Supercomputación (HPC)
DC, IGTP
Edifici Muntanya
Carretera de Can Ruti, Camí de les escoles, s/n
08916 Badalona, Barcelona, Spain
Servicios
Mantenimiento y apoyo a la infraestructura
- Mantener la infraestructura en funcionamiento 24/7
- Instalación y mantenimiento del sistema operativo, actualmente Debian GNU/Linux en todos los equipos del clúster de cálculo y estaciones de trabajo
- Instalación, mantenimiento y actualización del software científico
- Administración del sistema de ficheros del clúster
- Administración de la infraestructura de red del clúster
- Administración del sistema de copias de seguridad y restauración de datos
Instalación y mantenimiento de servidores y servicios
(incluídos pero no limitados a:)
- Servidores web y de servicios públicos y privados
- Instalación y mantenimiento de bases de datos
- Servicio FTP(s)
- Sistema interno de control de versiones (gitlab)
- Sistema de monitorización de rendimiento y alertas
- Sistema de colas (SGE)
Seguridad de sistemas (hardening, auditing, patching)
Asesoramiento a los investigadores en tareas computacionales
- Supercomputación
- Buenas prácticas en diseño de pipelines y programas
- Asesoramiento en compra de hardware
Accés obert al portal de bioinformàtica
Acceso abierto a las herramientas desarrolladas por IGTP
Herramientas de Maplab (plotter de metilación, ontología de Alu, wanderer, Chainy, trackhub TrukeTCGA 450k)
Equipos
El CPD cuenta con un sistema de ventilación redundado y en rotación además de un SAI capaz de proveer de suministro eléctrico a todos los servidores durante varios minutos (+30′) y lineas de alimentación múltiples para cada armario. Como medida de protección anti incendios, el CPD dispone de un sistema automático de extinción de gas trifluorometano.
- Cluster de cálculo
16 nodos de cálculo formando un total de:
240 Núcleos
2 Tb de RAM
16 Tb de almacenamiento local (1Tb/nodo)
Compuestos por tres tipos de nodo diferentes:
HP DL160 G6 : 8 Núcleos (Xeon E5640) y 64 GB de RAM (x8)
Fujitsu RX200 S7: 12 Núcleos (Xeon E5-2640) y 120 GB de RAM (x3)
HP DL 360 G9: 28 Núcleos (Xeon E5-2680 v4) y 256 GB de RAM (x5)
- Sistema de almacenamiento
El sistema de almacenamiento principal es un clúster Isilon (Dell/EMC) Gen 6 de alta disponibilidad formado por 4 nodos H400 y 4 nodos A200.
Capacidad de almacenamiento de 450Tb
Sistema de snapshots accesibles para los usuarios
El sistema provee de un sistema de ficheros unificado y homogéneo para todos los usuarios y está disponible tanto desde los nodos de cálculo como desde las estaciones de trabajo, simplificando así el trabajo de los investigadores.
- Copias de seguridad – recuperación de datos
El sistema de copias de seguridad está compuesto por:
Librería HPE 4048 de dos drives LTO-7 y capacidad de 48 cintas (capacidad 768Tbs)
Librería Quantum Scalar i80 dos drives LTO-5 y capacidad de 50 cintas
Ambas librerías están gestionadas por el software de copias de seguridad Bacula.
La librería principal (HPE 4048) está destinada a copias de seguridad de los datos de los grupos, máquinas virtuales, bases de datos y archivado de datos a largo plazo.
La librería secundaria (Quantum Scalar i80) se encarga de copias redundantes de máquinas virtuales y trabajos de archivo en cinta LTO-5.
El sistema realiza copias de seguridad diarias de todos los datos y se mantiene un histórico de 3 meses. Las copias de seguridad de archivo, se guardan de forma indefinida.
- Red
La red del CPD está formada por 3 switches de 1Gb 3com 4210G y 3 switches de 10Gb HPE 5700. Los switches y la conexión de los equipos están configurados para alta disponibilidad. El sistema de almacenamiento Isilon, copias de seguridad y nodos DL 360 G9 están conectados mediante 10Gb, el resto del clúster utiliza 1Gb con interfaces agregadas.
Personal
