Search for facilities
Per fer la cerca, heu d’entrar algun valor a algun dels camps

Bioestadística / Bioinformàtica

GINYS-IRB-007
Dra. Camille Stephan-Otto Attolini
CORE FACILITY MANAGER
camille.stephan@irbbarcelona.org | 934 020 217 | ORCID | Pàgina PRC
FACILITY WEBSITE
La missió de la Unitat de Bioestadística/Bioinformàtica és dur a terme investigacions col·laboratives i oferir recursos de consulta i recerca quantitativa a tots els grups de recerca de l'IRB Barcelona.
Ajudem els científics oferint serveis de consultoria tant a curt com a llarg termini en les àrees següents:
  • Disseny experimental: mida de la mostra, disseny de l'estudi, planificació de la metodologia estadística
  • Anàlisi de dades: bases de dades clíniques o biomèdiques, dades de genòmica
  • Ajuda amb metodologia estadística en investigacions pròpies o alienes
  • Programari: ajuda en l'ús de programari, desenvolupament de programari per satisfer les necessitats especials d'anàlisi de dades o disseny d'estudis
  • Es realitzen investigacions metodològiques i desenvolupen recursos en tots els àmbits esmentats.

Serveis

  • Microarrays: control de qualitat, expressió diferencial, anàlisi d’enriquiment de GO i KEGG, GSEA GO i KEGG, descobriment de signatures
  • RNASeq: control de qualitat, expressió diferencial, anàlisi d’enriquiment de GO i KEGG, descobriment de signatures, canvi d’isoformes, trucada SNP
  • ChipSeq: processament, control de qualitat, definició màxima + anotació + visualització, unió diferencial + anàlisi integrativa
  • Seqüenciació del genoma sencer: processament, control de qualitat, trucada SNP, trucada per alteració del número de còpia
  • Seqüenciació de l’exoma sencer: processament, control de qualitat, trucada SNP, trucada per alteració del número de còpia
  • Proteòmica: processament, control de qualitat, expressió diferencial, anàlisi d’enriquiment de GO i KEGG
  • Mineria i anàlisi de bases de dades públiques: selecció, curació de dades clíniques, processament de dades d’expressió, associació d’expressió i dades clíniques, integració de dades de nombre de còpies/genòmics
  • Anàlisi TCGA: anàlisi exploratòria en tots els tipus de càncer: associació entre expressió i variables clíniques, anàlisi detallada amb variables clíniques i tècniques curades: associació amb expressió, integració de dades: nombre de còpies, expressió, mutacions, etc
  • Microbioma: Control de qualitat + estimació OTU + abundància diferencial, Anàlisi filogenètica
  • Predicció d’unió: predicció de la unió a ARN/ADN per proteïnes/gens
  • Seqüenciació cel·lular única: processament, control de qualitat, expressió diferencial, agrupació, trajectòries, anàlisi d’enriquiment de GO i KEGG
  • Assessorament: Assessoria estadística, Anàlisi de dades, Serveis personalitzats
  • Disseny experimental

Equipament

n/a

Personal

CORE FACILITY MANAGER
Dra. Camille Stephan-Otto Attolini | camille.stephan@irbbarcelona.org | 934 020 217 | ORCID | Pàgina PRC

