Genòmica funcional

Serveis

• Assessorament i Disseny Experimental: Comenteu el vostre projecte amb nosaltres i rebeu informació sobre els requisits de mostra i recomanacions per al vostre disseny experimental. Aquesta cita és opcional però molt recomanable.
• Control de qualitat dels àcids nucleics, biblioteques i cèl·lules extretes: totes les vostres mostres seran sotmeses a control de qualitat abans del processament, garantint així les biblioteques NGS de la màxima qualitat. Utilitzem instruments Nanodrop, Qubit, Bioanalyzer i Countess per determinar la concentració, la qualitat de la mostra i la viabilitat cel·lular.
• Extracció i purificació d’àcids nucleics: havent donat suport a milers de projectes diferents, som conscients dels nombrosos reptes relacionats amb la recollida de mostres d’ADN i ARN d’alta qualitat. El nostre conjunt d’eines inclou mètodes rendibles i altament eficaços per a l’extracció d’ARN i l’amplificació d’ADNc a partir de 100 cèl·lules o fins i tot a partir d’un sol oòcit.
• Transcriptòmica i multiòmica d’una sola cèl·lula: l’abril de 2021, la nostra instal·lació va desplegar amb èxit les capacitats completes d’una cèl·lula 10X Genomics. En aquest sentit, oferim:
  Anàlisi de l’expressió gènica unicel·lular.
  Monocel·lular ATAC-seq. Mutioma monocel·lular (secRNA-seq + ATAC-seq simultània).
  Perfil immune unicel·lular.
  Expressió gènica dirigida.
  El controlador 10X Genomics Chromium pot capturar de 100 a 10.000 cèl·lules per mostra i processar fins a vuit mostres simultànies. Abans de posar en marxa el vostre projecte, podeu proporcionar-nos les vostres suspensions unicel·lulars. En només 10 minuts, obtindreu un control de qualitat cel·lular que us informarà del vostre flux de treball de processament cel·lular i/o de dissociació de teixits. El nostre equip l’ajudarà amb tots els passos necessaris per millorar la preparació de la mostra, obtenir un pressupost de servei i programar una cita per a la presentació de la mostra.
• Preparació de biblioteques per a la seqüenciació de nova generació (NGS) d’Illumina: fem servir procediments totalment validats i acceptats per tota la comunitat per a la preparació de biblioteques, garantint així resultats coherents i fiables. No obstant això, sempre que sigui necessari, alinearem els nostres procediments operatius amb les necessitats específiques del vostre projecte.
  Seqüenciació d’ARNm, lncRNA, miRNA i sRNA (ARN-seq): el perfil de transcriptoma sencer mitjançant tecnologies NGS proporciona una lectura completa de l’abundància de transcripcions, la diversitat d’isoformes, així com el descobriment de noves transcripcions i gens de fusió. El nostre personal experimentat us ajudarà amb requisits de mostra, fluxos de treball i estratègies de seqüenciació per assolir els objectius del vostre projecte.
  Seqüenciació del genoma sencer (WGS): la seqüenciació del genoma complet d’un individu permet la identificació de variants d’ADN somàtic o germinal.
  ChIP-seq i RIP-seq: aquests enfocaments combinen la immunoprecipitació de la cromatina (ChIP) o ARN (RIP) amb NGS per identificar els llocs d’unió proteïna-ADN o proteïna-ARN de manera a tot el genoma. En els últims anys, la FGCF ha donat suport a desenes de projectes ChIP-seq i RIP-seq. T’ajudarem mitjançant procediments d’enllaç, extracció i fragmentació per garantir que s’obtinguin biblioteques de màxima qualitat.
  Hi-C: la FGCF ha implementat un flux de treball per a la captura i seqüenciació de conformació cromosòmica que permet als investigadors mapejar l’organització espacial de l’ADN genòmic dins dels nuclis cel·lulars i identificar les interaccions conformacionals entre regions no adjacents.
  ATAC-seq: en aquest cas, l’accessibilitat de la cromatina a tot el genoma s’interroga mitjançant l’accessibilitat de la transposasa per descobrir l’extensió i la identitat de les regions propenses a interactuar amb factors de transcripció en càncer i altres patologies.
  Seqüenciació dirigida: tot i que els experiments WGS poden ser la vostra opció preferida, els seus costos encara poden ser prohibitius. Els enfocaments orientats centren el rendiment, i per tant el cost, en subconjunts definits de regions genòmiques, permetent així majors profunditats de seqüenciació per a la detecció de variants segura a preus més baixos.
• Seqüenciació d’amplicons: l’amplificació per PCR de regions específiques d’interès redueix l’espai genòmic objectiu. Hi ha diversos mètodes disponibles per a un disseny de panell complet i acurat, la qual cosa us permet multiplexar centenars o milers d’amplicons en una sola reacció. No dubteu a posar-vos en contacte per obtenir un disseny i pressupost personalitzats.
• Captura d’objectius, o captura i enriquiment de seqüències: aquesta estratègia alternativa redueix l’espai genòmic seqüenciat “captant” regions d’interès amb sondes biotinilades personalitzades. La seqüenciació de l’exoma sencer és l’aplicació Target Capture més estesa. El nostre personal té una àmplia experiència dissenyant sondes per a la captura d’objectius i estarà encantat d’ajudar-vos amb el vostre projecte.
• Pico Profiling: aquesta tècnica, pionera pel FGCF, facilita la generació de grans quantitats d’ADNc saturat a partir de poblacions cel·lulars molt petites. El nostre equip té experiència aïllar l’ARN i amplificar l’ADNc de tan sols 40 cèl·lules classificades per organoides de tumor de ratolí (MTO) o d’un sol oòcit.
• Microarrays: mostra de resultats de l’anàlisi de l’expressió gènica del genoma sencer per a una gran varietat d’organismes experimentals mitjançant matrius Genechip.
  Metilació de l’ADN: l’anàlisi de múltiples loci per a la metilació de l’ADN encara es realitza en una fase experimental. Per a projectes específics sobre metilació de l’ADN, poseu-vos en contacte amb nosaltres.
• qPCR: un QuantStudio 6 Pro està disponible per reservar. Les sortides han de començar dins de l’horari laboral de la instal·lació.
• Col·leccions de clons: la FGCF té prop de 200.000 clons per a les vostres necessitats de genètica inversa, incloent:
• shRNA humans i de ratolí: la llista completa de clons d’shRNA està disponible en aquest fitxer zip. La informació detallada sobre els clons TRC1 està disponible al lloc web de la biblioteca shRNA de Sigma MISSION i al Consorci RNAi (TRC) amb seu al Broad Institute.
• Clons ORF humans: la llista de clons ORF està disponible en aquest fitxer zip. Les seqüències de la majoria de clons d’aquesta col·lecció (edició v1.1) es poden recuperar de la base de dades hORFeome v7.1 del Harvard Center for Cancer Systems Biology.