Genómica funcional
Servicios
- Cuantificación de ácidos nucleicos mediante absorbancia (Nanodrop) o fluorimetría (Qubit)
- Análisis de la calidad de ácidos nucleicos y obtención del dato del RIN o DIN (Bioanalyzer 2100 y TapeStation 4200, Agilent)
- Análisis de expresión y genotipado de baja densidad mediante PCR en tiempo real (BioMark, Fluidigm)
- PCR digital (BioMark, Fluidigm)
- Cuantificación digital de ácidos nucleicos (nCounter, Nanostring)
- Análisis de expresión génica (GE) y variaciones en el número de copias (CNV) mediante microarrays (GeneChip System, Affymetrix)
- Análisis de expresión génica (GE) y genotipado (GWAS) de alta densidad (GeneTitan, Affymetrix)
- CGH-Arrays (Agilent)
- Fragmentación de ácidos nucleicos y cromatina (Covaris S220)
- Pirosecuenciación (PyroMark Q24, QIAGEN)
- Generación de librerías por NGS
- Secuenciación de nueva generación (MiSeq, Illumina)
Equipos
Está formada por dos áreas: área de transcriptómica y área de Next Generation Sequencing (NGS) y también se ofrecen servicios desde control de calidad de DNA y RNA mediante plataformas como Synergy2, Nanodrop1000, Qubit 2.0 o TapeStation 4200 hasta tecnologías más complejos.
En el área de transcriptómica se cuenta con dos plataformas de arrays de Affymetrix: GeneTitan, las cuales permiten realizar perfiles transcripcionales de genoma completo o GWAS en formato de placa (16, 24, 96 muestras) y la plataforma GeneChipSystem que permite trabajar con formatos más pequeños e individuales y también analizar perfiles transcripcionales de genoma completo, análisis de dosis génica,…. También se dispone de la plataforma nCounter de Nanostring para analizar perfiles de expresión o dosis génica, tecnología que da muy buenos resultados en muestras extraídas de FFPE. También existe la plataforma de qPCR, BioMark de Fluidigm, una PCR en tiempo real que permite realizar análisis de expresión, número de copias y PCR digital.
En el área de NGS se dispone de la plataforma de MiSeq donde se desarrollan proyectos de secuenciación de paneles de genes o microbioma. Recientemente se ha incorporado un NextSeq 2000 permitiendo incorporar protocolos de RNASeq, WES, análisis de paneles de genes y microbioma. También se dispone de un fragmentador, Covaris S220, para poner a punto muestras para procesarlas posteriormente y de un pirosecuenciador, Pyromark Q24, para analizar la presencia de un alelo o del estado de metilación.
Por último se cuenta con un robot de líquidos, Biomek FX de Beckman, que dispone de dos cabezales uno por 96 y el otro por 8 muestras para automatizar diferentes tecnologías.
EQUIPOS
- Synergy2
- NanoDrop 1000
- Qubit 2.0
- Bioanalyzer 2100 (Agilent)
- TapeStation 4200 (Agilent)
- BioMark (Fluidigm)
- nCounter FLEX (Nanostring)
- Sistema de análisis genético GeneChip System (Affymetrix)
- Sistema de análisis genético GeneTitan (Affymetrix)
- Robot de líquidos Biomek FX (Beckman)
- Plataforma de análisis de microarrays (Agilent)
- PyroMark Q24 (QIAGEN)
- Covarios S220
- MiSeq (Ilumina)
- NextSeq 2000 (Ilumina)
Personal
