Bioestadística / Bioinformática
GINYS-IRB-007
Dra. Camille Stephan-Otto Attolini
CORE FACILITY MANAGER
La misión de la Unidad de Bioestadística/Bioinformática es realizar investigaciones colaborativas y ofrecer recursos de consulta e investigación cuantitativa a todos los grupos de investigación del IRB Barcelona.
Ayudamos a los científicos ofreciendo servicios de consultoría tanto a corto como a largo plazo en las siguientes áreas:
- Diseño experimental: tamaño de la muestra, diseño del estudio, planificación de la metodología estadística
- Análisis de datos: bases de datos clínicas o biomédicas, datos de genómica
- Ayuda con metodología estadística en investigaciones propias o ajenas
- Software: ayuda en el uso de software, desarrollo de software para satisfacer las necesidades especiales de análisis de datos o diseño de estudios
- Se realizan investigaciones metodológicas y desarrollan recursos en todos los ámbitos citados.
Servicios
- Microarrays: control de calidad, expresión diferencial, análisis de enriquecimiento de GO y KEGG, GSEA GO y KEGG, descubrimiento de firmas
- RNASeq: control de calidad, expresión diferencial, análisis de enriquecimiento de GO y KEGG, descubrimiento de firmas, cambio de isoformas, llamada SNP
- ChipSeq: procesamiento, control de calidad, definición máxima + anotación + visualización, unión diferencial + análisis integrativo
- Secuenciación del genoma entero: procesamiento, control de calidad, llamada SNP, llamada por alteración del número de copia
- Secuenciación del exoma entero: procesamiento, control de calidad, llamada SNP, llamada por alteración del número de copia
- Proteómica: procesamiento, control de calidad, expresión diferencial, análisis de enriquecimiento de GO y KEGG
- Minería y análisis de bases de datos públicas: selección, curación de datos clínicos, procesamiento de datos de expresión, asociación de expresión y datos clínicos, integración de datos de número de copias/genómicos
- Análisis TCGA: análisis exploratorio en todos los tipos de cáncer: asociación entre expresión y variables clínicas, análisis detallado con variables clínicas y técnicas curadas: asociación con expresión, integración de datos: número de copias, expresión, mutaciones, etc
- Microbioma: Control de calidad + estimación OTU + abundancia diferencial, Análisis filogenético
- Predicción de unión: predicción de la unión a ARN/ADN por proteínas/genes
- Secuenciación de células individuales: procesamiento, control de calidad, expresión diferencial, agrupación, trayectorias, análisis de enriquecimiento de GO y KEGG
- Asesoramiento: Asesoría estadística, Análisis de datos, Servicios personalizados
- Diseño experimental
Equipos
Personal
Dra. Camille Stephan-Otto Attolini | camille.stephan@irbbarcelona.org
| 934 020 217 | ORCID
| Página PRC
Publicaciones
A genome editing approach to study cancer stem cells in human tumors
Embo Molecular Medicine 9 (7 ) 869 - 879 (2017)
Embo Molecular Medicine 9 (7 ) 869 - 879 (2017)
Mex3a Marks a Slowly Dividing Subpopulation of Lgr5+ Intestinal Stem Cells
Cell Stem Cell 20 (6 ) 801 - 816.e7 (2017)
Cell Stem Cell 20 (6 ) 801 - 816.e7 (2017)
Targeting metastasis-initiating cells through the fatty acid receptor CD36.
Nature 541 (7635 ) 41-45 - + (2017)
Nature 541 (7635 ) 41-45 - + (2017)
Designing alternative splicing RNA-seq studies. Beyond generic guidelines
Bioinformatics 31 (22 ) 3631 - 3637 (2015)
Bioinformatics 31 (22 ) 3631 - 3637 (2015)
Inosine modifications in human tRNAs are incorporated at the precursor tRNA level
Nucleic Acids Research 43 (10 ) 5145 - 5157 (2015)
Nucleic Acids Research 43 (10 ) 5145 - 5157 (2015)
Mex3a marks drug-tolerant persister colorectal cancer cells that mediate relapse after chemotherapy
Nat Cancer. 2022 Jun 30. doi: 10.1038/s43018-022-00402-0. Epub ahead of print. PMID: 35773527.
Nat Cancer. 2022 Jun 30. doi: 10.1038/s43018-022-00402-0. Epub ahead of print. PMID: 35773527.
Functional patient-derived organoid screenings identify MCLA-158 as a therapeutic EGFR × LGR5 bispecific antibody with efficacy in epithelial tumors
Nat Cancer. 2022 Apr;3(4):418-436. doi: 10.1038/s43018-022-00359-0. Epub 2022 Apr 25. PMID: 35469014.
Nat Cancer. 2022 Apr;3(4):418-436. doi: 10.1038/s43018-022-00359-0. Epub 2022 Apr 25. PMID: 35469014.
Host-associated variability of the cdtABC operon, coding for the cytolethal distending toxin, in Campylobacter jejuni
Zoonoses Public Health. 2022 Sep 2. doi: 10.1111/zph.12994. Epub ahead of print. PMID: 36053024.
Zoonoses Public Health. 2022 Sep 2. doi: 10.1111/zph.12994. Epub ahead of print. PMID: 36053024.