MARgenomics
GINYS-IMIM-006
Plataforma orientada principalmente a la investigación traslacional que integra todas las fases del proceso de análisis genómico: desde la fase inicial de asesoramiento al proyecto, pasando por el procesamiento de las muestras, y hasta el análisis final de los datos y el soporte a la interpretación de los resultados.
Servicios
MARGenomics ofrece un amplio catálogo de servicios integrando todas las fases de un proceso de análisis genómico, desde la fase inicial de asesoramiento al proyecto, hasta el análisis final de los datos, la validación de los resultados y el soporte experto en la su interpretación.
Asesoramiento en el diseño experimental
Extracción de ADN y/o ARN en distintos tipos de muestras (sangre total, tejido congelado o parafinado, etc.)
Análisis de la calidad del ADN/ARN (Cuantificación e Integridad)
- Cuantificación de ADN o ARN por fluorimetría y/o espectrofotometría
- Análisis de la integridad del ADN con geles de agarosa y/o Bioanalyzer
- Análisis de la integridad del ARN por Bioanalyzer
PCR cuantitativa en tiempo real ( qPCR)
Microarrays
- Expresión
- Genómica
Next Generation sequencing (Preparación de librerías y procesamiento en las plataformas adecuadas)
- Whole Genome sequencing
- Exome sequencing
- RNA sequencing
- Small RNA sequencing
- Panel sequencing
- ChIP sequencing
- Bisulfite sequencing
Análisis de datos
- Alineamiento de secuencias
- Variante Calling y análisis de Copy Number procedente de datos genómicos
- Identificación de genes diferencialmente expresados, splicing alternativo y genes de fusión en datos transcriptómicos
- Estudio de smallRNAs a través del análisis del microtranscriptoma.
- Identificación de las regiones con picos de interacción entre proteína y ADN en experimentos de secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-seq)
- Identificación de posiciones o regiones de ADN metiladas en datos del metiloma
- Integración de datos procedentes de diferentes plataformas ómicas utilizando metodología específica
- Análisis de microarrays
- Análisis de qPCR
Personal
Publicaciones
Lamin B1 mapping reveals the existence of dynamic and functional euchromatin lamin B1 domains
Nature Communications volume 9, Article number: 3420 (2018)
Nature Communications volume 9, Article number: 3420 (2018)
Transcriptome and cytogenetic profiling analysis of matched in situ/invasive cutaneous squamous cell carcinomas from immunocompetent patients
Genes Chromosomes Cancer . 2019 Mar;58(3):164-174. doi: 10.1002/gcc.22712. Epub 2019 Jan 7
Genes Chromosomes Cancer . 2019 Mar;58(3):164-174. doi: 10.1002/gcc.22712. Epub 2019 Jan 7
Expression profiling of microRNAs in human bone tissue from postmenopausal women
Hum Cell . 2018 Jan;31(1):33-41. doi: 10.1007/s13577-017-0181-y. Epub 2017 Sep 20.
Hum Cell . 2018 Jan;31(1):33-41. doi: 10.1007/s13577-017-0181-y. Epub 2017 Sep 20.
Feasibility of the AML profiler (Skyline™ Array) for patient risk stratification in a multicentre trial: a preliminary comparison with the conventional approach
Hematol Oncol . 2017 Dec;35(4):778-788. doi: 10.1002/hon.2304.
Hematol Oncol . 2017 Dec;35(4):778-788. doi: 10.1002/hon.2304.
FOXO1 down-regulation is associated with worse outcome in bladder cancer and adds significant prognostic information to p53 overexpression
Hum Pathol . 2017 Apr;62:222-231.
Hum Pathol . 2017 Apr;62:222-231.
