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Bioestadística / Bioinformática

GINYS-IRB-007
Dra. Camille Stephan-Otto Attolini
CORE FACILITY MANAGER
camille.stephan@irbbarcelona.org | 934 020 217 | ORCID | Página PRC
FACILITY WEBSITE
La misión de la Unidad de Bioestadística/Bioinformática es realizar investigaciones colaborativas y ofrecer recursos de consulta e investigación cuantitativa a todos los grupos de investigación del IRB Barcelona. Ayudamos a los científicos ofreciendo servicios de consultoría tanto a corto como a largo plazo en las siguientes áreas:
  • Diseño experimental: tamaño de la muestra, diseño del estudio, planificación de la metodología estadística
  • Análisis de datos: bases de datos clínicas o biomédicas, datos de genómica
  • Ayuda con metodología estadística en investigaciones propias o ajenas
  • Software: ayuda en el uso de software, desarrollo de software para satisfacer las necesidades especiales de análisis de datos o diseño de estudios
  • Se realizan investigaciones metodológicas y desarrollan recursos en todos los ámbitos citados.

Servicios

  • Microarrays: control de calidad, expresión diferencial, análisis de enriquecimiento de GO y KEGG, GSEA GO y KEGG, descubrimiento de firmas
  • RNASeq: control de calidad, expresión diferencial, análisis de enriquecimiento de GO y KEGG, descubrimiento de firmas, cambio de isoformas, llamada SNP
  • ChipSeq: procesamiento, control de calidad, definición máxima + anotación + visualización, unión diferencial + análisis integrativo
  • Secuenciación del genoma entero: procesamiento, control de calidad, llamada SNP, llamada por alteración del número de copia
  • Secuenciación del exoma entero: procesamiento, control de calidad, llamada SNP, llamada por alteración del número de copia
  • Proteómica: procesamiento, control de calidad, expresión diferencial, análisis de enriquecimiento de GO y KEGG
  • Minería y análisis de bases de datos públicas: selección, curación de datos clínicos, procesamiento de datos de expresión, asociación de expresión y datos clínicos, integración de datos de número de copias/genómicos
  • Análisis TCGA: análisis exploratorio en todos los tipos de cáncer: asociación entre expresión y variables clínicas, análisis detallado con variables clínicas y técnicas curadas: asociación con expresión, integración de datos: número de copias, expresión, mutaciones, etc
  • Microbioma: Control de calidad + estimación OTU + abundancia diferencial, Análisis filogenético
  • Predicción de unión: predicción de la unión a ARN/ADN por proteínas/genes
  • Secuenciación de células individuales: procesamiento, control de calidad, expresión diferencial, agrupación, trayectorias, análisis de enriquecimiento de GO y KEGG
  • Asesoramiento: Asesoría estadística, Análisis de datos, Servicios personalizados
  • Diseño experimental

Equipos

 

Personal

CORE FACILITY MANAGER
Dra. Camille Stephan-Otto Attolini | camille.stephan@irbbarcelona.org | 934 020 217 | ORCID | Página PRC

