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UBIOES-DM : Unidad de bioestadística y gestión de datos

GINYS-ISGLOBAL-002
Sergi Sanz
Cap de UBIOES-DM
sergi.sanz@isglobal.org | ORCID |
La Unidad de Bioestadística y Gestión de Datos (UBIOES-GD) empezó su camino en 1994 con el objetivo de dar soporte en el ámbito de los datos a los grupos de investigación del Hospital Clínico de Barcelona y a sus colaboradores.

Actualmente la misión de la UBIOES-GD es ofrecer asesoramiento, servicios y formación a las necesidades que puedan tener los proyectos de las áreas de investigación biomédica, clínica o medioambiental desde la vertiente de la gestión de datos y del análisis estadístico.

Este apoyo engloba todo el ciclo de vida de los datos. Esto incluye la creación, gestión, análisis, preservación y compartición de los datos, con el objetivo de transformar la información recogida en conocimiento.

Para hacer frente a todas estas necesidades, la UBIOES-GD está formada por técnicos gestores de datos y por técnicos analistas de datos que permiten a la Unidad ofrecer el siguiente conjunto de servicios:

Servicios

1. Gestión de Datos

Diseño y organización de los datos

  • Asesoramiento y apoyo en la implementación de los procedimientos de recogida y gestión de datos del proyecto de investigación, en la selección de herramientas y sistemas más adecuados en cada caso y en el diseño del estudio.
  • Ofrecemos amplio conocimiento de diferentes herramientas y sistemas de captura y gestión de datos (sistemas EDC: Electronic Data Capture): REDCap, LibreClinica, OpenClinica, KoboToolBox, ODK
  • Creación del proyecto de recogida de datos en el sistema EDC escogido, de los formularios, preguntas y validaciones de calidad de datos. Estudios longitudinales, creación de CRDe, aleatorización de pacientes, uso de encuestas, uso de dispositivos móviles, aplicaciones móviles…
  • Diseño de bases de datos, aplicaciones y/o adaptaciones necesarias para cumplir con requerimientos específicos de datos del proyecto
  • Importación de datos de otras bases de datos o migraciones de otros sistemas 
  • Establecimiento de herramientas y protocolos de recogida de datos (guiados por GCDMP: Good Clinical Data Management Practices), y de seguridad del sistema EDC
  • Apoyo, documentación y formación a los diferentes perfiles de usuarios de datos
  • Creación, revisión y puesta a punto del plan de gestión de datos (DMP: Data Management Plan)

Procesamiento de datos

  • Elaboración de informes periódicos de seguimiento de la entrada de datos
  • Control y seguimiento de la calidad de los datos
  • Dashboards e informes resumen de datos
  • Definición de procedimientos de monitorización de los datos, y apoyo en su implementación
  • Exportación de datos personalizada
  • Cierre seguro del proyecto y sus datos

2. Curación y publicación de Datos

  • Homogeneización y estandarización de conjuntos de datos.
  • Adaptación de los datos a los principios FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable).
  • Publicación de datos en el repositorio CORA o otros repositorios basados en Dataverse

3. Análisis de datos

Servicio de asesoramiento

  • Cálculo del tamaño de la muestra
  • Diseño estadístico del proyecto de investigación
  • Redacción de la metodología estadística para aplicar a una beca
  • Redacción y revisión de la metodología estadística para publicaciones en revistas
  • Asesoramiento puntual de metodología estadística
  • Redacción del plan de análisis estadístico de un proyecto de investigación (Statistical Analysis Plan, SAP)
  • Aleatorización de los pacientes participantes en un ensayo clínico en los grupos de estudio

Análisis estadístico

  • Análisis descriptivo de los datos
  • Modelización estadística de los datos 
  • Técnicas de machine learning
  • Visualización de datos

Monitoreo de datos y seguridad (DSMB)

  • Generación de informes estadísticos de evaluación de ensayos clínicos
  • Gestión de la recogida de los acontecimientos adversos 
  • Análisis estadístico ciego o abierto por el grupo de seguridad (DSMB)
  • Asesoramiento estadístico independiente del grupo de seguridad (DSMB)

4. Formación

  • Píldoras (cursos de menos de 4h): 
    • Estadística básica con Stata
    • Regresión lineal con Stata
    • Regresión logística con Stata
    • Gestión de datos con Excel (Excel no es una herramienta de gestión de datos)
    • Conceptos básicos de gestión de datos en investigación y el ciclo de vida de los datos
  • Curso de estadística básica (dentro del máster propio en Salud Global de la UB / ISGlobal)

