Genómica traslacional
GINYS-IGTP-001
Instal·lació de Genòmica Translacional
IGTP Edifici Mar, Planta Baixa, lab. PB2
Carretera de can Ruti, camí de les escoles, s/n
08916 Badalona, Barcelona
IGTP Edifici Mar, Planta Baixa, lab. PB2
Carretera de can Ruti, camí de les escoles, s/n
08916 Badalona, Barcelona
La Plataforma de Genómica Translacional se constituyó en 1999 y actualmente forma parte de las instalaciones básicas del IGTP. Ofrece asesoramiento tecnológico, metodológico y científico a los investigadores del Campus can Ruti y a los grupos de investigación externos que lo soliciten. Su objetivo es impulsar la investigación, la innovación y la formación en tecnologías genómicas. Paralelamente ofrece un servicio diario de análisis genético a las unidades de diagnóstico del Hospital Germans Trias i Pujol.
La unidad organiza y participa periódicamente cursos de formación técnica para estudiantes del Máster en Inmunología (Máster en Inmunología, UB-UAB) y para el personal técnico de apoyo del Instituto.
También ofrece un servicio de consultoría.
Forma parte estructural del Hub de Secuenciación can Ruti para la secuenciación y el seguimiento epidemiológico de las variantes de SARS-CoV-2.
Servicios
Servicio de Análisis Genético
La Plataforma de Genómica Traslacional permite el estudio de la genética de los organismos mediante el uso de diversas técnicas:
– Secuenciación masiva (NGS). Consiste en la preparación de librerías y posterior secuenciación de alto rendimiento de la región de interés. La generación de las librerías está orientada a la obtención de fragmentos del tamaño adecuado a los que se han adjuntado identificadores de muestra y los adaptadores correspondientes. Aplicaciones: estudios de ADN genómico, fragmentos de ADN enriquecidos, genomas enteros simples, perfiles metagenómicos (hongos y bacterias), ARN (transcriptómica, perfil de ARN), ARNs pequeños/miRNAs, cromatina inmunoprecipitada (Chip-Seq) etc.
– Electroforesis capilar para la secuenciación: Es el gold standard para el diagnóstico genético cuando deben analizarse regiones específicas del genoma. Permiten tanto la secuenciación (Sanger) como el análisis de fragmentos génicos (genescan). Las aplicaciones más habituales son: secuenciación de ADN de novo; detección de mutaciones; estudios de discriminación de alelos (SNPS); análisis de los perfiles de metilación génica en las islas CpG de ADN (MSP); análisis del número variable de copias génicas (CNV); análisis de microsatélites (STRs, VNTR); PCR de ligación y amplificación multiplex dependiente de sonda (MPLA). Esto se realiza mediante los equipos ABI 3130 y ABI 3130xl (Applied Biosystems).
– Electroforesis capilar para el análisis de calidad de los ácidos nucleicos. Las aplicaciones que se ofrecen son: análisis de cantidad/calidad de ADNg (incluyendo el índice de integridad del ADN (DIN), fragmentos de ADN (150-5.000 pb) y análisis de ARN en formato estándar o de alta sensibilidad (incluyendo el número de integridad del ARN (RIN)).
Amplificación de ácidos nucleicos
– PCR en tiempo real, permite la determinación de cantidades de ADN, ARN o miRNAs presentes en la muestra original (qPCR) o la identificación cualitativa de ADN específicos (genotipado).Las principales aplicaciones son: cuantificación absoluta/relativa de los perfiles diferenciales de expresión génica; estudios de discriminación de alelos (SNPS); análisis de los perfiles de metilación génica en las islas CpG de ADN (MSP); análisis del número variable de copias de genes en ADN genómico o viral (CNVs), cuantificación de la dosis génica (QF-PCR para detectar aneuploidías); High Resolution Melting (HRM) para la exploración de genes.
– Droplet digital PCR (ddPCR) es una tecnología que fragmenta cada muestra en más de 20.000 gotas envueltas individualmente en una capa de aceite, dentro de la cual tiene lugar la reacción de la polimerasa. Se realiza con cebadores marcados con fluorescencia y proporciona una cuantificación absoluta y ultrasensible de los ácidos nucleicos. Es especialmente útil cuantificar fragmentos génicos de baja abundancia, variantes de alelo (SNP), virus y bacterias poco representadas en la mezcla heterogénea, etc.
Servicios Complementarios
– Cuantificación fluorométrica con un Quantus™ Fluorómetro de dos canales optimizado para medir ácidos nucleicos (ARN y ADN) antes y después de la generación de librerías de secuenciación.
– Dispensación robótica de líquidos mediante una estación EpMotion 5070 que permite preparar diluciones en serie, ensayos de PCR, transferir muestras de tubos a placas (96 w y 384 w), reformateo de placas, etc.
También ofrece servicios de consultoría sobre diseño experimental, preparación de muestras y análisis de resultados e interpretación global de datos.