Publicaciones

The efficacy of chemotherapy is limited by intratumoral senescent cells expressing PD-L2.
Chaib, S., López-Domínguez, J. A., Lalinde-Gutiérrez, M., Prats, N., Marin, I., Boix, O., García-Garijo, A., Meyer, K., Muñoz, M. I., Aguilera, M., Mateo, L., Stephan-Otto Attolini, C., Llanos, S., Pérez-Ramos, S., Escorihuela, M., Al-Shahrour, F., Cash, T. P., Tchkonia, T., Kirkland, J. L., … Serrano, M.
Nature Cancer, 5(3), 448–462. (2024a)
DOI: 10.1038/s43018-023-00712-x
Roastgsa: a comparison of rotation-based scores for gene set enrichment analysis.
Caballé-Mestres, A., Berenguer-Llergo, A., & Stephan-Otto Attolini, C.
BMC Bioinformatics, 24(1), 408. (2023a)
DOI: 10.1186/s12859-023-05510-x
Vitamin B12 is a limiting factor for induced cellular plasticity and tissue repair.
Kovatcheva, M., Melendez, E., Chondronasiou, D., Pietrocola, F., Bernad, R., Caballe, A., Junza, A., Capellades, J., Holguín-Horcajo, A., Prats, N., Durand, S., Rovira, M., Yanes, O., Stephan-Otto Attolini, C., Kroemer, G., & Serrano, M.
Nature Metabolism, 5(11), 1911–1930 (2023b)
DOI: 10.1038/s42255-023-00916-6
Cellular Senescence Is Immunogenic and Promotes Antitumor Immunity.
Marin, I., Boix, O., Garcia-Garijo, A., Sirois, I., Caballe, A., Zarzuela, E., Ruano, I., Attolini, C. S.-O., Prats, N., López-Domínguez, J. A., Kovatcheva, M., Garralda, E., Muñoz, J., Caron, E., Abad, M., Gros, A., Pietrocola, F., & Serrano, M.
Cancer Discovery, 13(2), 410–431 (2023a)
DOI: 10.1158/2159-8290.CD-22-0523
MAF amplification licenses ERα through epigenetic remodelling to drive breast cancer metastasis.
Llorente, A., Blasco, M. T., Espuny, I., Guiu, M., Ballaré, C., Blanco, E., Caballé, A., Bellmunt, A., Salvador, F., Morales, A., Nuñez, M., Loren, G., Imbastari, F., Fidalgo, M., Figueras-Puig, C., Gibler, P., Graupera, M., Monteiro, F., Riera, A., … Gomis, R. R.
Nature Cell Biology, 25(12), 1833–1847 (2023a)
DOI: 10.1038/s41556-023-01281-y
Mex3a marks drug-tolerant persister colorectal cancer cells that mediate relapse after chemotherapy.
Álvarez-Varela, A., Novellasdemunt, L., Barriga, F. M., Hernando-Momblona, X., Cañellas-Socias, A., Cano-Crespo, S., Sevillano, M., Cortina, C., Stork, D., Morral, C., Turon, G., Slebe, F., Jiménez-Gracia, L., Caratù, G., Jung, P., Stassi, G., Heyn, H., Tauriello, D. V. F., Mateo, L., … Batlle, E.
Nature Cancer, 3(9), 1052–1070 (2022a)
DOI: 10.1038/s43018-022-00402-0
Lysine 27 dimethylation of Drosophila linker histone dH1 contributes to heterochromatin organization independently of H3K9 methylation.
Bernués, J., Izquierdo-Boulstridge, A., Reina, O., Castejón, L., Fernández-Castañer, E., Leal, N., Guerrero-Pepinosa, N., Bonet-Costa, C., Vujatovic, O., Climent-Cantó, P., & Azorín, F.
Nucleic Acids Research, 50(16), 9212–9225 (2022a)
DOI: 10.1093/nar/gkac716
Metastatic recurrence in colorectal cancer arises from residual EMP1+ cells.
Cañellas-Socias, A., Cortina, C., Hernando-Momblona, X., Palomo-Ponce, S., Mulholland, E. J., Turon, G., Mateo, L., Conti, S., Roman, O., Sevillano, M., Slebe, F., Stork, D., Caballé-Mestres, A., Berenguer-Llergo, A., Álvarez-Varela, A., Fenderico, N., Novellasdemunt, L., Jiménez-Gracia, L., Sipka, T., … Batlle, E.
Nature, 611(7936), 603–613 (2022a)
DOI: 10.1038/s41586-022-05402-9
Functional patient-derived organoid screenings identify MCLA-158 as a therapeutic EGFR × LGR5 bispecific antibody with efficacy in epithelial tumors.
Herpers, B., Eppink, B., James, M. I., Cortina, C., Cañellas-Socias, A., Boj, S. F., Hernando-Momblona, X., Glodzik, D., Roovers, R. C., van de Wetering, M., Bartelink-Clements, C., Zondag-van der Zande, V., Mateos, J. G., Yan, K., Salinaro, L., Basmeleh, A., Fatrai, S., Maussang, D., Lammerts van Bueren, J. J., … Throsby, M.
Nature Cancer, 3(4), 418–436 (2022a)
DOI: 10.1038/s43018-022-00359-0

CENTRO

IRB Barcelona - Institut de Recerca Biomèdica

Parc Científic de Barcelona
Baldiri Reixac, 10

08028 Barcelona http://www.irbbarcelona.org/ca

ÁMBITOS RIS3CAT

  • Sistema educativo y de generación de conocimiento
  • Sistema industrial
  • Sistema sociosanitario

CATEGORÍAS

  • TECNOLOGIAS DE LA INFORMACIÓN
    • Bioestadística
    • Bioinformática

TARIFAS Y ACCESO

Nivel de disponibilidad: Baja
Procedimiento de Acceso:
Abierto

FACILITIES NETWORKS

INB – Plataforma de Bioinformática
Proporcionar recursos bioinformáticos básicos de clase mundial a la comunidad nacional e internacional de investigación en ciencias de la vida en campos clave como la genómica funcional, la transcriptómica con ARN-Seq, el genotipado, la medicina genómica y las simulaciones de dinámica molecular. Proporcionar una plataforma de servicios básicos integrados de bioinformática en la comunidad investigadora. Facilitar la participación coordinada de grupos de bioinformática en proyectos nacionales e internacionales de gran envergadura que requieren y benefician de equipos estrechamente colaboradores que se conocen y están acostumbrados a trabajar conjuntamente.
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Estado: Activa
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BiB – Xarxa Bioinformatica de Catalunya

Bioinformatics Barcelona (BIB) es una asociación para la provisión de educación y formación, el fomento de la investigación avanzada, la transferencia de conocimiento y tecnología, la estimulación de la competitividad y la innovación en el sector industrial, y la dotación de una mayor visibilidad como entidad internacional. BIB nace para cubrir la necesidad de generar sinergias entre la biología y la informática, para una mayor unión entre estas áreas y para el desarrollo de programas de educación y formación de alta calidad en la creación de talento bioinformático.

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Reach: Catalonia
Estado: Activa
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CERCA - Ginys