UAT - Genómica
Servicios
1) PCR en tiempo real (qPCR) , con las siguientes aplicaciones:
- Expresión génica y perfil transcripcional (cuantificación absoluta y relativa)
- Análisis de miRNAs (perfilaje, cuantificación) y estudios de expresión de ARN no codificantes (ARNnc)
- Análisis de la variación genética: detección de SNPs, CNV, genotipado de enzimas relacionadas con el metabolismo de los fármacos (DME)
- HRM (High Resolution Melt), para la detección de variaciones genéticas
Además del uso del equipamiento en autoservicio (formación previa de los usuarios), se ofrece soporte en el diseño experimental y en el análisis de los resultados. También se pueden realizar experimentos de expresión «personalizados», incluyendo extracción de ARN, técnica experimental y análisis de datos, después de consultar con el personal de la UAT.
2) Cuantificación y control de calidad de los ácidos nucleicos mediante el uso de electroforesis de chips (Bioanalyzer):
- Análisis de la calidad del ARN (RIN) y cuantificación
- Separación, determinación de tamaño y cuantificación de fragmentos de ADN
3) Cuantificación de ácidos nucleicos mediante el uso de técnicas fluorimétricas (Picogreen ®, Ribogreen ®).
Este método de cuantificación es el más sensible y específico, especialmente recomendado cuando se requiere una cuantificación muy precisa (por ejemplo, para generar bibliotecas para NGS), o cuando la concentración es muy baja (hasta 25 pg/mL de dsDNA; hasta a 1 ng). / ml de ARN).
4) Secuenciación por electroforesis capilar, con las siguientes aplicaciones:
- Secuenciación de novo, resecuenciación
- Detección de SNP, mutaciones y análisis de CNV
- Confirmación de construcciones obtenidas por clonación
- Análisis de microsatélites
- Discriminación alélica
5) Autenticación de líneas celulares humanas
Es un requisito cada vez más exigido por muchas revistas científicas. Se basa en el análisis de STRs (9 marcadores de polimorfismo + amelogenina, que dan lugar a un perfil único para cada línea celular), según las recomendaciones del ATCC.
Sus aplicaciones son:
- Verificación de la identidad de las líneas celulares humanas establecidas.
- Detección de contaminación con otras líneas celulares, de la misma o de otra especie.
- Establecimiento del perfil de nuevas líneas celulares (perfil STR único).
Equipos
- PCR en tiempo real:
- 7000 SDS (bloc 96p) i 7900HT con módulo mòdul Fast (bloque 384p y tarjetas microfluídicas) (Applied Biosystems)
- LightCycler480 (bloques 96p y 384p) (Roche)
- Bioanalizador 2100 (Agilent) . Sistema de electroforesis basado en chips microfluídicos (separación, dimensionado y cuantificación automática de fragmentos de ácido nucleico).
- Chip DNA1000
Chip RNA Nano y Pico
Tramitación de cualquier otro tipo de chip facilitado por los usuarios.
- Chip DNA1000
- Secuenciación capilar, en diferentes formatos (tubos y placas) y condiciones. Primeros universales gratuitos bajo demanda. (*)
- Autenticación de la línea celular humana. (*)
(*) Servicios prestados mediante convenios con proveedores externos.
Personal
