MARgenomics
GINYS-IMIM-006
Plataforma orientada principalment a la recerca traslacional que integra totes les fases del procés d’anàlisi genòmica: des de la fase inicial d’assessorament al projecte, passant pel processament de les mostres, i fins a l’anàlisi final de les dades i el suport a la interpretació dels resultats.
Serveis
MARGenomics ofereix un ampli catàleg de serveis integrant totes les fases d’un procés d’anàlisi genòmica, des de la fase inicial d’assessorament al projecte, fins l’anàlisi final de les dades, la validació dels resultats i el suport expert en la seva interpretació.
Assessorament en el disseny experimental
Extracció d’ADN i/o ARN en diferents tipus de mostres (sang total, teixit congelat o parafinat, etc.)
Anàlisi de la qualitat de l’ ADN/ARN (Quantificació i Integritat)
- Quantificació de ADN o ARN per fluorimetria i/o espectrofotometria
- Anàlisis de la integritat de l’ADN amb gels d’agarosa i/o Bioanalyzer
- Anàlisis de la integritat de l’ARN per Bioanalyzer
PCR quantitativa en temps real ( qPCR)
Microarrays
- Expressió
- Genòmics
Next Generation sequencing (Preparació de llibreries i processament en les plataformes adequades)
- Whole Genome sequencing
- Exome sequencing
- RNA sequencing
- Small RNA sequencing
- Panel sequencing
- ChIP sequencing
- Bisulfite sequencing
Anàlisi de dades
- Alineament de seqüències
- Variant Calling i anàlisis de Copy Number procedent de dades genòmiques
- Identificació de gens diferencialment expressats, splicing alternatiu i gens de fusió en dades transcriptòmiques
- Estudi de smallRNAs a través de l’anàlisi del microtranscriptoma.
- Identificació de les regions amb pics d’interacció entre proteïna i ADN en experiments de seqüenciació d’immunoprecipitació de cromatina (ChIP-seq)
- Identificació de posicions o regions d’ADN metilades en dades del metiloma
- Integració de dades procedents de diferents plataformes òmiques utilitzant metodologia específica
- Anàlisis de microarrays
- Anàlisis de qPCR
Publicacions
Lamin B1 mapping reveals the existence of dynamic and functional euchromatin lamin B1 domains
Nature Communications volume 9, Article number: 3420 (2018)
Nature Communications volume 9, Article number: 3420 (2018)
Transcriptome and cytogenetic profiling analysis of matched in situ/invasive cutaneous squamous cell carcinomas from immunocompetent patients
Genes Chromosomes Cancer . 2019 Mar;58(3):164-174. doi: 10.1002/gcc.22712. Epub 2019 Jan 7
Genes Chromosomes Cancer . 2019 Mar;58(3):164-174. doi: 10.1002/gcc.22712. Epub 2019 Jan 7
Expression profiling of microRNAs in human bone tissue from postmenopausal women
Hum Cell . 2018 Jan;31(1):33-41. doi: 10.1007/s13577-017-0181-y. Epub 2017 Sep 20.
Hum Cell . 2018 Jan;31(1):33-41. doi: 10.1007/s13577-017-0181-y. Epub 2017 Sep 20.
Feasibility of the AML profiler (Skyline™ Array) for patient risk stratification in a multicentre trial: a preliminary comparison with the conventional approach
Hematol Oncol . 2017 Dec;35(4):778-788. doi: 10.1002/hon.2304.
Hematol Oncol . 2017 Dec;35(4):778-788. doi: 10.1002/hon.2304.
FOXO1 down-regulation is associated with worse outcome in bladder cancer and adds significant prognostic information to p53 overexpression
Hum Pathol . 2017 Apr;62:222-231.
Hum Pathol . 2017 Apr;62:222-231.