Plataforma bioinformática
GINYS-IDIBELL-009
Jose Luis Mosquera
Cap de Plataforma
La Unidad de Bioinformática IDIBELL (IBU) inició su actividad en 2018. Su misión es proporcionar a todos los investigadores del campus de Bellvitge asesoramiento científico, apoyo metodológico y recursos tecnológicos sobre bioinformática para mejorar tanto el número como la calidad de los proyectos de investigación con datos de ómicos. También ofrecemos servicios estándar a la comunidad externa.
Nuestro personal tiene más de 15 años experiencia en diseño experimental, análisis de datos ómicos e integración de datos, creación y gestión de bases de datos y ontologías, desarrollo de pipelines y herramientas, así como larga experiencia en docencia reglada y otras actividades formativas en los campos de los datos ómicos y la bioinformática.
Servicios
Ayudamos a los investigadores proporcionando:
Consultoría
- Diseño experimental
- Metodología bioinformática
- Software de bioinformática
- Solicitud de subvenciones: cotización de servicios, tamaño de muestra, planificación de métodos, etc.
- Servicio personalizado
Análisis de los datos
- Datos ómicos: genómica, transcriptómica, epigenómica, proteómica, etc.
- Minería y análisis de datos utilizando conjuntos de datos públicos
- Combine información clínica o biomédica con datos ómicos
- Construcción de modelos de predicción/clasificación utilizando técnicas de aprendizaje
Desarrollo de software
- Flujos de trabajo o canalizaciones
- Bases de datos y ontologías
- Herramienta personalizada
Actividades de formación
Equipos
Actualmente, los recursos informáticos de la unidad consisten en
- 2 Workstations
- HP Z240: 8 Intel core i7-770 CPU, 3.60GHz, 64GB RAM, 4TB HD
- HP Z2 G4: 8 Intel core i7-8700k CPU, 3.70GHz, 64GB RAM, 2TB HD
- 2 Desktops
- HP ProDesk 600 G3 MT: 8 Intel core i7-770 CPU, 3.60GHz, 64GB RAM, 2TB HD
- DELL D05D001: 4 Intel core i5-2400 CPU, 3.40GHz, 6GB RAM, 250GB HD
- 1 Laptop
- MackBook Air: dual-core Intel Core i5, 1.6GHz, 8GB RAM, 128GB SSD
- 1 Unitat de almacenamiento en red
- Synology Rackstation RS820RP+, 24TB HD
Personal
Publicaciones
DGCR8 and the six hit, three-step model of schwannomatosis.
Acta Neuropathologica (2021)
Acta Neuropathologica (2021)
Disruption of NIPBL/Scc2 in Cornelia de Lange Syndrome provokes cohesin genome-wide redistribution with an impact in the transcriptome.
Nature Communications 12:4551 (2021)
Nature Communications 12:4551 (2021)
Repopulation of decellularized retinas with hiPSC-derived retinal pigment epithelial and ocular progenitor cells shows cell engraftment, organization and differentiation.
Biomaterials 276:121049 (2021).
Biomaterials 276:121049 (2021).
REST is a major negative regulator of endocrine differentiation during pancreas organogenesis.
Genes & Development 35:1229-1242 (2021).
Genes & Development 35:1229-1242 (2021).
Genome-Wide RNAi Screening Identifies Novel Pathways/Genes Involved in Oxidative Stress and Repurposable Drugs to Preserve Cystic Fibrosis Airway Epithelial Cell Integrity.
Antioxidants 10(12):1936 (2021)
Antioxidants 10(12):1936 (2021)
