/ajg.2011.472
Am J Gastroenterol. 2012 Mar 13. doi: 10.1038/ajg.2011.472
