ADM - Microscopia digital avanzada
GINYS-IRB-002
Julien Colombelli
Core Facility Manager
La Microscopía Digital Avanzada es una unidad central del IRB Barcelona.
Se inauguró en enero de 2009 y ofrece acceso y soporte las 24 horas del día, los 7 días de la semana, a 12 instrumentos de imagen convencionales y de última generación para la investigación en ciencias de la vida, desde imágenes de alto contenido en microscopía de campo amplio, confocal/multifotón y de super resolución, hasta técnicas emergentes. para la manipulación celular e imágenes 3D basadas en hojas de luz.
Acceso a la página del servicio ADM.
Servicios
Servicios para el IRB Barcelona e investigadores externos (públicos o privados)
- Microscopia confocal de escaneo láser espectral. Imágenes 3D, 4D y 5D con sección óptica, detección y resolución espectral personalizadas, modo de posición múltiple o de alto contenido y control del entorno incubado para células vivas.
Cuatro unidades confocales LSM: sistemas confocales invertidos (Leica SP5, LSM 780, LSM880) y un sistema confocal vertical (Leica SPE). - Microscopia multifotónica. Imagen de fluorescencia profunda del tejido mediante excitaciones multifotones y aplicaciones derivadas (SHG, etc…). Diseñado en el SP5 con un láser IR de polvo ultracorto MAITAI (710-990 nm).
- Microscopia confocal de disco giratorio. Imagen 5D rápida con el sistema Andor Revolution, equipado con tecnología de cámara EMCCD, fotoactivación FRAP y microinyección.
- Sistema de superresolución multimodal por SIM/ISM/SMLM: el sistema Zeiss Elyra PS1 combina la microscopía confocal (LSM880) con tres modalidades de superresolución: microscopía de escaneo de imágenes (también conocido como Airyscan), microscopía de iluminación estructurada (SIM) y microscopía de localización de moléculas individuales ( SMLM: STORM, PALM y variantes).
- Imagen/detección de alto contenidot con microscopía de campo ancho de fluorescencia automatizada, disco giratorio confocal o TIRF:
El Olympus ScanR permite un microscopio invertido totalmente automatizado para obtener imágenes amplias, placas multipouc y multiposiciones, imágenes en directo automatizadas con incubación de temperatura y control de CO2, iluminación superestable para el análisis de imágenes reproducibles y de alto contenido y microscopía de reflexión interna total (TIRF) para imágenes de alto contraste. en las superficies.
El sistema LIPSI de Nikon permite obtener imágenes rápidas de cribado de alto rendimiento con la modalidad de disco giratorio confocal (CSU-W1 de Yokogawa) y múltiples lecturas de placas multipozos, gracias a la incubadora integrada y multimuestra que carga muestras automáticamente. El HTS se puede realizar en hasta 20 placas. El sistema también es muy adecuado para imágenes a muy largo plazo (duración de 1 a 2 semanas) puesto que permite la carga impulsada por robots de múltiples experimentos en paralelo. - Manipulación láser de células y organismos vivos. FRAP y nanocirugía láser combinadas en un microscopio de fluorescencia de campo amplio para realizar patrones de FRAP y fluorescencia, ablación celular, daño en el ADN, ablación subcelular y microscopía correlativa.
El cortador láser Zeiss Axiovert 200M es una plataforma personalizada equipada con un láser UV pulsado (355nm, 470ps) y detección de disco giratorio. - Microscopia de hoja de luz para órganos ópticamente limpiados: un sistema de detección de base de macroscopio de doble cara e iluminación de doble cara para imágenes 3D sin fluorescencia y etiquetas de tejidos/ órganos/organismos que van desde 0,5 mm hasta 2,5 cm.
- Limpieza óptica: ofrecemos experiencia con las técnicas de limpieza de tejidos ópticos más recientes, como BABB (Murray’s clear), CUBIC, DISCO family, ECI, DeepClear y mucho más.
