Bioinformática
GINYS-IJC-005
Angelika Merkel
Unitat de Bioinformática
Edifici IJC
Ctra. de Can Ruti
Cami de les Escoles s/n
08916 Badalona
Barcelona, Spain
La Unidad de Bioinformática del IJC ofrece tanto al IJC como a los investigadores externos servicios de análisis computacional de alta calidad que cubren todos los aspectos del proyecto relacionados con los datos clínicos y biológicos. Esto incluye diseño experimental y análisis de datos para experimentos de microarrays y secuenciación de nueva generación, consultoría estadística, integración de datos, interpretación e informes, así como desarrollo de software y gestión de bases de datos científicas.
Nuestro equipo está formado por profesionales calificados con una amplia experiencia en bioinformática e investigación y desarrolladores experimentados. La unidad tiene acceso a recursos informáticos de alto rendimiento y trabaja estrechamente con las unidades de Genómica y Célula única.
Servicios
La unidad proporciona procesamiento y análisis de datos para datos genómicos, epigenómicos y transcriptómicos microarrays y secuenciación de alto rendimiento
Microarrays
- Genoma
paneles SNV
• QC, llamada variante
• Agrupación de genotipos personalizada - Epigenoma
Metilación del ADN (450K, EPIC) • QC, Normalización • Llamamiento de metilación (valores beta/M) • Clúster • Metilación diferencial (DM/DMR) • Gen + Asociación elementos reguladores - Transcriptoma
Matrices de expresión génica • QC, Normalización • Cuantificación • Clúster • Expresión diferencial • Análisis del enriquecimiento del conjunto genético matrices de microRNA • QC, Normalización • Clúster • Clúster • Expresión diferencial • Predicción de objetivos • Correlación miRNA-expresión génica
Seqüenciació d’alt rendiment
Genoma
- Secuenciación del genoma entero (WGS)
- Secuenciación del exoma
- QC, Alineación
- Llamamiento variante
Epigenoma
- ChIP-seq, ATAC-seq, DNAse-seq
- QC, Alineación
- Pica de llamadas
- Encuadernación diferencial
- Análisis funcional Secuenciación de bisulfitos del genoma entero (WGBS), Análisis de representación reducido Bisulfito secuenciación (RRBS)
- QC, Cartografía
- Llamamiento de metilación
- Llamamiento variante
- Análisis diferencial (DMR/ metiloma segmentación)
- Anotación funcional
Transcriptoma
- RNAseq (polio +/-, total)
- QC, cartografía • Cuantificación
- Empalme alternativo
- Cluster
- Expresión diferencial
- Análisis del enriquecimiento del conjunto genético
Otros servicios Consultoría
- Diseño experimental
- Asesoramiento estadístico
- Análisis de recomendaciones de flujos de trabajo y herramientas
Formación
- Prácticas en prácticas
- Seminarios
- Talleres
Personal