Publicacions

The efficacy of chemotherapy is limited by intratumoral senescent cells expressing PD-L2.
Chaib, S., López-Domínguez, J. A., Lalinde-Gutiérrez, M., Prats, N., Marin, I., Boix, O., García-Garijo, A., Meyer, K., Muñoz, M. I., Aguilera, M., Mateo, L., Stephan-Otto Attolini, C., Llanos, S., Pérez-Ramos, S., Escorihuela, M., Al-Shahrour, F., Cash, T. P., Tchkonia, T., Kirkland, J. L., … Serrano, M.
Nature Cancer, 5(3), 448–462. (2024a)
DOI: 10.1038/s43018-023-00712-x
Roastgsa: a comparison of rotation-based scores for gene set enrichment analysis.
Caballé-Mestres, A., Berenguer-Llergo, A., & Stephan-Otto Attolini, C.
BMC Bioinformatics, 24(1), 408. (2023a)
DOI: 10.1186/s12859-023-05510-x
Vitamin B12 is a limiting factor for induced cellular plasticity and tissue repair.
Kovatcheva, M., Melendez, E., Chondronasiou, D., Pietrocola, F., Bernad, R., Caballe, A., Junza, A., Capellades, J., Holguín-Horcajo, A., Prats, N., Durand, S., Rovira, M., Yanes, O., Stephan-Otto Attolini, C., Kroemer, G., & Serrano, M.
Nature Metabolism, 5(11), 1911–1930 (2023b)
DOI: 10.1038/s42255-023-00916-6
Cellular Senescence Is Immunogenic and Promotes Antitumor Immunity.
Marin, I., Boix, O., Garcia-Garijo, A., Sirois, I., Caballe, A., Zarzuela, E., Ruano, I., Attolini, C. S.-O., Prats, N., López-Domínguez, J. A., Kovatcheva, M., Garralda, E., Muñoz, J., Caron, E., Abad, M., Gros, A., Pietrocola, F., & Serrano, M.
Cancer Discovery, 13(2), 410–431 (2023a)
DOI: 10.1158/2159-8290.CD-22-0523
MAF amplification licenses ERα through epigenetic remodelling to drive breast cancer metastasis.
Llorente, A., Blasco, M. T., Espuny, I., Guiu, M., Ballaré, C., Blanco, E., Caballé, A., Bellmunt, A., Salvador, F., Morales, A., Nuñez, M., Loren, G., Imbastari, F., Fidalgo, M., Figueras-Puig, C., Gibler, P., Graupera, M., Monteiro, F., Riera, A., … Gomis, R. R.
Nature Cell Biology, 25(12), 1833–1847 (2023a)
DOI: 10.1038/s41556-023-01281-y
Mex3a marks drug-tolerant persister colorectal cancer cells that mediate relapse after chemotherapy.
Álvarez-Varela, A., Novellasdemunt, L., Barriga, F. M., Hernando-Momblona, X., Cañellas-Socias, A., Cano-Crespo, S., Sevillano, M., Cortina, C., Stork, D., Morral, C., Turon, G., Slebe, F., Jiménez-Gracia, L., Caratù, G., Jung, P., Stassi, G., Heyn, H., Tauriello, D. V. F., Mateo, L., … Batlle, E.
Nature Cancer, 3(9), 1052–1070 (2022a)
DOI: 10.1038/s43018-022-00402-0
Lysine 27 dimethylation of Drosophila linker histone dH1 contributes to heterochromatin organization independently of H3K9 methylation.
Bernués, J., Izquierdo-Boulstridge, A., Reina, O., Castejón, L., Fernández-Castañer, E., Leal, N., Guerrero-Pepinosa, N., Bonet-Costa, C., Vujatovic, O., Climent-Cantó, P., & Azorín, F.
Nucleic Acids Research, 50(16), 9212–9225 (2022a)
DOI: 10.1093/nar/gkac716
Metastatic recurrence in colorectal cancer arises from residual EMP1+ cells.
Cañellas-Socias, A., Cortina, C., Hernando-Momblona, X., Palomo-Ponce, S., Mulholland, E. J., Turon, G., Mateo, L., Conti, S., Roman, O., Sevillano, M., Slebe, F., Stork, D., Caballé-Mestres, A., Berenguer-Llergo, A., Álvarez-Varela, A., Fenderico, N., Novellasdemunt, L., Jiménez-Gracia, L., Sipka, T., … Batlle, E.
Nature, 611(7936), 603–613 (2022a)
DOI: 10.1038/s41586-022-05402-9
Functional patient-derived organoid screenings identify MCLA-158 as a therapeutic EGFR × LGR5 bispecific antibody with efficacy in epithelial tumors.
Herpers, B., Eppink, B., James, M. I., Cortina, C., Cañellas-Socias, A., Boj, S. F., Hernando-Momblona, X., Glodzik, D., Roovers, R. C., van de Wetering, M., Bartelink-Clements, C., Zondag-van der Zande, V., Mateos, J. G., Yan, K., Salinaro, L., Basmeleh, A., Fatrai, S., Maussang, D., Lammerts van Bueren, J. J., … Throsby, M.
Nature Cancer, 3(4), 418–436 (2022a)
DOI: 10.1038/s43018-022-00359-0

CENTRE

IRB Barcelona - Institut de Recerca Biomèdica

Parc Científic de Barcelona
Baldiri Reixac, 10

08028 Barcelona http://www.irbbarcelona.org/ca

ÀMBITS RIS3CAT

  • Sistema educatiu i de generació de coneixement
  • Sistema industrial
  • Sistema sociosanitari

CATEGORIES

  • TECNOLOGIES DE LA INFORMACIÓ
    • Bioestadística
    • Bioinformàtica

TARIFES I ACCÉS

Nivell de Disponibilitat: Baixa
Procediment d’accès:
Obert. Consulteu la pàgina web per més informació

FACILITIES NETWORKS

INB – Plataforma de Bioinformàtica
Proporcionar recursos bioinformàtics bàsics de classe mundial a la comunitat nacional i internacional de recerca en ciències de la vida en camps clau com ara la genòmica funcional, la transcriptòmica amb ARN-Seq, el genotipat, la medicina genòmica i les simulacions de dinàmica molecular. Proporcionar una plataforma de serveis bàsics integrats de bioinformàtica a la comunitat investigadora. Facilitar la participació coordinada de grups de bioinformàtica en projectes nacionals i internacionals de gran envergadura que requereixen i es beneficien d'equips estretament col·laboradors que es coneixen i estan acostumats a treballar conjuntament.
Network link
Reach: Spain
Estat: Activa
Finançament: ISCIII
Pàgina PRC
BiB – Xarxa Bioinformatica de Catalunya

Bioinformatics Barcelona (BIB) és una associació per a la provisió d'educació i formació, el foment de la recerca avançada, la transferència de coneixement i tecnologia, l'estimulació de la competitivitat i la innovació en el sector industrial, i la dotació d'una major visibilitat com a entitat internacional. BIB neix per cobrir la necessitat de generar sinergies entre la biologia i la informàtica, per a una unió més forta entre aquestes àrees i per al desenvolupament de programes d'educació i formació d'alta qualitat en la creació de talent bioinformàtic.

Network link
Reach: Catalonia
Estat: Activa
Finançament: Associació (IPSFL)
Pàgina PRC
CERCA - Ginys