Lightsheet Microscope basado en ladrillos LEGO, LEMOLISH (http://legolish.org/lemolish) un instrumento de código abierto que permite obtener imágenes lightsheet de órganos limpiados de tamaño de hasta 5 cm. - Microscopia de hoja de luz para organismos vivos: un sistema SPIM de iluminación de doble cara de alta resolución, que incluye múltiples vistas y rotación de muestras, para imágenes en directo de volumen completo, para muestras que van desde 50 µm hasta 1 mm.
- Microscopio de plano oblicua basado en hojas de luz: un sistema basado en hojas de luz personalizado en un microscopio invertido para permitir la creación de imágenes de placas multipozos y otros soportes de muestras convencionales similares a un plato.
- OPM de alto rendimiento. Un sistema OPM altamente automatizado para imágenes de alto contenido de organoides en placas multipozos, parte del proyecto MACH3CANCER (https://mach3cancer.org), financiado por la AECC.
Equipos
El servicio de ADM se compromete a desarrollar instrumentación de investigación para adaptar, mejorar o implementar recientemente aplicaciones innovadoras de imagen impulsadas por la biología, por ejemplo en el campo de la imagen mesoscópica (microscopia de fluorescencia basada en hojas de luz).
La instalación ofrece acceso a tiempo completo las 24 horas del día, los 7 días de la semana:
- Microscopia de transmisión y epifluorescencia convencional y macroscopia de fluorescencia motorizada<
- Microscopia confocal espectral, incluyendo FRAP, FRET, recuento de fotones relacionado con el tiempo (TCSPC) Vida de la fluorescencia (FLIM), fotoactivación y microscopía multifotónica
- Microscopia confocal de disco giratorio
- Microscopia TIRF
- Microscopia automatizada de imagen de alto contenido equipada con epifluorescencia
- Protección de alto contenido’ equipado con cargador robotizado y disco giratorio
- Nanocirugía láser de células y organismos vivos combinada con FRAP
- Imagen de órgano entero basada en hojas de luz con limpieza óptica
- SPIM basado en Lightsheet para organismos vivos
- Estaciones de trabajo de procesamiento de imágenes, incluido un almacenamiento HIVE (Acquifer) con 240 TB y unidades computacionales (a partir de 2021)
- Microscopia de plano oblicuo basado en hojas de luz para muestras grandes al microscopio invertido
Proyectos
Título:
NEUBIAS - Una nueva red para analistas de bioimagen
Referencia:
http://eubias.org/NEUBIAS
Organismo financiador:
COST-UE
Estado:
Activo
Publicaciones
AutoScanJ: A Suite of ImageJ Scripts for Intelligent Microscopy
Frontiers In Bioinformatics 1 ( ) - (2021)
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Proteostasis failure and mitochondrial dysfunction leads to aneuploidy-induced senescence
Developmental Cell 56 (14 ) 2043 - + (2021)
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Highlights from the 2016-2020 NEUBIAS training schools for Bioimage Analysts: A success story and key asset for analysts and life scientists
F1000research 10 ( ) 334 - (2021)
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Bioimage analysis workflows: Community resources to navigate through a complex ecosystem
F1000research 10 ( ) 320 - (2021)
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MosaicExplorerJ: Interactive stitching of terabyte-size tiled datasets from lightsheet microscopy
F1000research 9 ( ) 1308 - 15 (2021)
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Tetraspanin 6: A pivotal protein of the multiple vesicular body determining exosome release and lysosomal degradation of amyloid precursor protein fragments
Molecular Neurodegeneration 12 (1 ) 25 - (2017)
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Adherens Junction Length during Tissue Contraction Is Controlled by the Mechanosensitive Activity of Actomyosin and Junctional Recycling
Developmental Cell 47 (4 ) 453 - + (2018)
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From whole-organ imaging to in-silico blood flow modeling: A new multi-scale network analysis for revisiting tissue functional anatomy
Plos Computational Biology 16 (2 ) e1007322 - (2020)
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