Equipos

  • Aplicativos de captura y gestión de datos: REDCap, LibreClinica, OpenClinica, KoboToolBox, ODK
  • Aplicativos de dashboards e informes: R Shiny, R Markdown, Google Data Studio
  • Software estadístico: Stata, Stata MP, R, PASS
  • Desarrollo de aplicaciones: PHP, Python, Java, R Shiny
  • Bases de datos: MySQL, Ms Access, Google Big Query, MongoDB
  • Procedimientos ETL (Extract, Transform, Load) y diseño de otras pipelines de extracción de datos

Personal

Cap d'Unitat. Analista de dades sènior. Professor associat UB
Sergi Sanz | sergi.sanz@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Coordinadora gestió de dades. Gestora de dades sènior
Susana Méndez | susana.mendez@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Analista de dades sènior
Llorenç Quintó | llorenc.quinto@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Gestor de dades
Marc Bañuls | marc.banuls@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Analista de dades. Professor associat UB
Alba Morató | alba.morato@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Analista de dades
Núria Botella | nuria.botella@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Gestor de dades
Adrian Carrascosa | adrian.carrascosa@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID
Analista de dades
Ariadna Ortiga | ariadna.ortiga@isglobal.org | 9322754002790 | ORCID

Proyectos

Título: CaDMIA i CaDMIA+: Validació de l'Autòpsia Mínimament Invasiva (AMI) com a eina per a la investigació de les causes de mortalitat en països en desenvolupament
Referencia: https://www.isglobal.org/en/-/cadmia-plus
Organismo financiador: Bill & Melinda Gates Foundation (2013-2015 and 2016-2018)
Estado: Acabado
Título: The Mamah Project
Referencia: https://www.mamahproject.net/
Organismo financiador: EU-European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP)
Estado: Activo
Título: BOHEMIA: Ivermectin for Malaria
Referencia: https://bohemiaconsortium.org/
Organismo financiador: Unitaid (WHO)
Estado: Activo
Título: TIPTOP: Transforming Intermittent Preventive Treatment for Optimal Pregnancy
Referencia: https://www.tiptopmalaria.org/
Organismo financiador: Unitaid (WHO)
Estado: Activo
Título: ICARIA: Improving Care through Azithromycin Research for Infants in Africa
Referencia: https://www.isglobal.org/en/-/icaria
Organismo financiador: Bill & Melinda Gates Foundation; "la Caixa" Banking Foundation
Estado: Activo
Título: MULTIPLY: MULTIple doses of IPTi Proposal: a Lifesaving high Yield intervention
Referencia: https://www.isglobal.org/en/-/multiply
Organismo financiador: EU-European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP)
Estado: Activo
Título: ChagasLAMP: Field validation of Trypanosoma cruzi-LAMP: a molecular point-of-care test for the control of congenital Chagas disease
Referencia: https://www.isglobal.org/en/-/chagaslamp-ghit-g2020-203-
Organismo financiador: Global Health Innovative Fund (GHIT)
Estado: Activo
Título: TESEO: New chemotherapy regimens and biomarkers for Chagas Disease
Referencia: https://www.isglobal.org/en/-/teseo
Organismo financiador: U.S. National Institutes of Health (NIH)
Estado: Activo
Título: MIBio: Identification of Prematurity and Pre-Eclampsia as Causes of Mortality
Referencia: https://www.isglobal.org/-/mibio
Organismo financiador: Bill & Melinda Gates Foundation
Estado: Acabado
Título: MA-CoV: Maternal health and Covid-19
Referencia: https://www.mamahproject.net/ma-cov-the-project/
Organismo financiador: EU-European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP)
Estado: Acabado
Título: SEROCOV: Seroprevalence of antibodies against SARS-CoV-2 among health care workers in a large Spanish reference hospital
Referencia: https://www.nature.com/articles/s41467-020-17318-x
Organismo financiador: Gencat
Estado: Activo
Título: MESA-Track: A living database which captures research projects and institutions’ portfolios in malaria elimination and eradication
Referencia: https://mesamalaria.org/mesa-track
Organismo financiador: Bill & Melinda Gates Foundation
Estado: Activo

