Genómica funcional

Servicios

El FGCF ofrece servicios internos de expresión y análisis de mutaciones en todo el genoma a investigadores de institutos públicos y empresas privadas. Estamos ubicados en la sala S1C14 del edificio del ‘Cluster I’ del Parque Científico de Barcelona. Si está interesado en una solución personalizada que no se incluye a continuación, póngase en contacto con nosotros en genomics@irbbarcelona.org. Esperamos conocer sus proyectos y trabajar codo con codo con ustedes para superar cualquier reto experimental.

• Asesoramiento y Diseño Experimental: Comente su proyecto con nosotros y reciba información sobre los requisitos de muestra y recomendaciones para su diseño experimental. Esta cita es opcional pero muy recomendable.
  Control de calidad de los ácidos nucleicos, bibliotecas y células extraídas: todas sus muestras serán sometidas a control de calidad antes del procesamiento, garantizando así las bibliotecas NGS de la máxima calidad. Utilizamos instrumentos Nanodrop, Qubit, Bioanalyzer y Countess para determinar la concentración, calidad de la muestra y viabilidad celular.
• Extracción y purificación de ácidos nucleicos: habiendo apoyado a miles de proyectos diferentes, somos conscientes de los numerosos retos relacionados con la recogida de muestras de ADN y ARN de alta calidad. Nuestro conjunto de herramientas incluye métodos rentables y altamente eficaces para la extracción de ARN y la amplificación de ADNc a partir de 100 células o incluso a partir de un solo ovocito.
• Transcriptómica y multiómica de una sola célula: en abril de 2021, nuestra instalación desplegó con éxito las capacidades completas de una célula 10X Genomics. En este sentido, ofrecemos:
  Análisis de la expresión génica unicelular.
  Monocelular ATAC-seq. Mutioma monocelular (secRNA-sec + ATAC-sec simultánea).
  Perfil inmune unicelular.
  Expresión génica dirigida.
  El controlador 10X Genomics Chromium puede capturar de 100 a 10.000 células por muestra y procesar hasta ocho muestras simultáneas. Antes de poner en marcha su proyecto, puede proporcionarnos sus suspensiones unicelulares. En sólo 10 minutos, obtendrá un control de calidad celular que le informará de su flujo de trabajo de procesamiento celular y/o de disociación de tejidos. Nuestro equipo le ayudará con todos los pasos necesarios para mejorar la preparación de la muestra, obtener un presupuesto de servicio y programar una cita para la presentación de la muestra.
• Preparación de bibliotecas para la secuenciación de nueva generación (NGS) de Illumina: utilizamos procedimientos totalmente validados y aceptados por toda la comunidad para la preparación de bibliotecas, garantizando así resultados coherentes y fiables. No obstante, siempre que sea necesario, alinearemos nuestros procedimientos operativos con las necesidades específicas de su proyecto.
  Secuenciación de ARNm, lncRNA, miRNA y sRNA (ARN-seq): el perfil de transcriptoma entero mediante tecnologías NGS proporciona una lectura completa de la abundancia de transcripciones, la diversidad de isoformas, así como el descubrimiento de nuevas transcripciones y genes de fusión. Nuestro personal experimentado le ayudará con requisitos de muestra, flujos de trabajo y estrategias de secuenciación para alcanzar los objetivos de su proyecto.
  Secuenciación del genoma entero (WGS): la secuenciación del genoma completo de un individuo permite la identificación de variantes de ADN somático o germinal.
  ChIP-seq y RIP-seq: estos enfoques combinan la inmunoprecipitación de la cromatina (ChIP) o ARN (RIP) con NGS para identificar los sitios de unión proteína-ADN o proteína-ARN de forma a todo el genoma. En los últimos años, la FGCF ha apoyado decenas de proyectos ChIP-seq y RIP-seq. Te ayudaremos mediante procedimientos de enlace, extracción y fragmentación para garantizar que obtengan bibliotecas de máxima calidad.
  Hi-C: la FGCF ha implementado un flujo de trabajo para la captura y secuenciación de conformación cromosómica que permite a los investigadores mapear la organización espacial del ADN genómico dentro de los núcleos celulares e identificar las interacciones conformacionales entre regiones no adyacentes .
  ATAC-seq: en este caso, la accesibilidad de la cromatina a todo el genoma se interroga mediante la accesibilidad de la transposasa para descubrir la extensión y la identidad de las regiones propensas a interactuar con factores de transcripción en cáncer y otros patologías.
  Secuenciación dirigida: aunque los experimentos WGS pueden ser su opción preferida, sus costes todavía pueden ser prohibitivos. Los enfoques orientados centran el rendimiento, y por tanto el coste, en subconjuntos definidos de regiones genómicas, permitiendo así mayores profundidades de secuenciación para la detección de variantes segura a precios más bajos.
• Secuenciación de ampliaciones: la amplificación por PCR de regiones específicas de interés reduce el espacio genómico objetivo. Hay varios métodos disponibles para un diseño de panel completo y cuidadoso, lo que le permite multiplexar cientos o miles de amplicones en una sola reacción. No dude en ponerse en contacto para obtener un diseño y presupuesto personalizados.
• Captura de objetivos, o captura y enriquecimiento de secuencias: esta estrategia alternativa reduce el espacio genómico secuenciado «captando» regiones de interés con sondas biotiniladas personalizadas. La secuenciación del exoma entero es la aplicación Target Capture más extendida. Nuestro personal tiene una amplia experiencia diseñando sondas para la captura de objetivos y estará encantado de ayudarle con su proyecto.
• Pico Profiling: esta técnica, pionera por el FGCF, facilita la generación de grandes cantidades de ADNc saturado a partir de poblaciones celulares muy pequeñas. Nuestro equipo tiene experiencia en aislar el ARN y amplificar el ADNc de tan sólo 40 células clasificadas por organoides de tumor de ratón (MTO) o de un solo ovocito.
• Microarrays: muestra de resultados del análisis de la expresión génica del genoma entero para gran variedad de organismos experimentales mediante matrices Genechip.
• Metilación del ADN: el análisis de múltiples loci para la metilación del ADN todavía se realiza en una fase experimental. Para proyectos específicos sobre metilación del ADN, póngase en contacto con nosotros.
• qPCR: un QuantStudio 6 Pro está disponible para reservar. Las salidas deben empezar dentro del horario laboral de la instalación.
• Colecciones de clones: la FGCF tiene cerca de 200.000 clones para sus necesidades de genética inversa, incluyendo:
  shRNA humanos y de ratón: la lista completa de clones de shRNA está disponible en este archivo zip. La información detallada sobre los clones TRC1 está disponible en el sitio web de la biblioteca shRNA de Sigma MISSION y en el Consorcio RNAi (TRC) con sede en el Broad Institute.
• Clones ORF humanos: la lista de clones ORF está disponible en este archivo zip. Las secuencias de la mayoría de clones de esta colección (edición v1.1) pueden recuperarse de la base de datos hORFeome v7.1 del Harvard Center for Cancer Systems Biology.