MARgenomics

GINYS-IMIM-006
Montserrat Torà Barnadas
Direcció MARGenomics
Plataforma orientada principalment a la recerca traslacional que integra totes les fases del procés d’anàlisi genòmica: des de la fase inicial d’assessorament al projecte, passant pel processament de les mostres, i fins a l’anàlisi final de les dades i el suport a la interpretació dels resultats.  

Serveis

MARGenomics ofereix un ampli catàleg de serveis integrant totes les fases d’un procés d’anàlisi genòmica, des de la fase inicial d’assessorament al projecte, fins l’anàlisi final de les dades, la validació dels resultats i el suport expert en la seva interpretació.

Assessorament en el disseny experimental
Extracció d’ADN i/o ARN en diferents tipus de mostres (sang total, teixit congelat o parafinat, etc.)
Anàlisi de la qualitat de l’ ADN/ARN (Quantificació i Integritat)
  • Quantificació de ADN o ARN per fluorimetria i/o espectrofotometria
  • Anàlisis de la integritat de l’ADN amb gels d’agarosa i/o Bioanalyzer
  • Anàlisis de la integritat de l’ARN per Bioanalyzer
PCR quantitativa en temps real ( qPCR)
Microarrays
  • Expressió
  • Genòmics
Next Generation sequencing (Preparació de llibreries i processament en les plataformes adequades)
  • Whole Genome sequencing
  • Exome sequencing
  • RNA sequencing
  • Small RNA sequencing
  • Panel sequencing
  • ChIP sequencing
  • Bisulfite sequencing
Anàlisi de dades
  • Alineament de seqüències
  • Variant Calling i anàlisis de Copy Number procedent de dades genòmiques
  • Identificació de gens diferencialment expressats, splicing alternatiu i gens de fusió en dades transcriptòmiques
  • Estudi de smallRNAs a través de l’anàlisi del microtranscriptoma.
  • Identificació de les regions amb pics d’interacció entre proteïna i ADN en experiments de seqüenciació d’immunoprecipitació de cromatina (ChIP-seq)
  • Identificació de posicions o regions d’ADN metilades en dades del metiloma
  • Integració de dades procedents de diferents plataformes òmiques utilitzant metodologia específica
  • Anàlisis de microarrays
  • Anàlisis de qPCR

Personal

Direcció MARGenomics
Montserrat Torà Barnadas | mtora@imim.es | ORCID | Pàgina PRC

Publicacions

Lamin B1 mapping reveals the existence of dynamic and functional euchromatin lamin B1 domains
Laura Pascual-Reguant, Enrique Blanco, Silvia Galan, François Le Dily, Yasmina Cuartero, Gemma Serra-Bardenys, Valerio Di Carlo, Ane Iturbide, Joan Pau Cebrià-Costa, Lara Nonell, Antonio García de Herreros, Luciano Di Croce, Marc A. Marti-Renom & Sandra Peiró
Nature Communications volume 9, Article number: 3420 (2018)
Transcriptome and cytogenetic profiling analysis of matched in situ/invasive cutaneous squamous cell carcinomas from immunocompetent patients
Irene García-Díez, Inmaculada Hernández-Muñoz, Eugenia Hernández-Ruiz, Lara Nonell, Eulàlia Puigdecanet, Marta Bódalo-Torruella, Evelyn Andrades, Ramon M Pujol, Agustí Toll
Genes Chromosomes Cancer . 2019 Mar;58(3):164-174. doi: 10.1002/gcc.22712. Epub 2019 Jan 7
Expression profiling of microRNAs in human bone tissue from postmenopausal women
Laura De-Ugarte, Jenny Serra-Vinardell, Lara Nonell, Susana Balcells, Magdalena Arnal, Xavier Nogues, Leonardo Mellibovsky, Daniel Grinberg, Adolfo Diez-Perez, Natalia Garcia-Giralt
Hum Cell . 2018 Jan;31(1):33-41. doi: 10.1007/s13577-017-0181-y. Epub 2017 Sep 20.
Feasibility of the AML profiler (Skyline™ Array) for patient risk stratification in a multicentre trial: a preliminary comparison with the conventional approach
Josep F Nomdedéu, Eulalia Puigdecanet, Elena Bussaglia, Juan José Hernández, Maite Carricondo, Camino Estivill, Josep Maria Martí-Tutusaus, Mar Tormo, Lurdes Zamora, Elena Serrano, Granada Perea, Maria Paz Queipo de Llano, Antoni García, Isabel Sánchez-Ortega, Josep Maria Ribera, Lara Nonell, Anna Aventin, Francesc Solé, Maria Salut Brunet, Jorge Sierra
Hematol Oncol . 2017 Dec;35(4):778-788. doi: 10.1002/hon.2304.
FOXO1 down-regulation is associated with worse outcome in bladder cancer and adds significant prognostic information to p53 overexpression
Josep Lloreta, Alba Font-Tello, Núria Juanpere, Albert Frances, Marta Lorenzo, Lara Nonell, Silvia de Muga, Ivonne Vázquez, Lluís Cecchini, Silvia Hernández-Llodrà
Hum Pathol . 2017 Apr;62:222-231.

CENTRE

IMIM - Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques

Edifici Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB)Carrer Dr. Aiguader, 88.

08003 Barcelona http://www.imim.es/

ÀMBITS RIS3CAT

  • Sistema educatiu i de generació de coneixement
  • Sistema industrial
  • Sistema sociosanitari

CATEGORIES

  • EQUIPAMENT TECNOLÒGIC
    • Genòmica
    • Seqüenciació

TARIFES I ACCÉS

Nivell de Disponibilitat: Mitja
Procediment d’accès:

Obert. Sol·licitud MARGenomics

Per a sol·licitar informació, per planificar un experiment o abans de fer una sol·licitud de serveis, si us plau contacteu amb la secretaria de MARGenomics: margenomics@imim.es

QUALITAT

ISO 9001 – Gestió de la Qualitat
La ISO 9001 estableix els criteris per a un sistema de gestió de la qualitat. Aquesta norma es basa en una sèrie de principis de gestió de la qualitat que inclouen un fort enfocament al client, la motivació i la implicació de l'alta direcció, l'enfocament del procés i la millora contínua. L'ús de la norma ISO 9001 ajuda a garantir que els clients rebin productes i serveis coherents i de bona qualitat, que al seu torn aporta molts beneficis empresarials.
Estat: Activa

FACILITIES NETWORKS

INB – Plataforma de Bioinformàtica
Proporcionar recursos bioinformàtics bàsics de classe mundial a la comunitat nacional i internacional de recerca en ciències de la vida en camps clau com ara la genòmica funcional, la transcriptòmica amb ARN-Seq, el genotipat, la medicina genòmica i les simulacions de dinàmica molecular. Proporcionar una plataforma de serveis bàsics integrats de bioinformàtica a la comunitat investigadora. Facilitar la participació coordinada de grups de bioinformàtica en projectes nacionals i internacionals de gran envergadura que requereixen i es beneficien d'equips estretament col·laboradors que es coneixen i estan acostumats a treballar conjuntament.
Reach: Spain
Estat: Activa
Finançament: ISCIII
CERCA - Ginys