Equipos
- 2 Secuenciadores MiSeq® (Illumina): Equipos de secuenciación masiva que pueden generar hasta 25 Gb por carrera, 25M de lecturas a partir de 2×300 bp en un máximo de 384 muestras indexadas. Utiliza la tecnología de secuenciación por síntesis (SBS) y consiste en la amplificación, secuenciación y análisis de datos en un instrumento mediante el software RTA v1.18.54.0 (Análisis en tiempo real), MCS v2.6.1.1 (MiSeq Control Software), MSR. 2.6.2.3 (MiSeq Reporter) y almacenamiento de datos en la nube (BaseSpace).
- Analizadores genéticos ABI Prism 3130/3130xl (Biosistemas aplicados): Secuenciadores con 4-16 capilares para placa de 96 w o 383 w, cámara de detección CCD y láser multilínea de iones de argón con excitación primaria a 488 y 514nm. Adquisición de software, Data Collection v3.1 y programa de análisis Sequencing Analysis v5.4, GeneMapper v4.1 y SeqScape 2.7.
- 2200 TapeStation® (Agilent): Sistema de electroforesis automático que analiza ácidos nucleicos (fragmentos o librerías de ADN, ADN o ARN) o proteínas en un soporte capilar (ScreenTape). Permite el cálculo del tamaño de los ácidos nucleicos (en pb) y de las proteínas (kDa), la cuantificación y el análisis de calidad mediante el software GeneTools con un sistema de comparación de bandas simplificadas incorporado. Los sistemas utilizan 1-2 µL de muestra y las lecturas se pueden realizar en tubos individuales o placas de 96 w.
- qPCR LightCycler®480 en tiempo real (Roche Diagnostics): Para formatos de placas intercambiables 96w y 384w. Lámpara de xenón, emisiones 430-630 nm, filtros con excitación a 440, 465, 498, 533 y 618 nm y emisión a 488, 510, 580, 610, 640 y 650 nm más NED), ROX, SYBR, TAMRA y VIC). Programa LightCycler® 480 para la adquisición y análisis y LightCycler® Probe Design Software 2.0. 1.
- NextSeq-1000 (Illumina): Equipo de secuenciación masiva que puede generar hasta 120 Gb por uso y 450M de lecturas en carreras de hasta 2×150 ciclos. El sistema utiliza la secuenciación por síntesis de Illumina (SBS) y puede analizar los resultados localmente, mediante conexión remota y con el sistema de análisis secundario DRAGEN bio-IT FPGA.
- Sistema MINion (Oxford Nanopore): Dispositivo de secuenciación masiva basado en el uso de nanoporos suspendidos sobre una membrana que permite el paso de los ácidos nucleicos (ADN y ARN). Se generan lecturas muy largas (> 4 Mb) y hasta 50 Gb de datos en carreras de hasta 72 horas a 420 bases/segundo. Apto para genomas/exomas/metagenómicos enteros, secuenciación dirigida, transcriptoma entero (ADNc), transcriptoma pequeño (ADN directo), secuenciación directa de ARN y estudios de metilación.
- Sistema QIAxcel (Izasa): Se trata de un sistema de electroforesis capilar automatizado que separa fragmentos de ADN y ARN en función del peso molecular (hasta 96 muestras por tirada). El software de análisis (software BioCalculator™) puede generar tanto electroferogramas como imágenes de geles y puede determinar tamaño y concentración de los fragmentos de ADN (15 pb a 15 Kb); proporción, concentración y calidad del ARN total; cRNA/cDNA y calidad de ARN/ADN fragmentado.
- QX200™ Droplet Digital™ PCR System (BioRad): El sistema ddPCR es una combinación de tres dispositivos: El generador de gotas QX200 divide muestras mediante microfluídica y una emulsión de aceite. Puede procesar hasta un máximo de 8 muestras en 5 minutos. La amplificación se realiza en un termociclador convencional que soporta una placa de 96 w utilizando la química EvaGreen o basada en sondas de hidrólisis. Los resultados de la amplificación son leídos por un lector de gotas QX200. Puede analizar hasta 96 muestras y dispone de un sistema de detección óptica de fluorescencia (fotón multipíxel) en los canales FAM (EvaGreen) y HEX (alternativamente VIC). El dispositivo tiene un rango de discriminación lineal de hasta 5 órdenes de magnitud y una precisión de ±10%.
- Estación robótica EpMotion 5070 (Eppendorf): Un sistema robótico de dispensación de líquidos con dos herramientas de uno y ocho canales que dispensan volúmenes de entre 1 y 50µl con o sin contacto. Tiene una precisión inferior al 2% cv a 1µL. Dispone de un sensor óptico para detectar y calcular automáticamente el volumen de líquido y material de laboratorio. Es compatible con tubos (0,2 ml a 50 ml) y microplacas de hasta 384 pocillos.
Personal
Maria del Pilar Armengol Barnils | mparmengol@igtp.cat
| 930 330 534
Irina Pey Salas | ipey@igtp.cat
| 930 330 534
Xavier Farré Ribas | xfarre@igtp.cat
| 930 330 534