Publicaciones

HTML output in Stata
Quintó, L., Sanz, S., De Lazzari, E., Aponte, JJ.
The Stata Journal. 2012;12(4):702–717. doi: 10.1177/1536867X1201200409
DOI: https://doi.org/10.1177/1536867X1201200409
Relationship between haemoglobin and haematocrit in the definition of anaemia
​​Quintó, L., Aponte, JJ., Menéndez, C., Sacarlal, J., Aide, P., Espasa, M., Mandomando, I., Guinovart, C., Macete, E., Hirt, R., Urassa, H., Navia, MM., Thompson, R., Alonso, PL.
Trop Med Int Health. 2006 Aug;11(8):1295-302. doi: 10.1111/j.1365-3156.2006.01679.x. PMID: 16903892
DOI: https://doi.org/10.1111/j.1365-3156.2006.01679.x
Quality of care and maternal mortality in a tertiary-level hospital in Mozambique: a retrospective study of clinicopathological discrepancies
Menéndez, C., Quintó, L., Castillo, P., Fernandes, F., Carrilho, C., Ismail, MR., Lorenzoni, C., Hurtado, JC., Rakislova, N., Munguambe, K., Moraleda, C., Maixenchs, M., Macete, E., Mandomando, I., Martínez, MJ., Alonso, PL., Bassat, Q., Ordi, J.
Lancet Glob Health. 2020 Jul;8(7):e965-e972. doi: 10.1016/S2214-109X(20)30236-9. PMID: 32562652; PMCID: PMC7303952
DOI: https://doi.org/10.1016/S2214-109X(20)30236-9
Incremental impact on malaria incidence following indoor residual spraying in a highly endemic area with high standard ITN access in Mozambique: results from a cluster-randomized study
Chaccour, C., Zulliger, R., Wagman, J., Casellas, A., Nacima, A., Elobolobo, E., Savaio, B., Saifodine, A., Fornadel, C., Richardson, J., Candrinho, B., Robertson, M., Saute, F.
Malar J. 2021 Feb 10;20(1):84. doi: 10.1186/s12936-021-03611-7. PMID: 33568137; PMCID: PMC7877039
DOI: https://doi.org/10.1186/s12936-021-03611-7
What to expect and when: benznidazole toxicity in chronic Chagas' disease treatment
Aldasoro, E., Posada, E., Requena-Méndez, A., Calvo-Cano, A., Serret, N., Casellas, A., Sanz, S., Soy, D., Pinazo, MJ., Gascon, J.
J Antimicrob Chemother. 2018 Apr 1;73(4):1060-1067. doi: 10.1093/jac/dkx516. PMID: 29351667
DOI: https://doi.org/10.1093/jac/dkx516
Mass treatment with single-dose azithromycin for yaws
Mitjà, O., Houinei, W., Moses, P., Kapa, A., Paru, R., Hays, R., Lukehart, S., Godornes, C., Bieb, SV., Grice, T., Siba, P., Mabey, D., Sanz, S., Alonso, PL., Asiedu, K., Bassat, Q.
N Engl J Med. 2015 Feb 19;372(8):703-10. doi: 10.1056/NEJMoa1408586. PMID: 25693010.
DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa1408586
Efficacy and safety of intermittent preventive treatment with sulfadoxine-pyrimethamine for malaria in African infants: a pooled analysis of six randomised, placebo-controlled trials
Aponte, JJ., Schellenberg, D., Egan, A., Breckenridge, A., Carneiro, I., Critchley, J., Danquah, I., Dodoo, A., Kobbe, R., Lell, B., May, J., Premji, Z., Sanz, S., Sevene, E., Soulaymani-Becheikh, R., Winstanley, P., Adjei, S., Anemana, S., Chandramohan, D., Issifou, S., Mockenhaupt, F., Owusu-Agyei, S., Greenwood, B., Grobusch, MP., Kremsner, PG., Macete, E., Mshinda, H., Newman, RD., Slutsker, L., Tanner, M., Alonso, P., Menendez, C.
Lancet. 2009 Oct 31;374(9700):1533-42. doi: 10.1016/S0140-6736(09)61258-7. Epub 2009 Sep 16. PMID: 19765816.
DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(09)61258-7

CENTRO

ISGLOBAL - Institut de Salut Global de Barcelona

Rosselló, 132, 6ª planta

08036 Barcelona http://www.isglobal.org/ca/

ÁMBITOS RIS3CAT

  • Sistema educativo y de generación de conocimiento
  • Sistema industrial
  • Sistema sociosanitario

CATEGORÍAS

  • TECNOLOGIAS DE LA INFORMACIÓN
    • Bioestadística
    • Sistemes de información en salud

TARIFAS Y ACCESO

Tarifes_GINYS-ISGLOBAL-002_1-1.pdf
Nivel de disponibilidad: Baja
Procedimiento de Acceso:
Abierto. Contacta con Sergi Sanz para solicitar un servicio y pedir un presupuesto.

FACILITIES NETWORKS

BiB – Xarxa Bioinformatica de Catalunya

Bioinformatics Barcelona (BIB) es una asociación para la provisión de educación y formación, el fomento de la investigación avanzada, la transferencia de conocimiento y tecnología, la estimulación de la competitividad y la innovación en el sector industrial, y la dotación de una mayor visibilidad como entidad internacional. BIB nace para cubrir la necesidad de generar sinergias entre la biología y la informática, para una mayor unión entre estas áreas y para el desarrollo de programas de educación y formación de alta calidad en la creación de talento bioinformático.

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