Bioinformática

Servicios

GENÓMICA

• Ensamblaje basado en referencia y de novo de genomas eucariotas y procariotas.
• Resecuenciación del genoma y evaluación de la calidad de los conjuntos del genoma.
• ChIP-seq (TFs, modificaciones de histona): llamada de pico, análisis de unión diferencial entre grupos de muestras, anotación de pico.
• Análisis del exoma entero y del genoma entero: llamada de variantes, CNV.
• Identificación y anotación de variantes estructurales de ADN para enfermedades humanas comunes y raras: análisis individual y familiar, mutaciones del gen conductor del cáncer.
• Comparación de genomas.
• Anotación funcional del genoma: predicción de genes ab initio, anotación de genes, transcripciones, motivos de ADN, promotores y otros elementos reguladores del ADN.
• Análisis de 5C, Hi-C, ATAC-seq y otros datos de alto rendimiento.

TRANSCRIPTOMICA

• Ensamblaje de nuevo y basado en referencia de transcriptomas eucariotas y procariotas.
• Anotación funcional del transcriptoma: predicción de genes ab initio, anotación de genes, transcripciones, motivos de ADN, promotores y otros elementos reguladores.
• Llamamiento de variantes a partir de datos de secuenciación del transcriptoma.
• Análisis de microarrays comerciales y personalizados: nada expresados ​​de manera diferencial, comparación de grupos.
• ARN-seq para ARNm: descubrimiento de nuevas transcripciones, genes/transcripciones expresados ​​de forma diferente.
• Análisis funcional de genes/transcripciones expresados ​​de manera diferencial: términos de ontología génica, motivos de ADN y análisis de enriquecimiento de vías.
• ARN-seq para ARN pequeño y no codificante: expresión diferencial, descubrimiento de nuevos microRNAs, predicción de objetivos de microRNA.
• Análisis de PCR en tiempo real de OpenArray y otros datos experimentales de alto rendimiento.
• Identificación de los efectos del lote y visualización de datos y resultados: agrupación jerárquica, mapas de calor, dendrogramas, gráficos de volcanes, análisis de componentes principales para la (des)similaridad global entre experimentos.
• Secuenciación basada en diana de ARN: RIP-seq, iCLIP, CLIP-seq y otros.
• Análisis de repertorios de células B y T (repertorios de receptores inmunitarios adaptativos, o AIRR) a partir de datos de secuenciación de alto rendimiento: asignación de alelos de línea germinal, identificación de clones, visualización de frecuencias clonales.

METAGENÓMICA

• Análisis del amplicón (genes del ARNr 16S), datos de secuenciación del genoma entero y del transcriptoma.
• Identificación de comunidades microbianas, diversidad taxonómica y abundancia a niveles de género, familia, orden, clase, filo.
• Conservación y abundancia de módulos funcionales de genes bacterianos y vías bioquímicas.
• Estimación de la diversidad microbiana y cobertura de secuencias.
• Predicción ORF y anotación funcional.
• Análisis filogenético.
• Análisis comparativo de muestras: perfiles microbianos, términos de ontología genética, análisis metabólicos y de vías.

PROTEÓMICA Y BIOINFORMÁTICA ESTRUCTURAL

• Predicción y anotación funcional de proteínas.
• Análisis de los efectos de los SNP y otras variaciones sobre la estructura y función de las proteínas.
• Alineación de múltiples secuencias.
• Asignación de ortólogos y paralogos.
• Análisis filogenético y construcción de árboles.
• Comparación de estructura de proteínas y modelización de homología 3D.
• Acoplamiento 3D proteína-proteína y proteína-atando.
• Predicción de epítopos de células B y T.

BASES DE DATOS, SITIOS WEB Y SOFTWARE

Tenemos una amplia experiencia en diseño, desarrollo y soporte de los siguientes recursos bioinformáticos (consulte nuestros proyectos relacionados aquí):

• Bases de datos: relacionales y NoSQL.
• Sitios web para enviar, buscar y análisis de datos.
• Herramientas web.
• LIMSs (Laboratory Information Management System) para la gestión de las operaciones del laboratorio, el flujo de datos y la comunicación con usuarios y colaboradores externos.
• Evaluación y benchmarking de software.
• Desarrollo de software: scripts bioinformáticos; tuberías de procesamiento y análisis de datos; aplicaciones web de bioinformática integradora; navegadores personalizados del genoma.
• Conducciones NextFlow.
• Soluciones de integración de datos externos e internos.

OTROS

Por favor, póngase en contacto con nosotros con cualquier problema de bioinformática que tenga, aunque no encaje con los que figuran en nuestros servicios. Formando parte de diversas comunidades y alianzas bioinformáticas podemos encontrar la solución o expertos en la materia. Entre los servicios personalizados y adicionales que ofrecemos son los siguientes:

• Apoyo en el diseño y análisis de experimentos NGS personalizados.
• Análisis y gráficos estadísticos: scripts R, estadística descriptiva e inferida, prueba de hipótesis, estimación del tamaño de la muestra, PCA, agrupación, regresión lineal, correlación, ANOVA.
• Formación individual.
• Envío de datos a GEO, ArrayExpress, SRA y otros repositorios de datos públicos.
• Explotar bases de datos públicas y publicaciones y reanalizar los datos publicados.
• Preparación del manuscrito: métodos de escritura, resultados, interpretación y visualización de los resultados.
• Subvenciones: métodos de escritura, metodología de gestión e intercambio de datos, diseño de análisis experimentales y bioinformáticos, obtención de resultados preliminares, interpretación de resultados.